| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4-5页 |
| 主要英文缩略词对照表 | 第10-11页 |
| 第1章 引言 | 第11-27页 |
| 1.1 MAPK信号通路简介 | 第11-13页 |
| 1.2 酪氨酸磷酸酶(PTP) | 第13-19页 |
| 1.2.1 PTP超家族 | 第13-15页 |
| 1.2.2 DUSP家族 | 第15-16页 |
| 1.2.3 PTP的催化机制 | 第16-18页 |
| 1.2.4 PTP的催化速率与结构的关系 | 第18-19页 |
| 1.3 MAPK特异性磷酸酶(MKP) | 第19-25页 |
| 1.3.1 MKP的分类 | 第19-21页 |
| 1.3.2 MKP的底物激活现象 | 第21-22页 |
| 1.3.3 MKP的催化域结构 | 第22-25页 |
| 1.4 研究方法 | 第25页 |
| 1.5 论文结构 | 第25-27页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第27-38页 |
| 2.1 实验材料 | 第27-28页 |
| 2.1.1 分子克隆 | 第27页 |
| 2.1.2 蛋白表达和提纯 | 第27页 |
| 2.1.3 分子生化实验试剂 | 第27-28页 |
| 2.1.4 cDNA来源 | 第28页 |
| 2.2 实验仪器 | 第28-29页 |
| 2.3 实验方法 | 第29-35页 |
| 2.3.1 分子克隆 | 第29页 |
| 2.3.2 蛋白表达与纯化 | 第29-32页 |
| 2.3.3 蛋白激酶及磷酸酶活力测定 | 第32-33页 |
| 2.3.4 荧光共振能量转移实验 | 第33-35页 |
| 2.4 分子动力学模拟 | 第35-38页 |
| 2.4.1 模拟软件 | 第35页 |
| 2.4.2 CHARMM力场 | 第35-36页 |
| 2.4.3 模拟分析方法 | 第36-38页 |
| 第3章 MKP对双磷酸化MAPK的催化动力学 | 第38-62页 |
| 3.1 本章引文 | 第38-41页 |
| 3.1.1 酶动力学研究方法回顾 | 第38-40页 |
| 3.1.2 目前酶的共价修饰研究方法的局限 | 第40-41页 |
| 3.2 理论 | 第41-48页 |
| 3.2.1 无底物存在时酶修饰反应的时间过程 | 第42-44页 |
| 3.2.2 底物对酶的修饰反应的影响 | 第44-46页 |
| 3.2.3 修饰剂存在时酶底物催化反应时间过程 | 第46-48页 |
| 3.3 实验体系 | 第48-49页 |
| 3.3.1 不同磷酸化状态的p38?对底物EGFR的活力 | 第48-49页 |
| 3.3.2 MKP磷酸酶对磷酸化p38?的催化 | 第49页 |
| 3.4 MKP3对p38?/pTpY的单位点去磷酸化 | 第49-54页 |
| 3.4.1 底物存在时MKP3对p38?/pTpY的去磷酸化 | 第49-52页 |
| 3.4.2 一组时间过程实验 | 第52页 |
| 3.4.3 kobs,vi和vs的二次拟合 | 第52-54页 |
| 3.5 MKP7对p38?/pTpY的双位点去磷酸化 | 第54-59页 |
| 3.5.1 MKP7去磷酸化p38?/pTpY的可能机制 | 第54-55页 |
| 3.5.2 底物存在时MKP7全长去磷酸化p38?/pTpY时间过程 | 第55-57页 |
| 3.5.3 底物存在时MKP7-CD去磷酸化p38?/pTpY时间过程 | 第57-59页 |
| 3.6 讨论 | 第59-62页 |
| 3.6.1 酶及底物的用量 | 第60页 |
| 3.6.2 功能性位点的修饰 | 第60页 |
| 3.6.3 底物对修饰的影响 | 第60-62页 |
| 第4章 MKP催化域的分子动力学模拟 | 第62-73页 |
| 4.1 本章引文 | 第62-65页 |
| 4.1.1 MKP-CD催化中心的活性构象(MKP5-CD) | 第63-64页 |
| 4.1.2 MKP-CD催化中心的非活性构象(MKP3-CD) | 第64-65页 |
