| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 符号与缩略语说明 | 第15-16页 |
| 前言 | 第16-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-33页 |
| 1 有机农业与土壤质量概述 | 第17页 |
| 2 有机农业对生物多样性的影响 | 第17-20页 |
| 2.1 有机农业提高植物多样性 | 第17-18页 |
| 2.2 有机农业提高动物多样性 | 第18页 |
| 2.3 有机农业提高微生物多样性 | 第18-19页 |
| 2.4 微生物多样性与土壤生态系统 | 第19-20页 |
| 2.5 不同施肥措施和采样时期对土壤微生物的影响 | 第20页 |
| 3 捕食性细菌 | 第20-27页 |
| 3.1 捕食性细菌的来源和分类 | 第21-22页 |
| 3.2 捕食性细菌的捕食策略 | 第22-23页 |
| 3.3 捕食性细菌的应用 | 第23-24页 |
| 3.4 重要的捕食性细菌——粘细菌 | 第24-27页 |
| 4 土壤微生物生态学研究方法 | 第27-31页 |
| 4.1 传统方法 | 第27页 |
| 4.2 第二代和第三代高通量测序技术 | 第27-28页 |
| 4.3 基于细菌16S rRNA基因信息的功能预测分析 | 第28-29页 |
| 4.4 土壤微生物之间的相互作用—微生物网络 | 第29-31页 |
| 5 本研究的意义与立题依据 | 第31-32页 |
| 6 研究技术路线图 | 第32-33页 |
| 第二章 土壤微生物对有机种植的响应 | 第33-69页 |
| 第一节 有机种植模式下华中和华东地区的土壤微生物功能和结构多样性研究 | 第34-46页 |
| 1 材料与方法 | 第34-38页 |
| 1.1 基地概况 | 第34-35页 |
| 1.2 主要试剂 | 第35-36页 |
| 1.3 样品采集与处理 | 第36页 |
| 1.4 土壤酶活和理化性质的测定 | 第36页 |
| 1.5 土壤微生物的功能多样性分析(Biolog试验) | 第36-37页 |
| 1.6 土壤微生物的结构多样性分析 | 第37页 |
| 1.7 土壤DNA的提取 | 第37页 |
| 1.8 统计与分析 | 第37-38页 |
| 2 结果与分析 | 第38-46页 |
| 2.1 有机模式下的土壤酶活 | 第38-39页 |
| 2.2 有机种植模式下的土壤理化特性 | 第39-40页 |
| 2.3 土壤微生物的功能多样性分析结果 | 第40-43页 |
| 2.4 土壤微生物的结构多样性分析结果 | 第43-46页 |
| 第二节 华中和华东地区土壤微生物群落结构对有机种植模式的响应研究 | 第46-57页 |
| 1 材料与方法 | 第46-47页 |
| 1.1 土壤DNA提取 | 第46页 |
| 1.2 土壤酶活和理化性质的测定 | 第46页 |
| 1.3 细菌16S rRNA基因的高通量测序 | 第46页 |
| 1.4 统计与分析 | 第46-47页 |
| 2 结果与分析 | 第47-57页 |
| 2.1 细菌群落的α-多样性 | 第47-50页 |
| 2.2 土壤细菌群落组成对有机耕作的响应 | 第50-53页 |
| 2.3 土壤理化对微生物群落的影响 | 第53-55页 |
| 2.4 有机和常规模式下细菌组成差异分析 | 第55页 |
| 2.5 差异微生物和土壤理化相关关系分析 | 第55-57页 |
| 第三节 有机种植下贵州茶叶和新疆棉花土壤的微生物变化 | 第57-66页 |
| 1 材料与方法 | 第57页 |
| 1.1 基地概况 | 第57页 |
| 1.2 土壤DNA提取 | 第57页 |
| 1.3 土壤微生物功能多样性分析 | 第57页 |
| 1.4 细菌16S rRNA基因高通量测序Miseq PE300 | 第57页 |
| 1.5 统计与分析 | 第57页 |
| 2 结果与分析 | 第57-66页 |
| 2.1 新疆棉花和贵州茶叶土壤样本的微生物功能多样性分析结果 | 第57-62页 |
| 2.2 新疆棉花和贵州茶叶样本的微生物遗传多样性分析结果 | 第62-66页 |
| 本章讨论 | 第66-68页 |
| 本章小结 | 第68-69页 |
| 第三章 南方土壤捕食性细菌对有机种植模式的响应 | 第69-91页 |
| 1 材料与方法 | 第70-71页 |
| 1.1 基地概况 | 第70页 |
| 1.2 供试细菌 | 第70页 |
| 1.3 仪器试剂 | 第70页 |
| 1.4 土壤DNA提取和细菌16S rRNA基因高通量测序 | 第70页 |
| 1.5 土壤理化特性测定 | 第70-71页 |
| 1.6 统计分析 | 第71页 |
| 1.7 粘细菌抑制病原真菌试验 | 第71页 |
| 2 结果与分析 | 第71-88页 |
| 2.1 主要捕食性细菌在各土壤样品中的丰度信息 | 第71-72页 |
| 2.2 典型捕食性细菌在三种作物土壤中的分布情况 | 第72-76页 |
| 2.3 捕食性细菌与多样性指数的相关关系 | 第76-78页 |
| 2.4 捕食性细菌与土壤理化的相关关系 | 第78-79页 |
| 2.5 有机和常规种植模式下的捕食性细菌丰度差异 | 第79-82页 |
| 2.6 土壤细菌生态网络分析 | 第82-85页 |
| 2.7 粘细菌对不同土传病害真菌的拮抗和捕食作用 | 第85-88页 |
| 本章讨论 | 第88-90页 |
| 本章小结 | 第90-91页 |
| 第四章 不同施肥方式下水稻生长期对土壤细菌群落和功能演替的影响 | 第91-119页 |
| 1 材料与方法 | 第92-94页 |
| 1.1 采样点信息 | 第92页 |
| 1.2 样品采集与处理 | 第92页 |
| 1.3 土壤DNA提取 | 第92页 |
| 1.4 土壤理化特性测定 | 第92页 |
| 1.5 细菌16S rRNA基因高通量测序 | 第92页 |
| 1.6 统计分析 | 第92-94页 |
| 2 结果与分析 | 第94-115页 |
| 2.1 土壤理化性质差异分析 | 第94页 |
| 2.2 有机肥处理和水稻发育期对细菌多样性指数的影响 | 第94页 |
| 2.3 有机肥处理和水稻发育期对细菌群落组成的影响 | 第94-95页 |
| 2.4 有机肥处理和水稻发育期对细菌群落相似性的影响 | 第95-96页 |
| 2.5 土壤理化特性对细菌群落和功能演替的影响 | 第96-100页 |
| 2.6 不同肥料处理和发育期下的细菌功能差异分析 | 第100-104页 |
| 2.7 有机肥处理和不同水稻发育期下的细菌组成差异分析 | 第104-109页 |
| 2.8 差异微生物与细菌功能代谢和土壤理化的关系 | 第109-111页 |
| 2.9 有机肥处理和不同水稻发育期下捕食性细菌的组成差异分析 | 第111-113页 |
| 2.10 不同水稻发育期的细菌群落和功能演替 | 第113-115页 |
| 本章讨论 | 第115-118页 |
| 本章小结 | 第118-119页 |
| 参考文献 | 第119-133页 |
| 全文总结 | 第133-135页 |
| 主要创新点 | 第135-137页 |
| 问题与展望 | 第137-139页 |
| 附录 | 第139-145页 |
| 攻读博士学位期间学术成果 | 第145-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
