| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 缩略语说明 | 第14-15页 |
| 文献综述 | 第15-41页 |
| 第一节 地质微生物多样性及其研究进展 | 第15-28页 |
| 1. 地质微生物学的定义及研究内容 | 第15页 |
| 2. 微生物多样性的科学含义及研究内容 | 第15-17页 |
| 2.1 微生物物种多样性 | 第16页 |
| 2.2 微生物遗传多样性 | 第16页 |
| 2.3 微生物结构多样性 | 第16页 |
| 2.4 微生物功能多样性 | 第16-17页 |
| 3. 微生物生态学的研究方法 | 第17-28页 |
| 3.1 传统微生物平板纯培养法 | 第17页 |
| 3.2 基于生理特性的分析方法(Biolog微平板法) | 第17-19页 |
| 3.3 基于细胞组分的生物化学分析法(PLFA/FAME) | 第19-20页 |
| 3.4 基于核酸的分子生物学方法 | 第20-28页 |
| 第二节 岩石(矿物)与微生物相互作用研究 | 第28-39页 |
| 1. 岩石(矿物)风化的科学含义及其研究意义 | 第28-29页 |
| 2. 岩石(矿物)风化作用类型 | 第29-30页 |
| 3. 岩石(矿物)表生微生物群落及其多样性研究 | 第30-31页 |
| 4. 岩石(矿物)风化微生物资源研究 | 第31-34页 |
| 4.1 岩石(矿物)风化细菌资源研究 | 第31-33页 |
| 4.2 岩石(矿物)风化真菌资源研究 | 第33-34页 |
| 5. 微生物风化岩石(矿物)作用机理研究 | 第34-39页 |
| 5.1 细菌风化岩石(矿物)作用机制 | 第35-37页 |
| 5.2 真菌风化岩石(矿物)作用机制 | 第37-39页 |
| 第三节 研究目的与意义 | 第39-41页 |
| 第一章 不同微生境钾质粗面岩表生细菌群落结构及其影响因素研究 | 第41-67页 |
| 1. 材料 | 第41-43页 |
| 1.1 岩石样品采集 | 第41-42页 |
| 1.2 主要试剂 | 第42-43页 |
| 2. 试验方法 | 第43-50页 |
| 2.1 岩石样品理化性质的测定 | 第43-44页 |
| 2.2 岩石样品矿物学性质的分析 | 第44页 |
| 2.3 岩石微生物基因组总DNA的提取 | 第44-45页 |
| 2.4 细菌16S rRNAV3-V4区基因PCR扩增及高通量测序 | 第45-47页 |
| 2.5 数据分析 | 第47-50页 |
| 3. 结果与分析 | 第50-62页 |
| 3.1 不同微生境下钾质粗面岩样品理化性质的比较 | 第50页 |
| 3.2 不同钾质粗面岩样品矿物组分分析 | 第50-52页 |
| 3.3 不同微生境下钾质粗面岩表生细菌群落结构及多样性 | 第52-60页 |
| 3.4 岩石样品理化因子对细菌群落结构的影响 | 第60-62页 |
| 4. 讨论 | 第62-67页 |
| 4.1 454高通量测序技术在研究微生物种群及其多样性方面的优势 | 第62-63页 |
| 4.2 细菌种群在不同微生境下钾质粗面岩表面的分布情况 | 第63-65页 |
| 4.3 环境因子对细菌群落结构的影响 | 第65-67页 |
| 第二章 不同微生境钾质粗面岩中可培养细菌分离纯化及其风化效应研究 | 第67-101页 |
| 1. 材料 | 第67-68页 |
| 1.1 采集样品 | 第67页 |
| 1.2 培养基 | 第67-68页 |
| 1.3 摇瓶试验供试岩石 | 第68页 |
| 2. 试验方法 | 第68-71页 |
| 2.1 钾质粗面岩表生细菌计数及细菌菌株的分离、纯化和保存 | 第68页 |
| 2.2 摇瓶条件下供试菌株对钾质粗面岩的风化效应 | 第68-69页 |
| 2.3 供试菌株生物学特性研究 | 第69页 |
| 2.4 高效岩石风化菌株溶解钾质粗面岩的动态研究 | 第69页 |
| 2.5 岩石风化细菌菌株系统发育分析 | 第69-71页 |
| 3. 结果与分析 | 第71-96页 |
| 3.1 钾质粗面岩中细菌数量 | 第71页 |
