| 英文摘要 | 第1-7页 |
| Biographical Sketch | 第7-8页 |
| Acknowledgment | 第8-9页 |
| List of Tables | 第9-10页 |
| List of Figures | 第10-11页 |
| List of Contents | 第11-14页 |
| 1． Introduction | 第14-22页 |
| 1． 1 Rice Drought-Resistant Candidate Genes | 第15-16页 |
| 1．2 Genome Sequencing | 第16-17页 |
| 1．3 Rice Genome Sequence | 第17页 |
| 1．4 Genome Analysis | 第17-18页 |
| 1．5 Identification and Characterization of Candidate Gene | 第18-19页 |
| 1．5．1 QTL Map Integration | 第18页 |
| 1．5．2 Gene Ontology | 第18-19页 |
| 1．6 Single Nucleotide Polymorphisms （SNPs） | 第19-21页 |
| 1．7 Thesis Overview | 第21-22页 |
| 2． Methods and Materials | 第22-42页 |
| 2．1 Rice Genome Databases Related to this Thesis | 第22-23页 |
| 2．1．1 Rice Genome Project （RGP） in Japan | 第22页 |
| 2．1．2 TIGR | 第22页 |
| 2．1．3 Genbank/EMBL/DDBJ | 第22-23页 |
| 2．1．4 Gramene | 第23页 |
| 2．2 Integration of genetic （QTL） maps with genome sequence and identification of candidate genes | 第23-26页 |
| 2．2．1 Genetic map for IR64×Azucena and Bala×Azucena QTL Mapping Populations | 第23-26页 |
| 2．2．2 QTL Data for Rice Drought Stress | 第26页 |
| 2．3 Rice Physical Map Assembly | 第26-30页 |
| 2．3．1 Preparation of the Input Data | 第27页 |
| 2．3．2 Assembly Process Overview | 第27-29页 |
| 2．3．2．1 Run ”LinkPrep” | 第27-28页 |
| 2．3．2．2 Run ”LinkBuild” | 第28页 |
| 2．3．2．3 Run ”LinkAssemble” | 第28-29页 |
| 2．3．2．4 Check the alignments in each link with ”LinkCheck” | 第29页 |
| 2．3．2．5 Run ”LinkMan” | 第29页 |
| 2．3．2．6 Run ”LinkTrim” | 第29页 |
| 2．3．2．7 Run ”ImpAce” | 第29页 |
| 2．3．3 Anchoring Markers to the ”Superlink” | 第29-30页 |
| 2．4 SNP Discovery | 第30-41页 |
| 2．4．1 SNP Pipeline overview | 第30-31页 |
| 2．4．2 Analysis Software and Methods | 第31-33页 |
| 2．4．2．1 BestHits．pl | 第31-32页 |
| 2．4．2．2 Link．pl | 第32页 |
| 2．4．2．3 Sim4 | 第32页 |
| 2．4．2．4 ParseSim4．pl | 第32页 |
| 2．4．2．5 ”diffseq” | 第32页 |
| 2．4．2．6 Snpdb．pl | 第32-33页 |
| 2．4．2．7 Load_SNP．pl | 第33页 |
| 2．4．3 SNP Database | 第33-34页 |
| 2．4．4 Web interface | 第34-40页 |
| 2．4．4．1 Query and data retrieval | 第34-35页 |
| 2．4．4．2 Graphical Display | 第35-36页 |
| 2．4．4．3 General information for SNP | 第36-37页 |
| 2．4．4．4 SNP output | 第37-38页 |
| 2．4．4．5 Oligo Design and Oligo Output | 第38-40页 |
| 2．4．4．6 Data export | 第40页 |
| 2．4．5 System requirements | 第40-41页 |
| 2．5 IRIS | 第41-42页 |
| 3． Results and Discussion | 第42-56页 |
| 3．1 Results | 第42-50页 |
| 3．1．1 Consensus Map Construction | 第42-43页 |
| 3．1．2 Comparison genetic map and physical map | 第43-44页 |
| 3．1．3 Rice drought QTLs regions | 第44页 |
| 3．1．4 Gene analysis of a region between the RM212-RM319 | 第44-49页 |
| 3．1．5 Mapping Drought Stressed Panicle Library ESTs | 第49-50页 |
| 3．2 Discussion | 第50-56页 |
| 3．2．1 Assembly | 第50-51页 |
| 3．2．2 Integration of genetic （QTL） maps with genome sequence and identification of candidate genes | 第51-52页 |
| 3．2．3 Candidate genes analysis by drought signal pathway | 第52-53页 |
| 3．2．4 SNP Discovery | 第53-56页 |
| 4． References | 第56-62页 |
| 5． Appendices | 第62-69页 |
| 5．1 The list of candidate genes in the region of RM212-RM319 | 第62-69页 |
