| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-50页 |
| 1.1 金黄色葡萄球菌概述 | 第12-16页 |
| 1.1.1 金黄色葡萄球菌简介 | 第12-13页 |
| 1.1.2 金黄色葡萄球菌的致病过程 | 第13-14页 |
| 1.1.3 金黄色葡萄球菌成为临床治疗难题 | 第14-16页 |
| 1.2 甲氧西林耐药性金黄色葡萄球菌 | 第16-24页 |
| 1.2.1 耐药性金黄色葡萄球菌的出现 | 第16页 |
| 1.2.2 耐药性传播的途径 | 第16-18页 |
| 1.2.3 MRSA菌株的细胞壁组成变化及耐药机制 | 第18-20页 |
| 1.2.4 MRSA的流行病学分析 | 第20-22页 |
| 1.2.5 MRSA的临床治疗 | 第22-24页 |
| 1.3 CRISPR-Cas系统概述 | 第24-42页 |
| 1.3.1 CRISPR-Cas系统的发现 | 第24-26页 |
| 1.3.2 CRISPR-Cas系统的分型与特征 | 第26-30页 |
| 1.3.3 CRISPR-Cas系统的典型功能 | 第30-35页 |
| 1.3.4 CRISPR-Cas系统的非典型功能 | 第35-38页 |
| 1.3.5 CRISPR-Cas系统的开发与应用 | 第38-42页 |
| 1.4 金黄色葡萄球菌基因组稳定性 | 第42-47页 |
| 1.4.1 可移动遗传元件对基因组稳定性的影响 | 第42-46页 |
| 1.4.2 基因组重排对基因组稳定性影响 | 第46页 |
| 1.4.3 CRISPR-Cas系统与基因组稳定性 | 第46-47页 |
| 1.5 本课题的研究目标及研究内容 | 第47-50页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第50-70页 |
| 2.1 实验材料 | 第50-60页 |
| 2.1.1 实验所用菌株和质粒 | 第50-52页 |
| 2.1.2 实验所用引物 | 第52-58页 |
| 2.1.3 实验所用试剂与耗材 | 第58-60页 |
| 2.2 实验方法 | 第60-70页 |
| 2.2.1 细菌的培养及相关操作 | 第60-62页 |
| 2.2.2 DNA相关操作 | 第62-65页 |
| 2.2.3 RNA相关操作 | 第65-68页 |
| 2.2.4 抗生素耐药性检测 | 第68页 |
| 2.2.5 统计学分析 | 第68-70页 |
| 第三章 实验结果与分析 | 第70-96页 |
| 3.1 实验临床菌株AH1的遗传背景 | 第70-72页 |
| 3.1.1 全基因组测序与菌株分型 | 第70页 |
| 3.1.2 CRISPR-Cas系统的组成与特征 | 第70-71页 |
| 3.1.3 SCCmec元件的组成与特征 | 第71-72页 |
| 3.2 菌株AH1中CRISPR-Cas系统的leader序列分析 | 第72-75页 |
| 3.2.1 菌株AH1中原始leader与CRISPR序列的转录分析 | 第72-73页 |
| 3.2.2 人工构建自我靶向攻击CRISPR质粒 | 第73-74页 |
| 3.2.3 leader长度对自我靶向攻击效果的影响 | 第74-75页 |
| 3.3 自我靶向CRISPR质粒的攻击效果检测 | 第75-90页 |
| 3.3.1 靶标DNA链的选择对攻击效果的影响 | 第75-76页 |
| 3.3.2 自我靶向spacer数量对攻击效果的影响 | 第76-77页 |
| 3.3.3 自我靶向spacer的相对位置对攻击效果的影响 | 第77-78页 |
| 3.3.4 自我靶向spacer的长短对攻击效果的影响 | 第78-86页 |
| 3.3.5 crRNA 5'tag对攻击效果的影响 | 第86-90页 |
| 3.4 自我靶向攻击对宿主基因组的影响 | 第90-96页 |
| 3.4.1 存活转化子的相关分析 | 第90-92页 |
| 3.4.2 基因组重排导致的序列丢失分析 | 第92-93页 |
| 3.4.3 CRISPR-Cas系统突变失活分析 | 第93-96页 |
| 第四章 讨论 | 第96-100页 |
| 参考文献 | 第100-110页 |
| 附录 | 第110-112页 |
| 致谢 | 第112-114页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第114页 |
