| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 缩略语表 | 第13-15页 |
| 第1章 文献综述 | 第15-34页 |
| ·微生物基因组学 | 第15-22页 |
| ·微生物基因组学研究背景 | 第15-17页 |
| ·基因组测序技术的发展 | 第17-19页 |
| ·微生物比较基因组学的研究进展 | 第19-20页 |
| ·基因组学在微生物研究中的应用 | 第20-22页 |
| ·猪肺炎支原体研究进展 | 第22-32页 |
| ·猪肺炎支原体研究概述 | 第22-23页 |
| ·猪肺炎支原体的生物学特性 | 第23页 |
| ·猪肺炎支原体的流行病学特点 | 第23-24页 |
| ·猪肺炎支原体的致病机理 | 第24-25页 |
| ·猪肺炎支原体的粘附因子 | 第25-27页 |
| ·猪肺炎支原体的免疫原性蛋白 | 第27-28页 |
| ·猪肺炎支原体的诊断方法 | 第28-29页 |
| ·猪肺炎支原体的疫苗防控 | 第29-32页 |
| ·猪鼻支原体的研究进展 | 第32-34页 |
| 第2章 猪肺炎支原体168亲本株、疫苗株全基因组测序与生物信息学分析 | 第34-46页 |
| ·研究目的与意义 | 第34页 |
| ·实验材料 | 第34页 |
| ·实验方法 | 第34-37页 |
| ·猪肺炎支原体的培养 | 第34-35页 |
| ·支原体基因组DNA的提取 | 第35页 |
| ·Solexa Paired-end样品制备 | 第35-36页 |
| ·Solexa双末端测序 | 第36页 |
| ·全基因组测序和拼接 | 第36页 |
| ·基因组ORFs预测与注释 | 第36-37页 |
| ·插入序列(Insertion Sequence Elements,ISs)分析 | 第37页 |
| ·蛋白跨膜区及信号肽预测 | 第37页 |
| ·代谢途径分析 | 第37页 |
| ·结果与分析 | 第37-43页 |
| ·基因组DNA的提取 | 第37-38页 |
| ·基因组测序基本信息 | 第38-39页 |
| ·基因组ORFs的预测、功能注释与基因功能分类 | 第39-40页 |
| ·基因组共线性分析 | 第40-41页 |
| ·IS插入元件分析 | 第41-43页 |
| ·猪肺炎支原体基因组中膜相关蛋白分析 | 第43页 |
| ·讨论 | 第43-46页 |
| ·基因组测序的策略 | 第43-44页 |
| ·基因组注释 | 第44-45页 |
| ·猪肺炎支原体基因组共线性分析 | 第45页 |
| ·猪肺炎支原体膜蛋白的预测和分析 | 第45-46页 |
| 第3章 猪肺炎支原体亲本株、疫苗株比较基因组学分析 | 第46-68页 |
| ·研究目的与意义 | 第46页 |
| ·实验材料 | 第46页 |
| ·实验方法 | 第46-47页 |
| ·基因组中遗传变异位点、插入和缺失区域的鉴定 | 第46-47页 |
| ·遗传变异位点对基因编码区的影响 | 第47页 |
| ·代谢途径分析 | 第47页 |
| ·结果与分析 | 第47-65页 |
| ·核苷酸碱基序列差异分析 | 第47-54页 |
| ·引起基因组全长差异的因素 | 第54-55页 |
| ·氨基酸水平差异对功能基因的影响 | 第55-62页 |
| ·整合性结合元件分析 | 第62-64页 |
| ·猪肺炎支原体亲本株、疫苗株代谢途径差异分析 | 第64-65页 |
| ·讨论 | 第65-68页 |
| ·核苷酸碱基序列差异分析 | 第65页 |
| ·遗传变异对毒力因子的影响 | 第65-66页 |
| ·代谢途径差异分析 | 第66-68页 |
| 第4章 支原体比较基因组学分析 | 第68-91页 |
| ·研究目的与意义 | 第68页 |
| ·实验材料 | 第68-69页 |
| ·实验方法 | 第69-72页 |
| ·猪鼻支原体的培养 | 第69页 |
| ·支原体基因组DNA的提取 | 第69页 |
| ·全基因组测序和拼接 | 第69-70页 |
| ·基因组ORFs预测与注释 | 第70页 |
| ·基于tblastn的基因区预测以及基因起点的校正 | 第70-71页 |
| ·核心基因组和泛基因组预测 | 第71页 |
| ·16S rRNA进化树的构建 | 第71页 |
| ·超级进化树的构建 | 第71-72页 |
| ·软件与数据库 | 第72页 |
| ·结果与分析 | 第72-87页 |
| ·猪鼻支原体全基因组序列测定及分析 | 第72-73页 |
| ·支原体比较基因组学分析 | 第73-74页 |
| ·基因组注释的均一化处理 | 第74-75页 |
| ·核心基因组和泛基因组分析 | 第75-82页 |
| ·支原体在进化过程中其基因组变化的规律 | 第82-83页 |
| ·遗传进化树的建立与分析 | 第83-85页 |
| ·人支原体和猪支原体进化分枝上的自然选择压力 | 第85-87页 |
| ·讨论 | 第87-91页 |
| ·细胞耐以生存的最小必须基因库 | 第87-89页 |
| ·遗传进化树的建立与支原体适应性进化分析 | 第89-91页 |
| 第5章 结论 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
| 附表 | 第111-116页 |
| 个人资料 | 第116页 |
| 教育经历 | 第116页 |
| 在读期间发表的主要文章 | 第116-117页 |
