| 摘要 | 第11-16页 |
| Abstract | 第16-21页 |
| 缩略语表(Abbreviations) | 第22-25页 |
| 第一章 文献综述 | 第25-45页 |
| 1 免疫佐剂 | 第25-27页 |
| 1.1 免疫佐剂的概念 | 第25-26页 |
| 1.2 免疫佐剂的种类 | 第26-27页 |
| 1.2.1 增加免疫原性的佐剂 | 第26-27页 |
| 1.2.2 具备免疫刺激性的佐剂 | 第27页 |
| 1.2.3 兼具增加免疫原性和免疫刺激性的佐剂 | 第27页 |
| 2 杨树菇凝集素 | 第27-29页 |
| 2.1 天然提取的杨树菇凝集素(AAL) | 第27-28页 |
| 2.2 原核重组的杨树菇凝集素(rAAL) | 第28-29页 |
| 3 转录组学 | 第29-32页 |
| 3.1 转录组 | 第29-30页 |
| 3.2 高通量测序技术 | 第30-31页 |
| 3.3 高通量测序的数据处理 | 第31-32页 |
| 4 miRNA | 第32-41页 |
| 4.1 miRNA的概念及生物体内形成 | 第32-33页 |
| 4.2 miRNA靶基因预测 | 第33-34页 |
| 4.3 miRNA与免疫 | 第34-41页 |
| 4.3.1 miRNA与血细胞分化 | 第35-39页 |
| 4.3.2 miR-124研究进展 | 第39-41页 |
| 5 免疫细胞 | 第41-43页 |
| 5.1 T淋巴细胞和B淋巴细胞分化及分类 | 第41-42页 |
| 5.2 白细胞跨内皮迁移 | 第42-43页 |
| 6 禽流感 | 第43-44页 |
| 问题提出 | 第44-45页 |
| 第二章 rAAL对灭活禽流感病毒H_9N_2的佐剂作用 | 第45-59页 |
| 1 材料与方法 | 第45-53页 |
| 1.1 试验材料 | 第45-47页 |
| 1.1.1 试验材料 | 第45页 |
| 1.1.2 试验动物 | 第45页 |
| 1.1.3 试验试剂及主要溶液配方 | 第45-46页 |
| 1.1.4 主要试验器材 | 第46-47页 |
| 1.2 试验方法 | 第47-53页 |
| 1.2.1 禽流感病毒H_9N_2的增殖及血凝效价测定 | 第47页 |
| 1.2.2 rAAL作为灭活禽流感病毒H_9N_2佐剂的免疫程序 | 第47-48页 |
| 1.2.3 小鼠脾脏淋巴细胞分离 | 第48页 |
| 1.2.4 淋巴细胞计数 | 第48页 |
| 1.2.5 CCK-8检测小鼠脾脏淋巴细胞增殖能力 | 第48-49页 |
| 1.2.6 小鼠脾脏中CD4~+T、CD8~+T细胞数量及比例测定 | 第49页 |
| 1.2.7 免疫小鼠血清中H_9N_2的抗体水平检测 | 第49-50页 |
| 1.2.8 rAAL体外刺激小鼠脾脏淋巴细胞因子基因的转录 | 第50-53页 |
| 1.3 数据统计及分析 | 第53页 |
| 2 结果与分析 | 第53-56页 |
| 2.1 免疫小鼠血清中H_9N_2的抗体水平 | 第53页 |
| 2.2 免疫小鼠脾脏淋巴细胞体外增殖能力 | 第53-54页 |
| 2.3 免疫小鼠脾脏淋巴细胞中CD4~+T、CD8~+T细胞比例变化 | 第54-55页 |
| 2.4 rAAL体外刺激小鼠脾脏淋巴细胞因子的表达水平 | 第55-56页 |
| 3 讨论 | 第56-58页 |
| 3.1 rAAL作为灭活禽流感病毒H_9N_2佐剂的效果 | 第56页 |
| 3.2 rAAL对小鼠免疫反应的影响 | 第56-58页 |
| 3.2.1 rAAL增强小鼠的细胞免疫 | 第56-57页 |
| 3.2.2 rAAL促进小鼠脾脏淋巴细胞因子基因的表达量 | 第57-58页 |
| 本章小结 | 第58-59页 |
| 第三章 小鼠注射rAAL后脾脏转录组学分析 | 第59-101页 |
| 1 材料与方法 | 第59-67页 |
| 1.1 试验材料 | 第59-60页 |
| 1.1.1 试验材料 | 第59页 |
| 1.1.2 试验动物 | 第59页 |
| 1.1.3 主要试剂和仪器 | 第59-60页 |
| 1.2 试验方法 | 第60-62页 |
| 1.2.1 试验动物分组及免疫方案 | 第60页 |
| 1.2.2 免疫小鼠血清H_9N_2血凝抑制效价 | 第60页 |
| 1.2.3 免疫小鼠脾脏RNA提取 | 第60-61页 |
| 1.2.4 小鼠脾脏cDNA文库构建及测序 | 第61-62页 |
| 1.3 数据处理及分析方法 | 第62-64页 |
| 1.3.1 原始序列数据处理 | 第62页 |
| 1.3.2 序列比对 | 第62-63页 |
