| 中文摘要 | 第16-18页 |
| ABSTRACT | 第18-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第22-35页 |
| 1.1 细菌分类方法 | 第22-28页 |
| 1.1.1 传统分类法 | 第22页 |
| 1.1.2 数值分类法 | 第22-23页 |
| 1.1.3 分子遗传学分类法 | 第23-28页 |
| 1.2 链球菌属分类研究进展 | 第28-30页 |
| 1.3 高通量测序技术研究进展 | 第30-31页 |
| 1.3.1 第一代测序技术 | 第30页 |
| 1.3.2 第二代测序技术 | 第30页 |
| 1.3.3 第三代测序技术 | 第30-31页 |
| 1.4 基因组学分析 | 第31-33页 |
| 1.4.1 基因组学分析的内容 | 第31-32页 |
| 1.4.2 基因组学分析的意义 | 第32-33页 |
| 1.5 项目研究的目的意义 | 第33-35页 |
| 1.5.1 研究背景 | 第33页 |
| 1.5.2 项目研究目的意义 | 第33页 |
| 1.5.3 项目研究内容 | 第33-35页 |
| 第二章 喜马拉雅旱獭呼吸道菌群分析 | 第35-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第35-39页 |
| 2.1.1 标本来源 | 第35页 |
| 2.1.2 引物 | 第35页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第35-36页 |
| 2.1.4 主要试剂 | 第36页 |
| 2.1.5 旱獭呼吸道标本核酸提取 | 第36页 |
| 2.1.6 16S rRNA基因序列文库的建立 | 第36-39页 |
| 2.2 结果 | 第39-41页 |
| 2.2.1 16S rRNA基因文库分析菌群结果 | 第39-41页 |
| 2.3 讨论 | 第41-43页 |
| 第三章 旱獭呼吸道细菌的分离、培养和初步鉴定 | 第43-46页 |
| 3.1 材料与方法 | 第43-44页 |
| 3.1.1 标本来源 | 第43页 |
| 3.1.2 主要仪器 | 第43页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第43页 |
| 3.1.4 培养基 | 第43页 |
| 3.1.5 旱獭呼吸道细菌的分离 | 第43-44页 |
| 3.1.6 菌落 16S rRNA基因前 500bp片段扩增 | 第44页 |
| 3.1.7 16S rRNA基因全长鉴定 | 第44页 |
| 3.1.8 16S rRNA基因全长序列分析 | 第44页 |
| 3.2 结果与分析 | 第44-46页 |
| 第四章 链球菌新种形态学观察 | 第46-53页 |
| 4.1 材料与方法 | 第46-48页 |
| 4.1.1 菌株来源 | 第46页 |
| 4.1.2 主要仪器 | 第46页 |
| 4.1.3 主要试剂 | 第46页 |
| 4.1.4 形态学观察 | 第46-48页 |
| 4.2 结果与分析 | 第48-51页 |
| 4.2.1 旱獭链球菌形态观察结果 | 第48-49页 |
| 4.2.2 喜马拉雅链球菌形态观察结果 | 第49-50页 |
| 4.2.3 耐盐链球菌形态观察结果 | 第50-51页 |
| 4.2.4 氯化钠耐受试验结果 | 第51页 |
| 4.2.5 温度耐受试验结果 | 第51页 |
| 4.3 讨论 | 第51-53页 |
| 第五章 链球菌新种生理生化鉴定 | 第53-62页 |
| 5.1 材料与方法 | 第53-54页 |
| 5.1.1 菌株来源 | 第53页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第53页 |
| 5.1.3 培养基 | 第53页 |
| 5.1.4 API Rapid ID 32 Strep生化反应鉴定 | 第53-54页 |
| 5.1.5 API 50 CH生化反应鉴定 | 第54页 |
| 5.1.6 API ZYM生化反应鉴定 | 第54页 |
| 5.1.7 Lancefield群特异性抗原鉴定 | 第54页 |
