| 致谢 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-15页 |
| List of Tables | 第15-16页 |
| List of Figures | 第16-17页 |
| 1 Introduction | 第17-24页 |
| ·Rice and Rice Genome | 第17-18页 |
| ·Rice Microarray | 第18-19页 |
| ·Phylogenomics | 第19-21页 |
| ·Cell Walls and Glycosyltransferases | 第21-24页 |
| 2 Development of Rice Oligo Array Database and a Systematic Analysis for EndospermPreferred Genes | 第24-43页 |
| ·Introduction | 第24-27页 |
| ·Methods | 第27-28页 |
| ·Microarray Data | 第27页 |
| ·Co-expression Analysis | 第27-28页 |
| ·GO and KO Enrichment Analysis | 第28页 |
| ·Functional gene network analysis | 第28页 |
| ·Database Components and Features | 第28-35页 |
| ·Microarray Element Search | 第28-30页 |
| ·Gene Expression Analysis | 第30-31页 |
| ·Meta-analysis | 第31-32页 |
| ·Co-expression Analysis | 第32-35页 |
| ·Functional Analysis | 第35页 |
| ·Case Study to Refine Previous Result on Endosperm Preferred Genes and Construct Functional Gene Network for Endosperm Development in Rice | 第35-41页 |
| ·Evaluation of Expression Patterns of the Endosperm Preferred Genes through Meta-analysis | 第35-38页 |
| ·Development of Functional Gene Network for Endosperm Preferred Genes | 第38-41页 |
| ·Future Directions | 第41-43页 |
| 3 Rice Phylogenomic Databases:a Guide for Systematic Analysis of Large Gene Families | 第43-64页 |
| ·Introduction | 第43-45页 |
| ·Methods | 第45-48页 |
| ·Identification of Rice Kinases | 第45页 |
| ·Identification of Rice GTs | 第45-46页 |
| ·Phylogenetic Analysis | 第46页 |
| ·Orthologs Dection in Plants | 第46-47页 |
| ·Protein Topology and Subcellular Localization Prediction | 第47页 |
| ·Identification of Rice Gene-indexed Mutant Lines and Relating Rice Functional Genomic Databases | 第47页 |
| ·EST Analysis | 第47-48页 |
| ·MPSS Analysis | 第48页 |
| ·Microarray Analysis | 第48页 |
| ·Kinase Protein-Protein Interaction Maps | 第48页 |
| ·Database Construction | 第48页 |
| ·Development of Phylogenomic Databases | 第48-58页 |
| ·Database Construction and Navigation | 第48-54页 |
| ·Genetic Resources for Functional Analysis | 第54-55页 |
| ·Protein-Protein Interaction Maps | 第55页 |
| ·Transcriptomics | 第55-58页 |
| ·Application of Phylogenomic Databases | 第58-61页 |
| ·Identification of Eight MAPK Genes That Are Predicted to Function in the Same Signaling Cascade | 第59-60页 |
| ·Prediction of Biological Function by Integrating Protein-Protein Interaction Maps with Phylogenomic Data | 第60-61页 |
| ·Perspectives | 第61-64页 |
| 4 Identification of Rice-Diverged Glycosyltransferases through ROAD and RGTD | 第64-88页 |
| ·Introduction | 第64-68页 |
| ·Methods | 第68页 |
| ·Results and Discussion | 第68-87页 |
| ·Identification of Rice GTs | 第68-69页 |
| ·Phylogenetic Analysis | 第69-70页 |
| ·Interspecies Comparison Identifying Rice-Diverged GTs | 第70-74页 |
| ·Digital Expression Analysis | 第74-85页 |
| ·EST Analysis | 第74-76页 |
| ·MPSS Analysis | 第76-77页 |
| ·Microarray Analysis and Expression Platform Comparison | 第77-82页 |
| ·Identification of Rice-Diverged GTs with High Expression in Above-Ground Tissues | 第82-85页 |
| ·Protein Topology | 第85-86页 |
| ·Mutant Line Resources to Study Functions of GTs | 第86-87页 |
| ·Perspectives | 第87-88页 |
| References | 第88-102页 |
| Publications | 第102页 |