| 4.2 MKP5和MKP3催化域的动力学模拟 | 第65-71页 |
| 4.2.1 整体分析 | 第65-66页 |
| 4.2.2 关键区域分析 | 第66-71页 |
| 4.3 MKP5-CD与MKP3-CD的动态性质差异小结 | 第71-72页 |
| 4.4 讨论 | 第72-73页 |
| 第5章 ERK2别构激活MKP3的分子机制研究 | 第73-90页 |
| 5.1 实验基础 | 第73-77页 |
| 5.1.1 FXF-motif是MKP3-CD上的ERK2结合位点 | 第73-75页 |
| 5.1.2 FXF-motif对MKP3-CD对pERK2的去磷酸化的重要性 | 第75-76页 |
| 5.1.3 ERK2通过FXF-motif介导MKP3的别构激活 | 第76-77页 |
| 5.2 MKP3-CD与ERK2复合物的动力学模拟 | 第77-81页 |
| 5.2.1 MKP3-CD与ERK2复合物模型构建 | 第77-78页 |
| 5.2.2 ERK2-MKP3-CD分子模拟的总体分析 | 第78-79页 |
| 5.2.3 MKP3-CD在ERK2-bound状态下的RMSD、RMSF分析 | 第79-81页 |
| 5.3 ERK2对MKP3-CD的别构信号传导途径分析 | 第81-87页 |
| 5.3.1 MKP3-CD的残基相关性分析 | 第81-82页 |
| 5.3.2 α5(FXF-motif)区域 | 第82-83页 |
| 5.3.3 β3’区域分析 | 第83-85页 |
| 5.3.4 催化酸Asp位置分析 | 第85-87页 |
| 5.4 讨论 | 第87-90页 |
| 5.4.1 ERK2别构激活MKP3-CD的机制 | 第87-88页 |
| 5.4.2 最终激活状态的MKP3-CD构象 | 第88-90页 |
| 第6章 蛋白诱导二聚化的定量分析 | 第90-122页 |
| 6.1 本章引文 | 第90-97页 |
| 6.1.1 蛋白质的诱导二聚化 | 第90-95页 |
| 6.1.2 诱导二聚的理论研究 | 第95-97页 |
| 6.2 诱导异源二聚化的平衡状态 | 第97-104页 |
| 6.2.1 模型建立 | 第97-99页 |
| 6.2.2 模型分析 | 第99-101页 |
| 6.2.3 响应曲线的性质 | 第101-104页 |
| 6.3 响应曲线的参数依赖性分析 | 第104-108页 |
| 6.3.1 一级解离常数K_1和K_2的影响 | 第104-105页 |
| 6.3.2 协同性因子α的影响 | 第105-107页 |
| 6.3.3 蛋白质总浓度的影响 | 第107-108页 |
| 6.4 FRET实验定量研究诱导二聚化平衡 | 第108-115页 |
| 6.4.1 实验体系 | 第108-109页 |
| 6.4.2 实验方法设计 | 第109-113页 |
| 6.4.3 实验结果分析 | 第113-115页 |
| 6.5 讨论 | 第115-122页 |
| 6.5.1 解离常数实验估计值的准确性 | 第115-119页 |
| 6.5.2 其它体系的模拟实验 | 第119-120页 |
| 6.5.3 [P_1LP_2]_(max)的解析表达式含义 | 第120页 |
| 6.5.4 实验设计中蛋白浓度的选择 | 第120-121页 |
| 6.5.5 模型应用价值讨论 | 第121-122页 |
| 第7章 总结与展望 | 第122-128页 |
| 7.1 论文总结 | 第122-126页 |
| 7.1.1 MKPs对MAPK负调控的分子机制 | 第122-124页 |
| 7.1.2 配体诱导的蛋白相互作用 | 第124-126页 |
| 7.2 研究展望 | 第126-128页 |
| 参考文献 | 第128-138页 |
| 附录A 不同催化机制的时间过程推导 | 第138-143页 |
| 附录B 诱导二聚化平衡的公式推导 | 第143-148页 |
| 致谢 | 第148-151页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第151页 |
