| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第一篇 文献综述 | 第13-41页 |
| 第一章 猪繁殖与呼吸综合征病毒分子病毒学研究进展 | 第13-41页 |
| 1 病原学 | 第13-22页 |
| 1.1 病毒发现 | 第13页 |
| 1.2 病毒分类 | 第13-14页 |
| 1.3 病毒起源 | 第14页 |
| 1.4 病毒形态结构 | 第14-15页 |
| 1.5 病毒基因组结构 | 第15-17页 |
| 1.6 病毒蛋白功能 | 第17-20页 |
| 1.6.1 病毒非结构性蛋白 | 第17-18页 |
| 1.6.2 病毒结构性蛋白 | 第18-20页 |
| 1.7 病毒感染和致病机制 | 第20-22页 |
| 2 病毒流行病学 | 第22-25页 |
| 2.1 临床症状 | 第22-23页 |
| 2.2 病理学变化 | 第23页 |
| 2.2.1 肉眼病变 | 第23页 |
| 2.2.2 显微病变 | 第23页 |
| 2.3 病毒感染的防控 | 第23-25页 |
| 3 病毒进化 | 第25-31页 |
| 3.1 美洲型PRRSV的进化 | 第26-28页 |
| 3.2 欧洲型PRRSV的进化 | 第28-31页 |
| 参考文献 | 第31-41页 |
| 第二篇 研究部分 | 第41-125页 |
| 第二章 猪繁殖与呼吸综合征病毒监测和临床疫情诊断 | 第41-63页 |
| 1 材料和方法 | 第42-46页 |
| 1.1 材料 | 第42-43页 |
| 1.1.1 临床病料采集 | 第42页 |
| 1.1.2 试剂 | 第42页 |
| 1.1.3 主要仪器 | 第42-43页 |
| 1.2 方法 | 第43-46页 |
| 1.2.1 引物设计与合成 | 第43页 |
| 1.2.2 病毒RNA/DNA的提取 | 第43-44页 |
| 1.2.3 cDNA的制备 | 第44页 |
| 1.2.4 PCR扩增 | 第44-45页 |
| 1.2.5 PCR产物的检测 | 第45页 |
| 1.2.6 肺脏组织切片制作及PRRSV免疫组化检测 | 第45页 |
| 1.2.7 肺脏组织超薄电镜切片制作 | 第45-46页 |
| 2 结果 | 第46-57页 |
| 2.1 PRRS V等病原RT-PCR检测结果 | 第46-52页 |
| 2.2 24个PRRSV阳性猪场诊断结果 | 第52-56页 |
| 2.2.1 临床症状 | 第53-54页 |
| 2.2.2 病理变化 | 第54-55页 |
| 2.2.3 组织病理学变化 | 第55页 |
| 2.2.4 免疫组化检测PRRSV | 第55-56页 |
| 2.3 电镜结果 | 第56-57页 |
| 3 讨论 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 第三章 猪繁殖与呼吸综合征病毒基因变异及JXA1-R疫苗样流行毒株分子特征 | 第63-103页 |
| 1 材料和方法 | 第64-69页 |
| 1.1 材料 | 第64-66页 |
| 1.1.1 病料 | 第64页 |
| 1.1.2 试剂 | 第64页 |
| 1.1.3 主要仪器 | 第64-66页 |
| 1.2 方法 | 第66-69页 |
| 1.2.1 引物设计与合成 | 第66-67页 |
| 1.2.2 病毒RNA/DNA的提取 | 第67页 |
| 1.2.3 cDNA的制备 | 第67页 |
| 1.2.4 PCR扩增 | 第67-68页 |
| 1.2.5 PCR产物的检测 | 第68页 |
| 1.2.6 PCR产物的纯化和测序 | 第68页 |
| 1.2.7 PCR序列拼接 | 第68页 |
| 1.2.8 全基因组序列注释及提交 | 第68页 |
| 1.2.9 全基因组序列进化树的构建 | 第68页 |
| 1.2.10 JXA1-R疫苗样毒株的分布 | 第68-69页 |
| 1.2.11 JXA1-R疫苗重组事件分析 | 第69页 |
