| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 缩写符号 | 第9-14页 |
| 引言 | 第14-15页 |
| 第1章 前言 | 第15-29页 |
| ·莲属 | 第16-21页 |
| ·莲属物种概述 | 第16-17页 |
| ·中国莲 | 第16-17页 |
| ·美洲黄莲 | 第17页 |
| ·莲属核型分析 | 第17页 |
| ·中国栽培莲及野生莲 | 第17-19页 |
| ·子莲 | 第17-18页 |
| ·藕莲 | 第18页 |
| ·花莲 | 第18页 |
| ·野生莲 | 第18-19页 |
| ·莲分子标记技术 | 第19-21页 |
| ·RAPD标记 | 第19页 |
| ·ISSR标记 | 第19-20页 |
| ·SSR标记 | 第20-21页 |
| ·基因组测序概述 | 第21-25页 |
| ·测序技术发展 | 第21-23页 |
| ·BAC by BAC基因组测序 | 第23-24页 |
| ·全基因组鸟枪法测序 | 第24页 |
| ·基因组测序展望 | 第24-25页 |
| ·莲系统进化研究回顾 | 第25-28页 |
| ·莲系统进化地位变更 | 第25-26页 |
| ·系统进化分析方法 | 第26-28页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第28-29页 |
| 第2章 中国莲与美洲黄莲叶绿体全序列测定及比对 | 第29-50页 |
| 引言 | 第29页 |
| ·材料和方法 | 第29-36页 |
| ·实验材料 | 第29页 |
| ·实验仪器 | 第29页 |
| ·实验方法 | 第29-36页 |
| ·中国莲与美洲黄莲总DNA的提取 | 第30页 |
| ·中国莲与美洲黄莲叶绿体DNA片段的扩增 | 第30-32页 |
| ·叶绿体扩增片段鸟枪法文库制备 | 第32-33页 |
| ·鸟枪法文库筛选与测序 | 第33-34页 |
| ·中国莲与美洲黄莲叶绿体序列拼接 | 第34页 |
| ·中国莲与美洲黄莲叶绿体基因注释 | 第34页 |
| ·中国莲和美洲黄莲叶绿体全序列比对 | 第34页 |
| ·SNP和INDEL分析 | 第34页 |
| ·莲属细胞质基因组分子标记开发 | 第34-36页 |
| ·实验结果 | 第36-45页 |
| ·中国莲与美洲黄莲总DNA提取与叶绿体DNA片段扩增 | 第36-37页 |
| ·叶绿体DNA片段鸟枪法文库制备及检测 | 第37-38页 |
| ·鸟枪法测序与叶绿体序列拼接 | 第38-39页 |
| ·中国莲与美洲黄莲叶绿体注释 | 第39-42页 |
| ·中国莲和美洲黄莲叶绿体全序列比对 | 第42-44页 |
| ·叶绿体全序列比对 | 第42页 |
| ·莲属叶绿体差异分析 | 第42-44页 |
| ·莲属细胞质INDEL标记开发 | 第44-45页 |
| ·INDEL标记选取 | 第44页 |
| ·INDEL标记多态性检测 | 第44-45页 |
| ·讨论 | 第45-50页 |
| ·叶绿体测序策略 | 第45-46页 |
| ·莲叶绿体拼接 | 第46页 |
| ·莲叶绿体注释 | 第46-47页 |
| ·莲属叶绿体SNP分布 | 第47-48页 |
| ·莲属叶绿体INDEL分布 | 第48-49页 |
| ·莲细胞质分子标记 | 第49-50页 |
| 第3章 莲属系统进化分析 | 第50-70页 |
| 引言 | 第50页 |
| ·材料和方法 | 第50-56页 |
| ·实验材料 | 第50-53页 |
| ·运用软件 | 第53-54页 |
| ·实验方法 | 第54-56页 |
| ·叶绿体蛋白质编码序列提取 | 第54页 |
| ·叶绿体基因DNA矩阵制作 | 第54-55页 |
| ·最佳数据模型测试 | 第55页 |
