| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 第一章 前言 | 第18-50页 |
| 1.1 亲缘地理学 | 第18-33页 |
| 1.1.1 亲缘地理学简介 | 第18页 |
| 1.1.2 亲缘地理学相关理论 | 第18-22页 |
| 1.1.3 亲缘地理学研究方法 | 第22-27页 |
| 1.1.4 第二代测序技术及其在亲缘地理学研究中的应用 | 第27-33页 |
| 1.2 中国亚热带常绿阔叶林概述和相关研究进展 | 第33-37页 |
| 1.2.1 中国亚热带常绿阔叶林的分布和气候特征 | 第33页 |
| 1.2.2 中国亚热带常绿阔叶林的起源和发展 | 第33-34页 |
| 1.2.3 中国亚热带常绿阔叶林应对第四纪气候变化的两种假说 | 第34-37页 |
| 1.3 海南岛的形成历史及相关生物地理学研究进展 | 第37-39页 |
| 1.3.1 海南岛的起源和形成历史 | 第37-38页 |
| 1.3.2 海南岛和邻近大陆间断分布类群的生物地理学研究进展 | 第38-39页 |
| 1.4 中药鉴定技术概况与研究进展 | 第39-42页 |
| 1.5 三叶崖爬藤概况和相关研究现状 | 第42-46页 |
| 1.5.1 物种概况 | 第42页 |
| 1.5.2 化学成分和药理活性研究 | 第42-44页 |
| 1.5.3 种质鉴定和资源评价研究 | 第44-45页 |
| 1.5.4 群体遗传学研究 | 第45页 |
| 1.5.5 崖爬藤属分类和分子系统学研究 | 第45-46页 |
| 1.6 存在的问题 | 第46-47页 |
| 1.7 本研究的内容和目的 | 第47-50页 |
| 1.7.1 研究内容 | 第47-48页 |
| 1.7.2 研究目的和意义 | 第48-50页 |
| 第二章 野生资源调查及样品收集 | 第50-65页 |
| 2.1 三叶崖爬藤的野外调查和取样 | 第50-57页 |
| 2.1.1 标本和文献查阅 | 第50-51页 |
| 2.1.2 样品采集方法 | 第51-57页 |
| 2.2 野生三叶崖爬藤资源调查总结 | 第57-65页 |
| 2.2.1 资源概况 | 第57-60页 |
| 2.2.2 种内形态变异 | 第60-65页 |
| 第三章 基于叶绿体序列的亲缘地理学研究 | 第65-96页 |
| 3.1 材料 | 第65-66页 |
| 3.2 方法 | 第66-77页 |
| 3.2.1 基因组总DNA的提取 | 第66-67页 |
| 3.2.2 叶绿体片段筛选、扩增和测序 | 第67-73页 |
| 3.2.3 群体遗传与谱系地理结构分析 | 第73-74页 |
| 3.2.4 单倍型系统发育关系和分歧时间估算 | 第74-75页 |
| 3.2.5 祖先分布区重建 | 第75-77页 |
| 3.3 结果 | 第77-92页 |
| 3.3.1 群体遗传多样性 | 第77页 |
| 3.3.2 单倍型谱系关系 | 第77-82页 |
| 3.3.3 群体遗传结构分析 | 第82-83页 |
| 3.3.4 种内分歧时间估算 | 第83-92页 |
| 3.4 讨论 | 第92-96页 |
| 3.4.1 遗传多样性和遗传结构 | 第92-93页 |
| 3.4.2 种内谱系分化 | 第93-94页 |
| 3.4.3 群体动态历史 | 第94-96页 |
| 第四章 基于核微卫星标记的群体遗传学分析 | 第96-124页 |
| 4.1 三叶崖爬藤微卫星引物的开发 | 第97-109页 |
| 4.1.1 材料 | 第97页 |
| 4.1.2 方法 | 第97-102页 |
| 4.1.2.1 基因组DNA提取 | 第97页 |
| 4.1.2.2 微卫星标记的分离 | 第97-100页 |
| 4.1.2.3 引物设计 | 第100-101页 |
| 4.1.2.4 引物退火温度优化 | 第101-102页 |
| 4.1.2.5 引物多态性检测 | 第102页 |
| 4.1.2.6 数据分析 | 第102页 |
| 4.1.3 结果 | 第102-105页 |