| 1.3.3 测序随机性分析及基因覆盖度统计 | 第63页 |
| 1.3.4 基因转录水平的统计计算 | 第63页 |
| 1.3.5 样品间差异表达基因分析(DEGs) | 第63页 |
| 1.3.6 GO功能富集分析 | 第63-64页 |
| 1.3.7 代谢通路(Pathway)富集分析 | 第64页 |
| 1.3.8 基因差异表达模式聚类分析 | 第64页 |
| 1.4 差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第64-67页 |
| 1.4.1 验证的基因 | 第64-65页 |
| 1.4.2 qRT-PCR试验 | 第65-67页 |
| 2 结果与分析 | 第67-90页 |
| 2.1 免疫小鼠血清H_9N_2的血凝抑制效价 | 第67页 |
| 2.2 各组样品RNA质量检测结果 | 第67-68页 |
| 2.3 各组样品测序后序列与小鼠基因组比对结果 | 第68-70页 |
| 2.4 差异表达基因分析 | 第70-71页 |
| 2.5 部分差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第71-73页 |
| 2.5.1 rAAL组和control组10个基因的验证结果 | 第71-72页 |
| 2.5.2 H_9N_2+rAAL组和H_9N_2组10个基因的验证结果 | 第72-73页 |
| 2.6 差异基因的GO功能富集分析 | 第73-82页 |
| 2.6.1 Control-vs-rAAL差异基因GO生物功能富集分析 | 第76-80页 |
| 2.6.2 H_9N_2+rAAL-vs-H_9N_2差异基因GO生物功能富集分析 | 第80-82页 |
| 2.7 差异基因KEGGPathway富集分析 | 第82-90页 |
| 2.7.1 rAAL-vs-control差异基因Pathway富集分析 | 第82-86页 |
| 2.7.2 H_9N_2+rAAL组-vs-H_9N_2组差异基因Pathway富集分析 | 第86-90页 |
| 3 讨论 | 第90-100页 |
| 3.1 rAAL的佐剂效果 | 第90页 |
| 3.2 转录组测序结果的可靠性 | 第90页 |
| 3.3 rAAL促进造血干细胞的分化 | 第90-91页 |
| 3.4 rAAL促进中性粒细胞跨内皮迁移 | 第91-96页 |
| 3.4.1 rAAL增加IL-1β转录水平,增加白细胞数量 | 第92页 |
| 3.4.2 rAAL促进整合素和选择素基因表达量,启动白细胞迁移 | 第92-94页 |
| 3.4.3 rAAL促进趋化因子基因表达量,趋化中性粒细胞跨内皮迁移 | 第94-96页 |
| 3.5 rAAL与T细胞免疫、B细胞免疫 | 第96-100页 |
| 3.5.1 rAAL增加cfd基因表达,激活补体系统 | 第96-97页 |
| 3.5.2 rAAL促进T淋巴细胞分化 | 第97-99页 |
| 3.5.3 rAAL增强B淋巴细胞活化 | 第99-100页 |
| 本章小结 | 第100-101页 |
| 第四章 小鼠注射rAAL脾脏miRNA差异表达研究 | 第101-149页 |
| 1 材料与方法 | 第101-107页 |
| 1.1 试验材料 | 第101-102页 |
| 1.1.1 试验材料 | 第101页 |
| 1.1.2 试验动物 | 第101页 |
| 1.1.3 主要试验试剂 | 第101页 |
| 1.1.4 主要试验仪器 | 第101-102页 |
| 1.2 试验方法 | 第102-103页 |
| 1.2.1 试验动物分组及免疫方案 | 第102页 |
| 1.2.2 免疫小鼠脾脏RNA提取 | 第102页 |
| 1.2.3 小鼠小RNA文库的构建及测序 | 第102-103页 |
| 1.3 数据处理及分析方法 | 第103-105页 |
| 1.3.1 原始数据处理 | 第103页 |
| 1.3.2 小RNA碱基偏向性和片段中碱基数目统计 | 第103页 |
| 1.3.3 不同样品间小RNA特有序列和公共序列 | 第103-104页 |
| 1.3.4 基因组比对 | 第104页 |
| 1.3.5 两样品间miRNA表达差异分析 | 第104页 |
| 1.3.6 miRNA靶基因的预测 | 第104-105页 |
| 1.3.7 GO富集分析 | 第105页 |
| 1.3.8 KEGG通路分析 | 第105页 |
| 1.4 差异表达的miRNA验证 | 第105-107页 |
| 1.4.1 试剂 | 第105-106页 |
| 1.4.2 qRT-PCR试验 | 第106-107页 |