| 2 结果 | 第69-93页 |
| 2.1 全基因组测序结果 | 第69-70页 |
| 2.2 全基因组序列进化树的构建 | 第70-75页 |
| 2.3 全基因组序列分段分析 | 第75-80页 |
| 2.3.1 UTR基因序列的比较分析 | 第75-77页 |
| 2.3.2 Nsp2蛋白氨基酸序列的比较分析 | 第77-78页 |
| 2.3.3 GP5蛋白氨基酸序列的比较分析 | 第78-80页 |
| 2.3.4 N蛋白氨基酸序列的比较分析 | 第80页 |
| 2.4 JXA1-R疫苗样毒株的分布 | 第80-84页 |
| 2.5 JXA1-R疫苗重组事件的分析结果 | 第84-89页 |
| 2.5.1 RDP v4.16对重组事件的检测结果 | 第84页 |
| 2.5.2 SIMPLOT v3.5.1对潜在重组事件的验证 | 第84-86页 |
| 2.5.3 重组事件的进化分析验证 | 第86-88页 |
| 2.5.4 重组事件的分组 | 第88页 |
| 2.5.5 重组事件的位点 | 第88-89页 |
| 2.6 JXA1-R疫苗样毒株15HUN3基因特征分析结果 | 第89-93页 |
| 2.6.1 碱基缺失 | 第89-91页 |
| 2.6.2 碱基和氨基酸突变 | 第91-93页 |
| 3 讨论 | 第93-97页 |
| 参考文献 | 第97-103页 |
| 第四章 欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株遗传变异分析 | 第103-125页 |
| 1 材料和方法 | 第104-106页 |
| 1.1 材料 | 第104页 |
| 1.1.1 病料 | 第104页 |
| 1.2 方法 | 第104-106页 |
| 1.2.1 引物设计与合成 | 第104页 |
| 1.2.2 病毒RNA的提取 | 第104页 |
| 1.2.3 cDNA的制备 | 第104-105页 |
| 1.2.4 基因组PCR扩增 | 第105页 |
| 1.2.5 PCR产物的检测 | 第105页 |
| 1.2.6 PCR产物的纯化和测序 | 第105页 |
| 1.2.7 PCR序列拼接 | 第105页 |
| 1.2.8 全基因组序列注释及提交 | 第105页 |
| 1.2.9 全基因组序列进化分析 | 第105-106页 |
| 1.2.10 重组分析 | 第106页 |
| 2 结果 | 第106-119页 |
| 2.1 全基因组PCR扩增结果 | 第106页 |
| 2.2 测序结果 | 第106-107页 |
| 2.3 全基因组序列进化树的构建 | 第107-109页 |
| 2.4 全基因组序列分段分析 | 第109-116页 |
| 2.4.1 同源性比较 | 第109-110页 |
| 2.4.2 UTR基因序列的比较分析 | 第110页 |
| 2.4.3 Nsp2蛋白氨基酸序列的比较分析 | 第110-111页 |
| 2.4.4 GP3蛋白氨基酸序列的比较分析 | 第111-113页 |
| 2.4.5 GP4蛋白氨基酸序列的比较分析 | 第113页 |
| 2.4.6 GP5蛋白氨基酸序列的比较分析 | 第113-115页 |
| 2.4.7 N蛋白氨基酸序列的比较分析 | 第115-116页 |
| 2.5 我国流行毒株的重组分析结果 | 第116-119页 |
| 2.5.1 RDP v4.16对重组事件的检测结果 | 第116页 |
| 2.5.2 SIMPLOT v3.5.1及进化分析对潜在重组事件的验证 | 第116-118页 |
| 2.5.3 重组事件的分组 | 第118-119页 |
| 3 讨论 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-125页 |
| 全文总结 | 第125-127页 |
| 博士论文创新点 | 第127-129页 |
| 附录 | 第129-149页 |
| 发表论文 | 第149-151页 |
| 致谢 | 第151页 |
