| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 缩略词表 | 第13-14页 |
| 1 前言 | 第14-27页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第14-17页 |
| 1.2 文献综述 | 第17-26页 |
| 1.2.1 畜禽资源的群体内遗传多样性 | 第17-18页 |
| 1.2.2 鸡基因组及体重性状的研究 | 第18-20页 |
| 1.2.3 全基因组关联分析及其优缺点 | 第20-22页 |
| 1.2.4 选择分析 | 第22-26页 |
| 1.3 本研究的目的与意义 | 第26-27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-37页 |
| 2.1 数据分析软件及数据库 | 第27页 |
| 2.1.1 软件 | 第27页 |
| 2.1.2 数据库 | 第27页 |
| 2.2 实验动物 | 第27-28页 |
| 2.3 表型数据与基因型数据 | 第28-29页 |
| 2.3.1 表型数据与基因型数据采集 | 第28页 |
| 2.3.2 表型与基因型数据的质量控制 | 第28-29页 |
| 2.4 群体结构评估 | 第29-30页 |
| 2.4.1 利用主成分分析对群体结构评估 | 第29页 |
| 2.4.2 基于亚群分化及连锁不平衡对群体结构评估 | 第29-30页 |
| 2.5 单位点全基因组关联分析 | 第30-32页 |
| 2.5.1 群体结构校正及分析模型 | 第30-31页 |
| 2.5.2 单位点全基因组关联分析阈值 | 第31-32页 |
| 2.5.3 计算显著位点能解释的表型方差 | 第32页 |
| 2.6 以单倍型为基础的关联分析 | 第32-33页 |
| 2.6.1 单倍型的选取 | 第32页 |
| 2.6.2 单倍型关联分析 | 第32-33页 |
| 2.7 上位效应分析 | 第33-34页 |
| 2.7.1 存在上位效应的位点检测 | 第33-34页 |
| 2.7.2 互作位点对的检测 | 第34页 |
| 2.8 候选基因分析 | 第34-35页 |
| 2.9 全基因组选择信号的研究 | 第35-37页 |
| 2.9.1 基于连锁不平衡检测选择信号 | 第35页 |
| 2.9.2 基于遗传分化检测选择信号 | 第35-37页 |
| 3 结果与分析 | 第37-58页 |
| 3.1 表型数据及基因型数据质控结果 | 第37-38页 |
| 3.2 实验群体中各亚群体重性状的描述性统计参数 | 第38-39页 |
| 3.3 实验群体结构的评估 | 第39-42页 |
| 3.3.1 利用主成分分析评估群体分层的程度 | 第39-40页 |
| 3.3.2 利用亚群分化和连锁不平衡评估群体结构 | 第40-42页 |
| 3.4 单位点全基因组关联分析结果 | 第42-45页 |
| 3.5 基于单倍型的关联分析结果 | 第45-49页 |
| 3.6 上位效应分析及候选基因筛选 | 第49-51页 |
| 3.6.1 上位效应分析结果 | 第49-50页 |
| 3.6.2 候选基因分析 | 第50-51页 |
| 3.7 全基因组选择信号的研究 | 第51-58页 |
| 3.7.1 基于遗传分化检测选择信号 | 第51-52页 |
| 3.7.2 基于连锁不平衡检测选择信号 | 第52-58页 |
| 4 讨论 | 第58-62页 |
| 4.1 研究群体的选择和对其群体分层影响的校正 | 第58页 |
| 4.2 体重性状受微效多基因的调控 | 第58-59页 |
| 4.3 遗传结构多样性也是影响体重性状的重要因素之一 | 第59-60页 |
| 4.4 上位效应是影响体重性状不可忽略的因素之一 | 第60页 |
| 4.5 选择信号的检测是对基因定位的重要补充 | 第60-62页 |
| 5 结论与展望 | 第62-63页 |
| 5.1 本研究所取得的成果 | 第62页 |
| 5.2 本研究的创新点 | 第62页 |
| 5.3 下一步计划 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-74页 |
| 附表 | 第74-87页 |
| 附图 | 第87-92页 |
| 附录：在读期间发表论文 | 第92-93页 |
| 致谢 | 第93页 |