| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 符号及缩略语说明 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-28页 |
| 第一节 土壤微生物多样性及其研究进展 | 第14-20页 |
| 1 土壤微生物多样性内涵 | 第14-15页 |
| 2 土壤微生物多样性研究方法 | 第15-18页 |
| 2.1 传统微生物平板培养法 | 第15页 |
| 2.2 生理学方法(BIOLOG) | 第15-16页 |
| 2.3 基于核酸的分子生物学法 | 第16-17页 |
| 2.4 基于细胞膜化学成分的生物化学法(PLFA/FAME) | 第17-18页 |
| 3 土壤微生物多样性的影响因素 | 第18-19页 |
| 4 生物群落梯度分析简介 | 第19-20页 |
| 4.1 直接梯度分析(Direct gradient analysis) | 第19页 |
| 4.2 间接梯度分析(Indirect gradient annlysis) | 第19-20页 |
| 4.3 约束直接梯度分析方法 | 第20页 |
| 第二节 矿物风化细菌资源及其多样性 | 第20-27页 |
| 1 矿物风化作用及其类型 | 第20-21页 |
| 2 矿物风化细菌多样性研究进展 | 第21-24页 |
| 2.1 研究矿物风化作用的意义 | 第21页 |
| 2.2 矿物风化细菌研究进展 | 第21-23页 |
| 2.3 各类自然环境中矿物风化细菌多样性 | 第23-24页 |
| 3 微生物参与矿物风化作用的机理 | 第24-25页 |
| 4 水稻土微生物多样性的研究 | 第25-27页 |
| 第三节 本课题的研究目的和意义 | 第27-28页 |
| 1 研究内容 | 第27页 |
| 2 本课题的研究意义 | 第27-28页 |
| 第二章 水稻土剖面细菌多样性及其影响因素的研究 | 第28-56页 |
| 1 材料 | 第28-31页 |
| 1.1 土壤样品采集 | 第28-29页 |
| 1.2 主要仪器设备及试剂 | 第29-31页 |
| 1.3 PCR引物及克隆载体 | 第31页 |
| 2 实验方法 | 第31-35页 |
| 2.1 土壤理化性质分析 | 第31-32页 |
| 2.2 土壤样品总DNA提取 | 第32-33页 |
| 2.3 细菌16S rDNA V3区扩增 | 第33页 |
| 2.4 细菌16S rDNA V3区PCR-DGGE | 第33-34页 |
| 2.5 数据分析 | 第34-35页 |
| 3 结果与分析 | 第35-53页 |
| 3.1 土壤理化因子分析 | 第35-37页 |
| 3.2 太湖水稻土剖面细菌16S rRNA基因V3区DGGE分析 | 第37-41页 |
| 3.3 盐亭紫色水稻土剖面细菌16S rRNA基因V3区DGGE分析 | 第41-46页 |
| 3.4 环境因子对细菌群落结构的影响 | 第46-53页 |
| 4 讨论 | 第53-56页 |
| 4.1 水稻土中细菌群落的垂直分布 | 第53-55页 |
| 4.2 水稻土中环境因子与细菌群落结构的关系 | 第55-56页 |
| 第三章 水稻土剖面中微生物功能多样性的研究 | 第56-72页 |
| 1 材料 | 第56页 |
| 2 实验方法 | 第56-57页 |
| 2.1 BIOLOG ECO板简介 | 第56页 |
| 2.2 微生物的提取、稀释及培养 | 第56页 |
| 2.3 数据分析 | 第56-57页 |
| 3 结果与分析 | 第57-69页 |
| 3.1 AWCD和香农多样性指标 | 第57-61页 |
| 3.2 水稻土剖面各层微生物对底物利用程度的分析 | 第61-63页 |
| 3.3 碳源利用的主成分分析 | 第63-68页 |
| 3.4 土壤微生物碳源利用特征与环境因子相关性 | 第68-69页 |
| 4 讨论 | 第69-72页 |
| 第四章 水稻土剖面中矿物风化细菌的多样性及其风化特性研究 | 第72-110页 |
| 第一节 矿物风化细菌的种群分布及其风化特性 | 第72-97页 |
| 1 材料 | 第72页 |
| 2 实验方法 | 第72-74页 |
| 2.1 土壤微生物计数及细菌的分离保存 | 第72页 |
| 2.2 摇瓶条件下供试菌株对黑云母的风化作用 | 第72-73页 |
| 2.3 供试菌株产铁载体能力的研究 | 第73页 |
| 2.4 水稻土剖面高效矿物风化细菌的遗传多样性分析 | 第73-74页 |
| 3 结果与分析 | 第74-94页 |
| 3.1 水稻土剖面各层细菌数量 | 第74-75页 |
| 3.2 摇瓶条件下供试菌株对黑云母的风化作用 | 第75-78页 |
| 3.3 供试菌株产铁载体能力的研究 | 第78-80页 |
| 3.4 高效矿物风化能力细菌的种群分析 | 第80-89页 |
| 3.5 水稻土矿物风化细菌对黑云母的风化模式 | 第89-94页 |
| 4 讨论 | 第94-97页 |
| 4.1 水稻土矿物风化细菌对黑云母的风化效果 | 第94-96页 |
| 4.2 水稻土中高效矿物风化细菌种群的分布 | 第96-97页 |
| 第二节 矿物风化细菌1007的分类地位研究 | 第97-110页 |
| 1 材料 | 第97-98页 |
| 1.1 菌株 | 第97-98页 |
| 1.2 培养基及试剂 | 第98页 |
| 2 方法 | 第98-103页 |
| 2.1 菌株形态观察及生理生化性状 | 第98页 |
| 2.2 API鉴定系统分析 | 第98-99页 |
| 2.3 菌体极性脂类成分分析 | 第99页 |
| 2.4 菌体细胞脂肪酸成分分析 | 第99-100页 |
| 2.5 菌体异戊二烯醌分析 | 第100页 |
| 2.6 细菌16S rRNA基因序列分析 | 第100-101页 |
| 2.7 细菌G+C mol%含量的测定 | 第101-102页 |
| 2.8 DNA-DNA同源性测定 | 第102-103页 |
| 3 结果与分析 | 第103-110页 |
| 3.1 细菌形态和生理生化特性 | 第103页 |
| 3.2 API鉴定系统 | 第103-105页 |
| 3.3 菌株极性脂类分析 | 第105-106页 |
| 3.4 细胞脂肪酸和菌体醌组成分析和比较 | 第106-107页 |
| 3.5 16S rRNA基因序列分析 | 第107-108页 |
| 3.6 菌株DNA G+C mol%分析 | 第108-109页 |
| 3.7 菌株DNA-DNA同源性分析 | 第109-110页 |
| 全文总结及展望 | 第110-112页 |
| 本文创新之处 | 第112-114页 |
| 参考文献 | 第114-126页 |
| 附录 | 第126-156页 |
| 攻读博士学位期间发表(投稿)论文 | 第156-158页 |
| 致谢 | 第158页 |
