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金黄色葡萄球菌Ⅲ-A型CRISPR-Cas系统导致基因组重塑的分子机制

摘要第5-7页
abstract第7-8页
第一章 绪论第12-50页
    1.1 金黄色葡萄球菌概述第12-16页
        1.1.1 金黄色葡萄球菌简介第12-13页
        1.1.2 金黄色葡萄球菌的致病过程第13-14页
        1.1.3 金黄色葡萄球菌成为临床治疗难题第14-16页
    1.2 甲氧西林耐药性金黄色葡萄球菌第16-24页
        1.2.1 耐药性金黄色葡萄球菌的出现第16页
        1.2.2 耐药性传播的途径第16-18页
        1.2.3 MRSA菌株的细胞壁组成变化及耐药机制第18-20页
        1.2.4 MRSA的流行病学分析第20-22页
        1.2.5 MRSA的临床治疗第22-24页
    1.3 CRISPR-Cas系统概述第24-42页
        1.3.1 CRISPR-Cas系统的发现第24-26页
        1.3.2 CRISPR-Cas系统的分型与特征第26-30页
        1.3.3 CRISPR-Cas系统的典型功能第30-35页
        1.3.4 CRISPR-Cas系统的非典型功能第35-38页
        1.3.5 CRISPR-Cas系统的开发与应用第38-42页
    1.4 金黄色葡萄球菌基因组稳定性第42-47页
        1.4.1 可移动遗传元件对基因组稳定性的影响第42-46页
        1.4.2 基因组重排对基因组稳定性影响第46页
        1.4.3 CRISPR-Cas系统与基因组稳定性第46-47页
    1.5 本课题的研究目标及研究内容第47-50页
第二章 实验材料与方法第50-70页
    2.1 实验材料第50-60页
        2.1.1 实验所用菌株和质粒第50-52页
        2.1.2 实验所用引物第52-58页
        2.1.3 实验所用试剂与耗材第58-60页
    2.2 实验方法第60-70页
        2.2.1 细菌的培养及相关操作第60-62页
        2.2.2 DNA相关操作第62-65页
        2.2.3 RNA相关操作第65-68页
        2.2.4 抗生素耐药性检测第68页
        2.2.5 统计学分析第68-70页
第三章 实验结果与分析第70-96页
    3.1 实验临床菌株AH1的遗传背景第70-72页
        3.1.1 全基因组测序与菌株分型第70页
        3.1.2 CRISPR-Cas系统的组成与特征第70-71页
        3.1.3 SCCmec元件的组成与特征第71-72页
    3.2 菌株AH1中CRISPR-Cas系统的leader序列分析第72-75页
        3.2.1 菌株AH1中原始leader与CRISPR序列的转录分析第72-73页
        3.2.2 人工构建自我靶向攻击CRISPR质粒第73-74页
        3.2.3 leader长度对自我靶向攻击效果的影响第74-75页
    3.3 自我靶向CRISPR质粒的攻击效果检测第75-90页
        3.3.1 靶标DNA链的选择对攻击效果的影响第75-76页
        3.3.2 自我靶向spacer数量对攻击效果的影响第76-77页
        3.3.3 自我靶向spacer的相对位置对攻击效果的影响第77-78页
        3.3.4 自我靶向spacer的长短对攻击效果的影响第78-86页
        3.3.5 crRNA 5'tag对攻击效果的影响第86-90页
    3.4 自我靶向攻击对宿主基因组的影响第90-96页
        3.4.1 存活转化子的相关分析第90-92页
        3.4.2 基因组重排导致的序列丢失分析第92-93页
        3.4.3 CRISPR-Cas系统突变失活分析第93-96页
第四章 讨论第96-100页
参考文献第100-110页
附录第110-112页
致谢第112-114页
在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果第114页

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