| 目录 | 第1-10页 |
| 致谢 | 第10-11页 |
| 摘要 | 第11-13页 |
| Abstract | 第13-15页 |
| 缩略语表 | 第15-19页 |
| 引言 | 第19-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-32页 |
| 1 植物中small RNA的生源、产生途径及分类 | 第20-26页 |
| ·microRNA的定义、序列特征及其产生 | 第21-24页 |
| ·其它small RNA类群及其产生途径 | 第24-26页 |
| 2 Small RNAs的克隆及靶基因鉴定 | 第26-28页 |
| ·Small RNAs的克隆及表达量分析 | 第26-27页 |
| ·Small RNA靶基因的预测及鉴定 | 第27-28页 |
| 3 Small RNAs的生物学功能及其介导的基因表达调控网络 | 第28-31页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第31-32页 |
| 第二章 生长素信号途径中microRNAs调控水稻根系发育相关分子机制 | 第32-74页 |
| 1 材料与方法 | 第32-54页 |
| ·材料 | 第32页 |
| ·方法 | 第32-54页 |
| ·水稻突变体的筛选 | 第32-33页 |
| ·水稻激素处理实验 | 第33-34页 |
| ·水稻基因芯片及microRNA芯片实验 | 第34页 |
| ·microRNA Northern杂交实验方法 | 第34-41页 |
| ·PAGE电泳分离目的microRNAs | 第34-35页 |
| ·转膜(湿法电转) | 第35-36页 |
| ·预杂交、标记探针、杂交 | 第36-38页 |
| ·洗膜、压片曝光 | 第38页 |
| ·脱探针 | 第38-39页 |
| ·水稻RNA样品提取方法 | 第39-41页 |
| ·5 ’modified RACE实验方法 | 第41-47页 |
| ·水稻转基因实验方法 | 第47-51页 |
| ·microRNA超表达载体构建 | 第47-49页 |
| ·电击转化农杆菌及农杆菌介导的水稻转基因实验 | 第49-51页 |
| ·荧光定量PCR检测microRNA及相关基因表达 | 第51-52页 |
| ·生物信息学相关分析方法 | 第52-54页 |
| ·microRNA芯片数据聚类分析 | 第52页 |
| ·microRNA启动子序列的定义及相关顺式元件的分析 | 第52-53页 |
| ·microRNA靶基因预测 | 第53-54页 |
| 2 结果与分析 | 第54-70页 |
| ·生长素抗性突变体osaxr的表型及相关基因表达分析 | 第54-56页 |
| ·参与生长素信号转导、调控水稻根系发育的microRNAs的筛选 | 第56-60页 |
| ·基于芯片的筛选 | 第56-58页 |
| ·基于Northern杂交对筛选得到的microRNAs进行验证 | 第58-60页 |
| ·microRNA启动子结构特征分析 | 第60-64页 |
| ·转基因验证差异表达microRNAs的功能 | 第64-68页 |
| ·miR167下游靶基因的预测及鉴定 | 第68-70页 |
| 3 小结与讨论 | 第70-74页 |
| ·实验结果小结与讨论 | 第70-72页 |
| ·对最新研究进展的整理分析及展望 | 第72-74页 |
| 第三章 Small RNA序列特征分析及microRNA知识库构建 | 第74-99页 |
| 1 数据资源及分析方法 | 第74-79页 |
| ·数据资源 | 第74-77页 |
| ·分析方法 | 第77-79页 |
| ·Small RNAs、转座子、非转座子的染色体分布分析 | 第77页 |
| ·NAT对(natural antisense transcript pairs)的预测 | 第77-78页 |
| ·Small RNAs在NAT pairs的叠盖区域富集程度的统计分析 | 第78-79页 |
| ·microRNA靶基因预测 | 第79页 |
| ·高通量测序表达值的归一化 | 第79页 |
| ·PmiRKB的网络化运行 | 第79页 |
| 2 结果与分析 | 第79-95页 |
| ·被子植物中small RNAs的序列、生源及功能分析 | 第79-87页 |
| ·Small RNAs的序列特征分析 | 第80-82页 |
| ·单子叶植物中small RNAs的GC含量普遍高于双子叶植物 | 第80-82页 |
| ·Small RNAs的5’碱基组成分析 | 第82页 |
| ·Small RNAs的生源及功能分析 | 第82-87页 |
| ·Small RNAs的染色体分布分析 | 第82-85页 |
| ·Small RNAs在NAT pairs叠盖区的富集分析 | 第85-87页 |
| ·产生于特定cis-NAT pairs叠盖区的nat-siRNAs的功能分析 | 第87页 |
| ·植物microRNA知识库的构建 | 第87-95页 |
| ·“MiR info”功能模块 | 第87-88页 |
| ·“SNP”功能模块 | 第88页 |
| ·“Pri-miR”功能模块 | 第88-89页 |
| ·“MiR—Tar”功能模块 | 第89页 |
| ·“Self-reg”功能模块 | 第89-95页 |
| 3 小结与讨论 | 第95-99页 |
| ·分析结果小结与讨论 | 第95-96页 |
| ·对最新研究进展的整理分析对最新研究进展的整理分析 | 第96-99页 |
| 第四章 microRNA(*)s介导的基因调控网络的构建 | 第99-127页 |
| 1 数据资源及分析方法 | 第99-102页 |
| ·用于本章研究的数据资源 | 第99页 |
| ·分析方法 | 第99-102页 |
| ·microRNA~*s的预测 | 第99-100页 |
| ·基于small RNA高通量测序数据查找microRNA~*s | 第100页 |
| ·microRNA(~*)s靶基因预测及基于降解组测序数据的验证 | 第100-101页 |
| ·共调控靶基因的搜寻及基于降解组测序数据的鉴定 | 第101-102页 |
| 2 结果与分析 | 第102-119页 |
| ·microRNA~*s的预测、鉴定及序列特征分析 | 第102-109页 |
| ·microRNA~*s的预测及基于表达量的鉴定 | 第102-106页 |
| ·microRNA~*s的序列特征分析 | 第106-109页 |
| ·microRNA(~*)靶基因的预测、鉴定及大规模网络构建 | 第109-119页 |
| ·microRNA(~*)s的靶基因预测及鉴定 | 第109-112页 |
| ·共调控靶基因的预测、鉴定 | 第112-114页 |
| ·microRNA(~*)s介导的基因表达调控网络的构建及子网络功能分析 | 第114-119页 |
| 3 小结和讨论 | 第119-127页 |
| ·分析结果小结与讨论 | 第119-120页 |
| ·microRNA~*s,不仅仅是过客链 | 第119页 |
| ·共调控,microRNA(~*)s介导的表达调控作用机制的全新补充? | 第119-120页 |
| ·向植物中microRNA(~*)s介导的真实的基因调控网络迈进 | 第120页 |
| ·对最新研究进展的整理分析及展望 | 第120-127页 |
| 第五章 结论与展望 | 第127-130页 |
| 1 结论 | 第127-128页 |
| 2 展望 | 第128-130页 |
| 参考文献 | 第130-145页 |
| 附录 | 第145-147页 |
