| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-48页 |
| ·假单胞菌 | 第15-18页 |
| ·假单胞菌简介 | 第15-17页 |
| ·生防假单胞菌 | 第17-18页 |
| ·铜绿假单胞菌简介 | 第18-20页 |
| ·铜绿假单胞菌基因组研究进展 | 第20-30页 |
| ·铜绿假单胞菌基因组结构特点 | 第21-22页 |
| ·铜绿假单胞菌的已测序基因组信息 | 第22-24页 |
| ·铜绿假单胞菌附加基因组的功能 | 第24页 |
| ·铜绿假单胞菌附加基因组的分类 | 第24-30页 |
| ·铜绿假单胞菌转录组研究 | 第30-34页 |
| ·转录组概述 | 第30页 |
| ·铜绿假单胞菌转录组研究进展 | 第30-34页 |
| ·下一代测序技术—基因组与转录组研究新方法 | 第34-42页 |
| ·合成测序法 | 第35-40页 |
| ·单分子测序 | 第40-42页 |
| ·展望 | 第42页 |
| ·细菌中的限制修饰系统 | 第42-46页 |
| ·限制性修饰系统简介 | 第42-44页 |
| ·可移动的限制修饰系统 | 第44-46页 |
| ·本课题研究目的、内容及意义 | 第46-48页 |
| 第二章 根际来源铜绿假单胞菌 M18 全基因组测序与分析 | 第48-72页 |
| ·引言 | 第48-50页 |
| ·材料与方法 | 第50-52页 |
| ·菌株和培养条件 | 第50页 |
| ·病原真菌生长抑制 | 第50页 |
| ·基因组测序方法 | 第50-51页 |
| ·基因组注释 | 第51页 |
| ·基因组比较 | 第51-52页 |
| ·进化树分析 | 第52页 |
| ·基因组岛的鉴定 | 第52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-71页 |
| ·M18菌株优良生防特性 | 第52-54页 |
| ·M18菌株全基因组测序和注释 | 第54-57页 |
| ·M18菌株基因组特点 | 第57-58页 |
| ·M18菌株比较基因组分析 | 第58-61页 |
| ·基因组岛和原噬菌体 | 第61-66页 |
| ·插入序列和规律成簇的间隔短回文重复序列 | 第66-69页 |
| ·生防相关基因簇和产物 | 第69-71页 |
| ·小结 | 第71-72页 |
| 第三章 铜绿假单胞菌株M18和LESB58的致病性和耐药性比较分析 | 第72-84页 |
| ·引言 | 第72-73页 |
| ·材料与方法 | 第73-76页 |
| ·菌株和培养条件 | 第73-74页 |
| ·致病基因和耐药性基因比较 | 第74页 |
| ·生物膜形成试验 | 第74页 |
| ·小鼠肺部急性感染清除 | 第74-75页 |
| ·抗菌素最低抑制浓度测定 | 第75-76页 |
| ·结果与讨论 | 第76-83页 |
| ·菌株M18和LESB58致病相关基因比较分析 | 第76-78页 |
| ·菌株M18和LESB58的生物膜形成能力和急性小鼠肺部感染清除能力比较分析 | 第78-80页 |
| ·菌株M18和LESB58的耐药性相关基因比较分析 | 第80-81页 |
| ·菌株M18和LESB58的抗菌素抗性谱比较分析 | 第81-83页 |
| ·小结 | 第83-84页 |
| 第四章 根际和人体分离铜绿假单胞菌株的温控转录组比较分析 | 第84-107页 |
| ·引言 | 第84-85页 |
| ·材料与方法 | 第85-92页 |
| ·菌株与培养条件 | 第85页 |
| ·总 RNA的纯化 | 第85-86页 |
| ·cDNA第一链和第二链一步法合成 | 第86-87页 |
| ·aaUTP标记cRNA 合成 | 第87-88页 |
| ·cRNA纯化 | 第88页 |
| ·cRNA浓度测定 | 第88页 |
| ·cRNA样品荧光标记 | 第88-89页 |
| ·荧光标记cRNA样品纯化 | 第89页 |
| ·cRNA样品片段化和芯片杂交 | 第89页 |
| ·芯片洗涤和扫描 | 第89-90页 |
| ·数据分析 | 第90页 |
| ·荧光定量反转录 PCR | 第90-92页 |
| ·基因组比较分析 | 第92页 |
| ·结果与讨论 | 第92-105页 |
| ·铜绿假单胞菌株M18和PAO1基因组比较分析 | 第92-94页 |
| ·铜绿假单胞菌株M18和PAO1温控转录组总体比较分析 | 第94-96页 |
| ·菌株特异调控基因的 COG 分类 | 第96-98页 |
| ·28℃条件下特异性上调的基因 | 第98-102页 |
| ·37℃条件下特异性调控的基因 | 第102-104页 |
| ·QRT-PCR验证芯片结果 | 第104-105页 |
| ·小结 | 第105-107页 |
| 第五章 铜绿假单胞菌 M18 中菌株特异性限制修饰基因组岛功能研究 | 第107-121页 |
| ·引言 | 第107-108页 |
| ·材料与方法 | 第108-113页 |
| ·菌株和培养条件 | 第108-109页 |
| ·基因组比较分析 | 第109页 |
| ·基因组岛的环切出染色体验证试验 | 第109-110页 |
| ·基因组岛限制基因的敲除 | 第110-112页 |
| ·质粒转化铜绿假单胞菌试验 | 第112页 |
| ·大肠杆菌与铜绿假单胞菌质粒接合试验 | 第112-113页 |
| ·结果与讨论 | 第113-119页 |
| ·铜绿假单胞菌株 M18 和 LESB58 附加基因组比较分析 | 第113-115页 |
| ·铜绿假单胞菌株 M18 基因组岛限制修饰系统序列分析 | 第115-116页 |
| ·M18限制修饰基因组岛可移动能力分析 | 第116-117页 |
| ·M18菌株 RM 系统限制酶基因突变株构建 | 第117-118页 |
| ·M18菌株RM系统中限制酶基因影响外源质粒转化 | 第118页 |
| ·M18菌株RM系统中限制酶基因影响外源质粒接合 | 第118-119页 |
| ·小结 | 第119-121页 |
| 总结与展望 | 第121-124页 |
| 创新点 | 第124-125页 |
| 参考文献 | 第125-139页 |
| 附录 Ⅰ 符号中英文注释 | 第139-141页 |
| 附录 Ⅱ 实验所使用的主要仪器及设备 | 第141-143页 |
| 附录 Ⅲ 铜绿假单胞菌 M18 菌株特异性基因 | 第143-147页 |
| 附录 Ⅳ 温控转录组详细结果 | 第147-179页 |
| 致谢 | 第179-181页 |
| 攻读博士学位期间（待）发表的学术论文及奖励 | 第181页 |