| 5.2 结果 | 第54-60页 |
| 5.2.1 链球菌新种API Rapid ID 32 Strep生化反应结果 | 第54-56页 |
| 5.2.2 链球菌新种API 50 CH生化反应结果 | 第56-58页 |
| 5.2.3 链球菌新种API ZYM生化反应结果 | 第58-59页 |
| 5.2.4 旱獭链球菌和喜马拉雅链球菌与近源菌生化结果比较 | 第59-60页 |
| 5.2.5 耐盐链球菌与近源菌生化结果比较 | 第60页 |
| 5.2.6 Lancefield群特异性抗原鉴定结果 | 第60页 |
| 5.3 分析 | 第60-62页 |
| 第六章 链球菌新种 16S rRNA分类鉴定 | 第62-74页 |
| 6.1 材料与方法 | 第62-64页 |
| 6.1.1 菌株来源 | 第62页 |
| 6.1.2 主要仪器 | 第62页 |
| 6.1.3 主要试剂 | 第62页 |
| 6.1.4 培养基 | 第62页 |
| 6.1.5 基因组DNA提取 | 第62-64页 |
| 6.1.6 16S rRNA序列PCR扩增 | 第64页 |
| 6.1.7 序列测定 | 第64页 |
| 6.1.8 数据统计分析 | 第64页 |
| 6.2 结果 | 第64-71页 |
| 6.2.1 旱獭链球菌 16S rRNA系统发生关系图 | 第64-67页 |
| 6.2.2 喜马拉雅链球菌 16S rRNA系统发生关系图 | 第67-69页 |
| 6.2.3 耐盐链球菌 16S rRNA系统发生关系图 | 第69-71页 |
| 6.3 讨论 | 第71-74页 |
| 第七章 链球菌新种保守基因分类鉴定 | 第74-80页 |
| 7.1 材料与方法 | 第74-76页 |
| 7.1.1 菌株来源 | 第74页 |
| 7.1.2 主要仪器 | 第74-75页 |
| 7.1.3 主要试剂 | 第75页 |
| 7.1.4 培养基 | 第75页 |
| 7.1.5 基因组DNA提取 | 第75页 |
| 7.1.6 sodA、rpoB和groEL序列PCR扩增 | 第75页 |
| 7.1.7 序列测定 | 第75-76页 |
| 7.1.8 数据统计分析 | 第76页 |
| 7.2 结果与分析 | 第76-78页 |
| 7.2.1 旱獭链球菌sodA、rpoB和groEL序列系统发生关系图 | 第76-77页 |
| 7.2.2 喜马拉雅链球菌sodA、rpoB和groEL序列系统发生关系图 | 第77页 |
| 7.2.3 耐盐链球菌sodA、rpoB和groEL序列系统发生关系图 | 第77-78页 |
| 7.3 讨论 | 第78-80页 |
| 第八章 链球菌新种基因组学分析 | 第80-106页 |
| 8.1 材料与方法 | 第80-81页 |
| 8.1.1 菌株来源 | 第80页 |
| 8.1.2 基因组核酸提取 | 第80页 |
| 8.1.3 全基因组测序及组装 | 第80页 |
| 8.1.4 基因组基本特征分析 | 第80页 |
| 8.1.5 全基因组进化树构建 | 第80-81页 |
| 8.1.6 基因组DNA-DNA杂交 | 第81页 |
| 8.1.7 毒力因子预测分析 | 第81页 |
| 8.1.8 菌株保藏及序列提交 | 第81页 |
| 8.2 结果与讨论 | 第81-106页 |
| 8.2.1 链球菌新种基因组特征分析 | 第81-86页 |
| 8.2.2 全基因组系统发生关系图分析 | 第86-91页 |
| 8.2.3 基因组DNA-DNA杂交分析 | 第91-100页 |
| 8.2.4 毒力因子预测分析 | 第100-104页 |
| 8.2.5 菌种保藏及序列提交结果 | 第104-106页 |
| 结论与展望 | 第106-109页 |
| 研究结论 | 第106-107页 |
| 研究展望 | 第107-109页 |
| 参考文献 | 第109-120页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第120-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 个人简况及联系方式 | 第123页 |
