| 中文摘要 | 第3-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-27页 |
| 1.1 远缘杂交形成新物种的研究进展 | 第18-23页 |
| 1.1.1 同倍体物种的形成 | 第18-21页 |
| 1.1.2 鱼类天然雌核发育的应用 | 第21-22页 |
| 1.1.3 远缘杂交形成新物种的意义 | 第22-23页 |
| 1.2 本研究的主要内容 | 第23-26页 |
| 1.2.1 锦鲤与团头鲂杂交鱼的形成 | 第23-24页 |
| 1.2.2 锦鲤与团头鲂杂交后代形态学和繁殖特性研究 | 第24页 |
| 1.2.3 锦鲤与团头鲂杂交后代AFLP和SSR分析 | 第24页 |
| 1.2.4 锦鲤与团头鲂杂交后代荧光原位杂交(FISH)研究 | 第24-25页 |
| 1.2.5 线粒体DNA全序列研究比较 | 第25页 |
| 1.2.6 同源二倍体红鲫肝脏转录组与亲本锦鲤和团头鲂肝脏转录组分析 | 第25页 |
| 1.2.7 锦鲤与团头鲂杂交后代基因组DNA(5S rDNA, Sox基因与Hox基因)的遗传变异分析 | 第25-26页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第26-27页 |
| 第二章 锦鲤与团头鲂杂交后代鱼的形成 | 第27-39页 |
| 2.1 实验材料和方法 | 第27-30页 |
| 2.1.1 实验鱼与杂交试验 | 第27-28页 |
| 2.1.2 染色体的制备 | 第28-29页 |
| 2.1.3 DNA含量的检测 | 第29页 |
| 2.1.4 红细胞的外形特征以及细胞核体积大小 | 第29-30页 |
| 2.2 结果 | 第30-37页 |
| 2.2.1 锦鲤与团头鲂远缘杂交后代孵化率、受精率和存活率统计 | 第30页 |
| 2.2.2 染色体数目的检测和核型分析 | 第30-33页 |
| 2.2.3 DNA含量检测 | 第33-35页 |
| 2.2.4 红细胞核的体积大小 | 第35-36页 |
| 2.2.5 红细胞核的特征 | 第36-37页 |
| 2.3 结论 | 第37-39页 |
| 第三章 锦鲤与团头鲂杂交鱼的形态学与生理学研究 | 第39-48页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第39-41页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第39页 |
| 3.1.2 形态学测量方法 | 第39-40页 |
| 3.1.3 生理学(繁殖)特性分析 | 第40页 |
| 3.1.4 肌肉营养成分测定步骤 | 第40-41页 |
| 3.2 结果 | 第41-46页 |
| 3.2.1 可数性状和可量性状分析 | 第41-43页 |
| 3.2.2 生理学特征研究结果 | 第43-45页 |
| 3.2.3 锦鲤、团头鲂和同源二倍红鲫肌肉营养成分分析 | 第45-46页 |
| 3.3 讨论 | 第46-48页 |
| 第四章 锦鲤、团头鲂、同源二倍体红鲫和同源二倍体金鱼AFLP分析和SSR分析 | 第48-58页 |
| 4.1 实验材料与方法 | 第48-52页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第48页 |
| 4.1.2 基因组DNA的提取 | 第48页 |
| 4.1.3 AFLP分析 | 第48-50页 |
| 4.1.4 微卫星引物的设计及基因组DNA的提取 | 第50-51页 |
| 4.1.5 AFLP数据处理 | 第51页 |
| 4.1.6 SSR数据处理 | 第51-52页 |
| 4.2 结果 | 第52-57页 |
| 4.2.1 AFLP结果分析 | 第52-53页 |
| 4.2.2 遗传距离的计算 | 第53-54页 |
| 4.2.3 微卫星结果分析 | 第54-57页 |
| 4.3 讨论 | 第57-58页 |
| 第五章 锦鲤与团头鲂杂交后代5S rDNA变异分析和荧光原位杂交 | 第58-68页 |
| 5.1 实验材料与方法 | 第58-59页 |
| 5.1.1 材料及基因组DNA的提取 | 第58页 |
| 5.1.2 PCR扩增、克隆和测序 | 第58-59页 |
| 5.1.3 荧光原位杂交(FISH) | 第59页 |
| 5.2 结果 | 第59-66页 |
| 5.2.1 5S rDNA结构单元的多态性 | 第59-65页 |