| 2 结果与分析 | 第107-141页 |
| 2.1 小鼠小RNA片段长度分布统计 | 第107-110页 |
| 2.1.1 小RNA片段的大小、数量统计 | 第107-108页 |
| 2.1.2 各处理组小RNA长度分布 | 第108-110页 |
| 2.1.3 差异表达的miRNAqRT-PCR验证结果 | 第110页 |
| 2.2 各组小RNA特有序列、公共序列 | 第110-112页 |
| 2.3 GenBank比对 | 第112-113页 |
| 2.3.1 Control组样品比对上GenBank中非编码的小RNA统计图 | 第112页 |
| 2.3.2 rAAL组样品比对上GenBank中非编码的小RNA统计图 | 第112页 |
| 2.3.3 H_9N_2组样品中比对上GenBank中非编码的小RNA统计图 | 第112页 |
| 2.3.4 H_9N_2+rAAL组比对上GenBank中非编码的小RNA统计图 | 第112-113页 |
| 2.4 Rfam比对 | 第113-114页 |
| 2.4.1 Control组比对上Rfam中非编码的小RNA统计图 | 第113页 |
| 2.4.2 rAAL组比对上Rfam中非编码的小RNA统计图 | 第113页 |
| 2.4.3 H_9N_2组比对上Rfam中非编码小RNA统计图 | 第113-114页 |
| 2.4.4 H_9N_2+rAAL组比对上Rfam非编码的小RNA统计 | 第114页 |
| 2.5 小RNA分类注释 | 第114-118页 |
| 2.5.1 Control组各类小RNA的分布 | 第114-115页 |
| 2.5.2 rAAL组各类小RNA的分布 | 第115-116页 |
| 2.5.3 H_9N_2组各类小RNA的分布 | 第116-117页 |
| 2.5.4 H_9N_2+rAAL组各类小RNA的分布 | 第117-118页 |
| 2.6 与已知miRNA数据库比对,构建小鼠脾脏miRNA表达谱 | 第118-119页 |
| 2.7 已知miRNA差异表达谱的分析 | 第119-128页 |
| 2.7.1 rAAL组与Control组差异表达miRNA | 第119-122页 |
| 2.7.2 H_9N_2+rAAL-vs-H_9N_2组差异表达miRNA | 第122-125页 |
| 2.7.3 rAAL-vs-H_9N_2组差异表达miRNA | 第125-128页 |
| 2.8 rAAL-vs-Control组已知差异表达miRNA的靶基因预测、GO富集分析和KEGG通路分析 | 第128-130页 |
| 2.9 H_9N_2+rAAL-vs-H_9N_2组已知差异表达miRNA的靶基因预测、GO富集分析和KEGG通路分析 | 第130-132页 |
| 2.10 rAAL处理与非rAAL处理小鼠脾脏差异表达的miRNA | 第132-133页 |
| 2.11 miR-124-3p和miR-3473e的靶基因预测和GO富集分析 | 第133-141页 |
| 2.11.1 miR-124-3p预测的靶基因 | 第133-140页 |
| 2.11.2 miR-3473e预测的靶基因 | 第140-141页 |
| 3 讨论 | 第141-148页 |
| 3.1 miRNA高通量测序结果的可靠性 | 第141-142页 |
| 3.2 rAAL组与Control组差异表达的miRNA分析 | 第142-145页 |
| 3.2.1 两组差异表达的miRNA数量 | 第142页 |
| 3.2.2 差异表达且被证实与免疫相关的miRNA分析 | 第142-145页 |
| 3.3 H_9N_2+rAAL组-vs-H_9N_2组差异表达的miRNA分析 | 第145-146页 |
| 3.3.1 两组差异表达的miRNA数量 | 第145页 |
| 3.3.2 差异表达且被证实与免疫相关的miRNA分析 | 第145-146页 |
| 3.4 miR-124-3p和miR-3473e靶基因预测 | 第146-147页 |
| 3.5 关于miR-124-3p靶基因GO富集和KEGG通路 | 第147-148页 |
| 3.6 关于miR-3473e靶基因GO富集和KEGG通路 | 第148页 |
| 本章小结 | 第148-149页 |
| 第五章 全文总结 | 第149-150页 |
| 1 结论 | 第149-150页 |
| 2 创新与不足 | 第150页 |
| 2.1 创新 | 第150页 |
| 2.2 不足及后期工作 | 第150页 |
| 发表的文章 | 第150-151页 |
| 参考文献 | 第151-172页 |
| 致谢 | 第172-173页 |