| 3.2 摇瓶条件下供试菌株对钾质粗面岩的风化效果 | 第71-79页 |
| 3.3 供试菌株生物学特性 | 第79-81页 |
| 3.4 高效岩石风化菌株溶解钾质粗面岩过程中元素的动态变化 | 第81-88页 |
| 3.5 岩石风化菌株系统发育分析 | 第88-93页 |
| 3.6 不同种属岩石风化细菌对钾质粗面岩各结构元素溶出能力的比较 | 第93-96页 |
| 4. 讨论 | 第96-101页 |
| 4.1 钾质粗面岩中可培养细菌对钾质粗面岩的风化效果 | 第96-98页 |
| 4.2 钾质粗面岩结构元素的溶出趋势 | 第98页 |
| 4.3 钾质粗面岩中与岩石风化有关的细菌种群及其分布 | 第98-101页 |
| 第三章 岩石风化细菌JN53的分类地位研究 | 第101-119页 |
| 1 材料 | 第101-102页 |
| 1.1 菌株 | 第101页 |
| 1.2 培养基及试剂 | 第101-102页 |
| 2 方法 | 第102-108页 |
| 2.1 菌株形态观察及生理生化性状 | 第102页 |
| 2.2 API鉴定系统分析 | 第102-103页 |
| 2.3 Biolog GN2微平板分析 | 第103页 |
| 2.4 菌体异戊二烯醌类型分析 | 第103-104页 |
| 2.5 菌体多胺类型分析 | 第104页 |
| 2.6 菌体细胞脂肪酸成分分析 | 第104-105页 |
| 2.7 菌体极性脂成分分析 | 第105-106页 |
| 2.8 菌体16S rRNA基因序列分析 | 第106页 |
| 2.9 菌体G+C摩尔百分含量分析 | 第106-108页 |
| 2.10 DNA-DNA杂交 | 第108页 |
| 3 结果与分析 | 第108-119页 |
| 3.1 菌株JN53菌体形态和生理生化特性 | 第108-109页 |
| 3.2 菌株对不同碳源的利用情况 | 第109-110页 |
| 3.3 菌株酶活性 | 第110页 |
| 3.4 菌株呼吸醌类型 | 第110页 |
| 3.5 菌株产多胺类型 | 第110-112页 |
| 3.6 菌株脂肪酸组分 | 第112-114页 |
| 3.7 菌株极性脂类型 | 第114页 |
| 3.8 菌株16S rRNA基因序列分析比对 | 第114-115页 |
| 3.9 菌株DNA G+C摩尔百分含量 | 第115页 |
| 3.10 菌株DNA-DNA同源性 | 第115-119页 |
| 第四章 营养条件对菌株JN53风化矿物效果的影响 | 第119-139页 |
| 1. 材料 | 第119-120页 |
| 1.1 菌株 | 第119页 |
| 1.2 培养基 | 第119-120页 |
| 1.3 供试矿物 | 第120页 |
| 2. 试验方法 | 第120-121页 |
| 2.1 矿物样品制备 | 第120页 |
| 2.2 不同培养基中供试菌株对不同矿物的风化作用 | 第120-121页 |
| 3. 结果 | 第121-135页 |
| 3.1 营养条件对菌株生长的影响 | 第121-123页 |
| 3.2 营养条件对菌株发酵液pH值的影响 | 第123-126页 |
| 3.3 营养条件对菌株释放矿物中Fe的影响 | 第126-129页 |
| 3.4 营养条件对菌株释放矿物中Al的影响 | 第129-131页 |
| 3.5 营养条件对菌株释放矿物中Si的影响 | 第131-133页 |
| 3.6 营养条件对菌株释放矿物中K的影响 | 第133-135页 |
| 4. 讨论 | 第135-139页 |
| 4.1 矿物种类对细菌风化矿物效能的影响 | 第135-136页 |
| 4.2 不同培养基对菌株风化矿物效能的影响 | 第136-137页 |
| 4.3 菌株JN53风化硅酸岩矿物的可能作用机制 | 第137-139页 |
| 全文总结 | 第139-141页 |
| 本文创新之处 | 第141-143页 |
| 参考文献 | 第143-157页 |
| 附录 | 第157-179页 |
| 攻读博士学位期间发表论文 | 第179-181页 |
| 致谢 | 第181页 |