| 5.2.2 荧光原位杂交分析 | 第65-66页 |
| 5.3 结论 | 第66-68页 |
| 第六章 锦鲤与团头鲂远缘杂交后代线粒体分析 | 第68-77页 |
| 6.1 实验材料与方法 | 第68-70页 |
| 6.1.1 实验材料 | 第68页 |
| 6.1.2 DNA的提取 | 第68页 |
| 6.1.3 线粒体扩增引物设计和PCR扩增及产物检测 | 第68-69页 |
| 6.1.4 扩增片段回收及测序 | 第69-70页 |
| 6.2 结果 | 第70-76页 |
| 6.2.1 锦鲤、团头鲂和同源二倍体红鲫的线粒体基本结构分析 | 第70-72页 |
| 6.2.2 同源二倍体红鲫线粒体酶切图谱分析 | 第72-74页 |
| 6.2.3 同源二倍体红鲫与亲本锦鲤和团头鲂线粒体基因组比较 | 第74-75页 |
| 6.2.4 线粒体全序列进化树分析 | 第75-76页 |
| 6.3 讨论 | 第76-77页 |
| 第七章 锦鲤与团头鲂杂交后代及其亲本Sox-HMG和Hox基因结构组成和变异分析 | 第77-83页 |
| 7.1 实验材料和方法 | 第77-78页 |
| 7.1.1 基因组的提取、PCR扩增和克隆 | 第77-78页 |
| 7.1.2 测序和序列分析 | 第78页 |
| 7.2 结果 | 第78-81页 |
| 7.2.1 同源二倍体红鲫及亲本Sox基因分析 | 第78-79页 |
| 7.2.2 同源二倍体红鲫其亲本Hox基因结果分析 | 第79-81页 |
| 7.3 讨论 | 第81-83页 |
| 第八章 锦鲤与团头鲂杂交后代转录组研究分析 | 第83-94页 |
| 8.1 实验材料与方法 | 第83-84页 |
| 8.1.1 实验材料 | 第83页 |
| 8.1.2 RNA的提取与检测及文库构建 | 第83-84页 |
| 8.2 文库测序 | 第84-85页 |
| 8.3 生物信息学分析 | 第85-88页 |
| 8.3.1 生物信息学分析流程 | 第85-86页 |
| 8.3.2 测序数据质量评估 | 第86页 |
| 8.3.3 插入片段质控 | 第86页 |
| 8.3.4 转录本分类 | 第86页 |
| 8.3.5 转录本聚类与较正 | 第86页 |
| 8.3.6 融合基因 | 第86-87页 |
| 8.3.7 参考基因比对 | 第87页 |
| 8.3.8 与参考序列注释比较 | 第87页 |
| 8.3.9 ncRNA预测 | 第87页 |
| 8.3.10 饱和曲线分析 | 第87页 |
| 8.3.11 变异检测 | 第87页 |
| 8.3.12 可变剪切 | 第87页 |
| 8.3.13 新基因检测 | 第87-88页 |
| 8.3.14 功能注释 | 第88页 |
| 8.3.15 编码蛋白框预测 | 第88页 |
| 8.3.16 基因结构优化 | 第88页 |
| 8.4 结果 | 第88-92页 |
| 8.4.1 锦鲤肝脏转录本数据分析 | 第88页 |
| 8.4.2 团头鲂肝脏转录本数据分析 | 第88-89页 |
| 8.4.3 同源二倍体红鲫肝脏转录本分析 | 第89页 |
| 8.4.4 锦鲤、团头鲂和同源二倍体红鲫新基因的注释分析 | 第89-90页 |
| 8.4.5 锦鲤、团头鲂和同源二倍体红鲫KEGG注释分析 | 第90-91页 |
| 8.4.6 锦鲤、团头鲂和同源二倍体红鲫的同源序列分析 | 第91页 |
| 8.4.7 同源二倍体红鲫肝脏转录本的融合基因分析 | 第91-92页 |
| 8.5 讨论 | 第92-94页 |
| 第九章 总结 | 第94-101页 |
| 9.1 同源二倍体鱼的形成 | 第94页 |
| 9.2 形态学及生理学分析 | 第94-95页 |
| 9.3 AFLP和SSR分析 | 第95-96页 |
| 9.4 5S rDNA和FISH实验 | 第96-97页 |
| 9.5 同源二倍体红鲫与亲本之间线粒体的分析 | 第97页 |
| 9.6 Sox-HMG和Hox基因分析 | 第97-99页 |
| 9.7 锦鲤、团头鲂和同源二倍体红鲫转录组分析 | 第99-100页 |
| 9.8 本论文的研究展望 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-109页 |
| 附件 | 第109-111页 |
| 博士学习期间撰写、发表的主要论文及获奖情况 | 第111-112页 |
| 致谢 | 第112-114页 |
