| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-23页 |
| 1.1 研究目的和意义 | 第11页 |
| 1.2 胞外电子传递 | 第11-15页 |
| 1.2.1 研究胞外电子传递的方法 | 第11-13页 |
| 1.2.2 胞外电子传递机制 | 第13-15页 |
| 1.3 奥奈达希瓦氏菌 | 第15-17页 |
| 1.3.1 希瓦氏菌的介绍和分类 | 第15页 |
| 1.3.2 微生物燃料电池中希瓦氏菌的生长条件 | 第15-16页 |
| 1.3.3 奥奈达希瓦氏菌(S.oneidensisMR-1)的环境意义 | 第16页 |
| 1.3.4 S.oneidensisMR-1的电子传递通路 | 第16-17页 |
| 1.4 转录组测序 | 第17-20页 |
| 1.4.1 转录组 | 第17-18页 |
| 1.4.2 研究转录组的基本方法 | 第18-20页 |
| 1.4.3 希瓦氏菌MR-1的转录组研究 | 第20页 |
| 1.5 铁硫环境下的电子传递效应 | 第20-23页 |
| 第二章 希瓦氏菌MR-1在微生物燃料电池中的表征 | 第23-39页 |
| 2.1 构建希瓦氏菌燃料电池体系 | 第23-28页 |
| 2.1.1 实验用品和实验器材 | 第23页 |
| 2.1.2 保存扩展希瓦氏菌MR-1原样 | 第23-24页 |
| 2.1.3 测定希瓦氏菌的生长曲线 | 第24页 |
| 2.1.4 处理电极材料 | 第24-25页 |
| 2.1.5 处理质子交换膜 | 第25页 |
| 2.1.6 构建微生物燃料电池装置 | 第25-26页 |
| 2.1.7 实验设计及分组 | 第26-27页 |
| 2.1.8 希瓦氏菌MR-1的培养及电池构成 | 第27-28页 |
| 2.2 希瓦氏菌微生物燃料电池体系电信号的表征 | 第28-34页 |
| 2.2.1 希瓦氏菌MFC装置的极化曲线 | 第28-31页 |
| 2.2.2 希瓦氏菌MFC装置的开路电压变化 | 第31-32页 |
| 2.2.3 希瓦氏菌MFC装置的外接负载功率密度曲线 | 第32-34页 |
| 2.3 希瓦氏菌微生物燃料电池体系中微生物形态观察 | 第34-37页 |
| 2.3.1 电镜样品制备 | 第34-35页 |
| 2.3.2 电镜样品观察 | 第35-37页 |
| 2.4 本章小结 | 第37-39页 |
| 第三章 希瓦氏菌MR-1转录组分析 | 第39-67页 |
| 3.1 样品提取 | 第39页 |
| 3.2 分析流程 | 第39-40页 |
| 3.3 转录组测序分析 | 第40-59页 |
| 3.3.1 原始数据整理、过滤及质量评估 | 第40-43页 |
| 3.3.2 比对到基因组 | 第43-46页 |
| 3.3.3 基因组注释整理 | 第46-47页 |
| 3.3.4 eggNOG分析 | 第47-50页 |
| 3.3.5 表达差异基因分析 | 第50-52页 |
| 3.3.6 表达差异GO富集分析 | 第52-54页 |
| 3.3.7 表达差异KO分析 | 第54-55页 |
| 3.3.8 KEGG富集分析 | 第55-58页 |
| 3.3.9 KEGGPathway统计 | 第58页 |
| 3.3.10 差异表达基因的聚类分析 | 第58-59页 |
| 3.3.11 转录组测序分析小结 | 第59页 |
| 3.4 转录本结构分析与优化 | 第59-65页 |
| 3.4.1 SNP分析 | 第59-60页 |
| 3.4.2 新转录本预测及功能预测 | 第60-62页 |
| 3.4.3 trans-encodedsRNA分析 | 第62-63页 |
| 3.4.4 cis-encodedsRNA分析 | 第63-64页 |
| 3.4.5 UTR分析 | 第64-65页 |
| 3.5 分析总结 | 第65-67页 |
| 第四章 希瓦氏菌MR-1蛋白分析 | 第67-79页 |
| 4.1 实验材料 | 第67页 |
| 4.2 实验流程 | 第67-72页 |
| 4.2.1 希瓦氏菌MR-1样品蛋白提取 | 第68页 |
| 4.2.2 SDS-PAGE电泳 | 第68-72页 |
| 4.3 相关蛋白分析 | 第72-78页 |
| 4.3.1 对照样品中高表达蛋白的分析 | 第72-74页 |
| 4.3.2 实验样品中高表达蛋白的分析 | 第74-75页 |
| 4.3.3 两组样品蛋白表达的对比分析 | 第75-78页 |
| 4.4 本章小结 | 第78-79页 |
| 第五章 总结与展望 | 第79-81页 |
| 5.1 总结 | 第79-80页 |
| 5.2 展望 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-87页 |
| 作者简介 | 第87-89页 |
| 致谢 | 第89页 |
