| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-28页 |
| 1.1 鱼类体色研究进展 | 第16-22页 |
| 1.1.1 鱼类色素细胞的种类和特点 | 第16-17页 |
| 1.1.2 鱼类色素细胞颗粒的生化组成和分布 | 第17-18页 |
| 1.1.3 影响鱼类体色改变的因素 | 第18-19页 |
| 1.1.4 鱼类体色改变相关基因研究进展 | 第19-22页 |
| 1.2 表观遗传学在鱼类研究中进展 | 第22-25页 |
| 1.2.1 表观遗传学概述 | 第22-23页 |
| 1.2.2 DNA甲基化的研究方法与应用 | 第23-24页 |
| 1.2.3 DNA甲基化在鱼类中的研究进展 | 第24-25页 |
| 1.3 转录组学与Cas9基因敲除方法及其在鱼类体色研究中的应用 | 第25-27页 |
| 1.3.1 转录组学的研究方法及应用 | 第25-26页 |
| 1.3.2 转录组在鱼类体色研究进展 | 第26-27页 |
| 1.3.3 CRISPR/Cas9基因敲除方法及其在鱼类研究中的应用 | 第27页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 第二章 红鲫不同体色发育时期皮肤色素细胞的观察 | 第28-35页 |
| 2.1 实验材料与试剂 | 第28-29页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第28页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第28页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第28-29页 |
| 2.2 实验方法 | 第29页 |
| 2.2.1 皮肤的取样与观察 | 第29页 |
| 2.2.2 皮肤组织冰冻切片的制作 | 第29页 |
| 2.2.3 皮肤组织透射电镜切片的制作 | 第29页 |
| 2.3 结果与分析 | 第29-33页 |
| 2.3.1 红鲫不同体色发育时期色素细胞的观察 | 第29-30页 |
| 2.3.2 红鲫不同体色发育时期色素细胞的形态与结构观察 | 第30-33页 |
| 2.4 讨论 | 第33-35页 |
| 第三章 基于高通量测序的红鲫不同体色发育时期皮肤转录组学分析 | 第35-56页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第35-36页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第35页 |
| 3.1.2 主要试剂与仪器 | 第35-36页 |
| 3.2 实验方法 | 第36-41页 |
| 3.2.1 红鲫皮肤组织总RNA的提取与检测 | 第36-37页 |
| 3.2.2 cDNA文库的构建及测序 | 第37页 |
| 3.2.3 测序数据后的生物信息学分析 | 第37-39页 |
| 3.2.4 转录组测序结果的qPCR验证 | 第39-41页 |
| 3.3 结果与分析 | 第41-51页 |
| 3.3.1 红鲫皮肤转录组测序数据的组装结果 | 第41-42页 |
| 3.3.2 红鲫转录组组装数据的功能注释结果 | 第42-47页 |
| 3.3.3 三个不同体色发育时期皮肤转录组差异表达基因分析 | 第47-50页 |
| 3.3.4 qPCR验证 | 第50-51页 |
| 3.4 讨论 | 第51-56页 |
| 第四章 红鲫皮肤与白鲫皮肤组织转录组数据分析 | 第56-70页 |
| 4.1 实验材料与试剂 | 第56-57页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第56页 |
| 4.1.2 仪器与试剂 | 第56-57页 |
| 4.2 实验方法 | 第57-61页 |
| 4.2.1 皮肤组织中总RNA的提取与分离 | 第57页 |
| 4.2.2 皮肤组织的cDNA文库构建、测序及信息学分析 | 第57页 |
| 4.2.3 转录组测序结果的qPCR验证 | 第57-59页 |
| 4.2.4 皮肤组织蛋白的提取与检测 | 第59-61页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第61-66页 |
| 4.3.1 红鲫与白鲫皮肤转录组测序数据的组装结果 | 第61页 |
| 4.3.2 转录组组装数据的功能注释结果 | 第61-62页 |
| 4.3.3 红鲫与白鲫皮肤转录组中差异表达基因结果 | 第62-65页 |
| 4.3.4 qPCR验证结果 | 第65-66页 |
| 4.3.5 western blot检测结果 | 第66页 |
| 4.4 讨论 | 第66-70页 |
| 第五章 红鲫与白鲫皮肤组织DNA甲基化水平的研究 | 第70-88页 |
| 5.1 实验材料与试剂 | 第70页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第70页 |
| 5.1.2 实验试剂 | 第70页 |
| 5.2 实验方法 | 第70-75页 |
| 5.2.1 红鲫与白鲫皮肤组织DNA的提取 | 第70-71页 |
| 5.2.2 DNA甲基化文库在构建和测序 | 第71-72页 |
| 5.2.3 测序数据的处理与分析 | 第72-74页 |
| 5.2.4 差异甲基化位点的GO与KEGG分析 | 第74页 |
| 5.2.5 差异甲基化基因及其位点的筛选 | 第74-75页 |
| 5.3 实验结果 | 第75-85页 |
| 5.3.1 测序数据的质控与过滤 | 第75-76页 |
| 5.3.2 DNA甲基化位点分布与甲基化水平 | 第76-80页 |
| 5.3.3 DNA甲基化水平组间比较 | 第80-85页 |
| 5.4 讨论 | 第85-88页 |
| 第六章 红斑马鱼mitfa基因的敲除及其过表达 | 第88-100页 |
| 6.1 实验材料与试剂 | 第88页 |
| 6.1.1 实验材料 | 第88页 |
| 6.1.2 实验仪器 | 第88页 |
| 6.1.3 实验试剂 | 第88页 |
| 6.2 实验方法 | 第88-94页 |
| 6.2.1 红色斑马鱼色素细胞观察 | 第88-89页 |
| 6.2.2 红斑马鱼mitfa基因的Cas9敲除 | 第89-91页 |
| 6.2.3 红斑马鱼mitfa基因的过表达 | 第91-94页 |
| 6.3 结果与分析 | 第94-97页 |
| 6.3.1 红色斑马鱼色素细胞的观察 | 第94-95页 |
| 6.3.2 红斑马鱼mitfa基因敲除 | 第95-96页 |
| 6.3.3 红斑马鱼mitfa基因过表达 | 第96-97页 |
| 6.4 讨论 | 第97-100页 |
| 第七章 结论与展望 | 第100-103页 |
| 参考文献 | 第103-117页 |
| 附录 | 第117-118页 |
| 致谢 | 第118-120页 |
