| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略语表 | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-22页 |
| 1.1 新一代测序技术的应用 | 第12-13页 |
| 1.2 植物转录组学技术研究进展 | 第13-18页 |
| 1.2.1 植物转录组学技术的研究历程 | 第13-14页 |
| 1.2.2 RNA-seq技术的优势 | 第14-15页 |
| 1.2.3 RNA-seq的测序及分析流程 | 第15-16页 |
| 1.2.4 RNA-seq在植物基因组中的应用 | 第16-18页 |
| 1.3 甘蓝型油菜基因组结构特征 | 第18-19页 |
| 1.3.1 常规甘蓝型油菜基因组结构特征 | 第18-19页 |
| 1.3.2 新型甘蓝型油菜基因组结构特征 | 第19页 |
| 1.4 种间杂交诱导的植物基因组胁迫与遗传效应 | 第19-20页 |
| 1.5 转座子活动与植物基因组变异 | 第20页 |
| 1.6 本研究的目的意义 | 第20-22页 |
| 2 材料和方法 | 第22-27页 |
| 2.1 实验数据 | 第22页 |
| 2.2 实验材料分类 | 第22-23页 |
| 2.3 实验方法 | 第23-27页 |
| 2.3.1 数据预处理及参考序列的选择 | 第23-25页 |
| 2.3.1.1 数据预处理 | 第23-24页 |
| 2.3.1.2 基因表达分析参考的选择注释方法 | 第24页 |
| 2.3.1.3 转座子表达分析参考构建 | 第24-25页 |
| 2.3.2 基于不同参考序的读段定位 | 第25页 |
| 2.3.3 不同类型甘蓝型油菜基因表达差异分析 | 第25页 |
| 2.3.3.1 基因表达量计算 | 第25页 |
| 2.3.3.2 基因表达差异分析 | 第25页 |
| 2.3.4 不同类型甘蓝型油菜差异表达基因GO和KEGG富集分析 | 第25-26页 |
| 2.3.5 不同甘蓝型油菜转座子表达差异分析 | 第26-27页 |
| 2.3.5.1 原始序列拼接与拼接质量评价 | 第26页 |
| 2.3.5.2 不同甘蓝型油菜转座子表达类型差异 | 第26页 |
| 2.3.5.3 不同甘蓝型油菜不同类型转座子表达量分析 | 第26-27页 |
| 3 结果与分析 | 第27-49页 |
| 3.1 转录组数据预处理及参考序列的选择 | 第27-30页 |
| 3.1.1 转录组数据预处理 | 第27-28页 |
| 3.1.2 基因表达分析参考序列注释 | 第28页 |
| 3.1.3 转座子表达分析中参考序列的构建 | 第28-30页 |
| 3.2 基于不同参考序列的读段定位 | 第30-32页 |
| 3.3 不同甘蓝型油菜基因表达差异 | 第32-39页 |
| 3.3.1 不同甘蓝型油菜基因表达数目的差异 | 第33-34页 |
| 3.3.2 不同甘蓝型油菜基因表达量差异的比较 | 第34-36页 |
| 3.3.3 白菜型油菜与不同类型甘蓝型油菜基因表达差异 | 第36-37页 |
| 3.3.4 基于系谱关系分析子代与双亲基因表达差异 | 第37-39页 |
| 3.4 不同类型甘蓝型油菜差异表达基因功能 | 第39-42页 |
| 3.5 不同类型油菜转座子的表达 | 第42-49页 |
| 3.5.1 不同类型油菜转录组序列拼接结果 | 第42页 |
| 3.5.2 不同类型油菜转录组序列拼接结果的可靠性分析 | 第42-43页 |
| 3.5.3 不同类型甘蓝型油菜转座子表达类型的差异 | 第43-44页 |
| 3.5.4 不同类型甘蓝型油菜转座子表达量的差异 | 第44-47页 |
| 3.5.5 基于系谱关系分析子代与亲本的转座子表达量差异 | 第47-49页 |
| 4 分析与讨论 | 第49-51页 |
| 4.1 白菜型油菜与甘蓝型油菜的表达差异 | 第49页 |
| 4.2 不同基因组胁迫条件对甘蓝型油菜基因组结构的影响 | 第49-50页 |
| 4.3 不同基因组胁迫条件对甘蓝型油菜转座子活动的影响 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 附录 | 第55-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