| ·MP,ML,BI法系统进化分析 | 第55页 |
| ·分子进化钟 | 第55-56页 |
| ·实验结果 | 第56-64页 |
| ·叶绿体蛋白质编码基因分析 | 第56-57页 |
| ·叶绿体基因DNA矩阵制作 | 第57-58页 |
| ·已测序叶绿体基因组分析 | 第57页 |
| ·DNA序列矩阵制作 | 第57-58页 |
| ·被子植物系统进化 | 第58-62页 |
| ·MP,ML和BI计算 | 第58页 |
| ·进化树外群 | 第58-59页 |
| ·被子植物系统进化分析 | 第59-62页 |
| ·莲属系统进化 | 第62-63页 |
| ·被子植物进化钟 | 第63-64页 |
| ·讨论 | 第64-70页 |
| ·植物系统进化研究方法 | 第64-65页 |
| ·分子系统进化计算方法 | 第65-68页 |
| ·莲系统进化 | 第68-70页 |
| 第4章 莲藕等水生作物SSR分子标记开发 | 第70-79页 |
| 引言 | 第70页 |
| ·材料和方法 | 第70-73页 |
| ·实验材料 | 第70页 |
| ·实验仪器 | 第70页 |
| ·实验方法 | 第70-73页 |
| ·总DNA提取 | 第71页 |
| ·构建AFLP基因组文库 | 第71-72页 |
| ·磁珠富集微卫星片段 | 第72页 |
| ·富集文库测序与引物设计 | 第72页 |
| ·SSR分子标记多态性检测 | 第72-73页 |
| ·实验结果 | 第73-77页 |
| ·AFLP文库制备 | 第73页 |
| ·微卫星富集文库测序 | 第73-74页 |
| ·富集文库筛选 | 第73-74页 |
| ·富集文库测序 | 第74页 |
| ·SSR分子标记多态性检测 | 第74-77页 |
| ·莲藕SSR分子标记多态性检测 | 第74-75页 |
| ·芡实SSR分子标记多态性检测 | 第75-76页 |
| ·茭白SSR分子标记多态性检测 | 第76-77页 |
| ·讨论 | 第77-79页 |
| ·植物SSR分子标记开发 | 第77-79页 |
| 第5章 中国莲基因组测序 | 第79-94页 |
| 引言 | 第79页 |
| ·材料和方法 | 第79-84页 |
| ·实验材料 | 第79页 |
| ·实验仪器 | 第79页 |
| ·实验方法 | 第79-84页 |
| ·中国莲种质资源纯度筛查 | 第80-82页 |
| ·中间湖野生莲自交后代分析 | 第82页 |
| ·中间湖莲基因组DNA提取及其检测 | 第82-83页 |
| ·莲藕Genome Survey | 第83页 |
| ·莲藕基因组de novo测序 | 第83-84页 |
| ·实验结果 | 第84-90页 |
| ·中国莲种质资源材料杂合度分析与材料选取 | 第84-86页 |
| ·中国莲种质资源材料杂合度分析 | 第84-85页 |
| ·中间湖莲自交后代表型和基因型分离分析 | 第85页 |
| ·中间湖莲基因组DNA提取 | 第85-86页 |
| ·莲藕Genome Survey | 第86-90页 |
| ·莲藕基因组大小预测 | 第86-87页 |
| ·莲藕基因组杂合度分析 | 第87-88页 |
| ·莲藕基因组重复序列分析 | 第88页 |
| ·莲藕基因组GC含量分布 | 第88-89页 |
| ·莲藕基因组预组装测试 | 第89-90页 |
| ·莲藕基因组de novo测序 | 第90页 |
| ·讨论 | 第90-94页 |
| ·基因组测序发展 | 第90-92页 |
| ·基因组测序拼接影响因素 | 第92-93页 |
| ·莲基因组结构 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-100页 |
| 攻读博士期间发表或待发表的研究论文 | 第100-101页 |
| 致谢 | 第101页 |