| 4.1.3.1 基因组总DNA酶切结果 | 第102-103页 |
| 4.1.3.2 微卫星位点PCR富集 | 第103页 |
| 4.1.3.3 阳性克隆筛选 | 第103-104页 |
| 4.1.3.4 微卫星引物设计和扩增效率检测 | 第104-105页 |
| 4.1.3.5 微卫星引物多态性检测 | 第105页 |
| 4.1.4 结论 | 第105-109页 |
| 4.2 基于微卫星标记的三叶崖爬藤群体遗传多样性和遗传结构分析 | 第109-124页 |
| 4.2.1 材料 | 第109页 |
| 4.2.2 方法 | 第109-113页 |
| 4.2.2.1 基因组总DNA的提取 | 第109页 |
| 4.2.2.2 微卫星位点扩增和数据判读 | 第109页 |
| 4.2.2.3 微卫星数据分析 | 第109-111页 |
| 4.2.2.4 生态位模型重建现在和LGM时期的物种潜在分布区 | 第111-113页 |
| 4.2.3 结果 | 第113-122页 |
| 4.2.3.1 遗传多样性和遗传结构 | 第113-119页 |
| 4.2.3.2 地区间基因流 | 第119页 |
| 4.2.3.3 现在和末次盛冰期的生态位模型 | 第119-122页 |
| 4.2.4 讨论 | 第122-124页 |
| 4.2.4.1 三叶崖爬藤群体在末次盛冰期原地居留在多个避难所 | 第122-123页 |
| 4.2.4.2 海南岛和邻近大陆群体间的二次接触 | 第123-124页 |
| 第五章 比较转录组分析和单拷贝核基因开发 | 第124-156页 |
| 5.1 材料 | 第125页 |
| 5.2 方法 | 第125-133页 |
| 5.2.1 总RNA提取 | 第125-126页 |
| 5.2.2 Illumina转录组测序和序列拼接 | 第126-127页 |
| 5.2.3 基因功能注释和CDS预测 | 第127页 |
| 5.2.4 直系同源基因的鉴定和碱基替换率的估算 | 第127-128页 |
| 5.2.5 EST-SSR分析 | 第128页 |
| 5.2.6 单拷贝核基因的开发和验证 | 第128-133页 |
| 5.3 结果 | 第133-153页 |
| 5.3.1 转录组测序质量和组装结果 | 第133页 |
| 5.3.2 Unigene功能注释 | 第133-136页 |
| 5.3.3 谱系间直系同源基因预测和碱基替换速率估算 | 第136-139页 |
| 5.3.4 EST-SSR位点信息分析 | 第139-143页 |
| 5.3.5 单拷贝核基因的鉴定和验证 | 第143-149页 |
| 5.3.6 核倍型谱系关系和IMA分析 | 第149-153页 |
| 5.4 讨论 | 第153-156页 |
| 第六章 基于SCAR标记的三叶崖爬藤分子鉴定研究 | 第156-169页 |
| 6.1 材料 | 第157页 |
| 6.2 方法 | 第157-162页 |
| 6.2.1 基因组总DNA提取 | 第157页 |
| 6.2.2 ISSR引物筛选及扩增 | 第157-158页 |
| 6.2.3 ISSR特异片段的回收、克隆和测序 | 第158页 |
| 6.2.4 引物设计与SCAR-PCR检测 | 第158-162页 |
| 6.3 结果 | 第162-167页 |
| 6.3.1 ISSR特异性条带的发现 | 第162-164页 |
| 6.3.2 SCAR分子标记的转化 | 第164-165页 |
| 6.3.3 SCAR分子标记的检测 | 第165-167页 |
| 6.4 讨论 | 第167-169页 |
| 6.4.1 三叶崖爬藤SCAR分子标记的扩增结果 | 第167-168页 |
| 6.4.2 SCAR分子标记在药材鉴定中的优势 | 第168-169页 |
| 第七章 结论和展望 | 第169-172页 |
| 7.1 结论 | 第169-170页 |
| 7.2 展望 | 第170-172页 |
| 参考文献 | 第172-203页 |
| 在读期间主要成果 | 第203-204页 |
| 致谢 | 第204-205页 |
