大豆慢生根瘤菌基因组规模蛋白质互作网络构建与分析
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第10-19页 |
| 1.1 蛋白质互作网络概述 | 第10-11页 |
| 1.1.1 蛋白质互作 | 第10页 |
| 1.1.2 蛋白质互作网络 | 第10-11页 |
| 1.2 蛋白质互作网络研究进展 | 第11-15页 |
| 1.2.1 确定蛋白质互作的实验方法 | 第11-13页 |
| 1.2.2 确定蛋白质互作的预测方法 | 第13-14页 |
| 1.2.3 蛋白质互作相关数据库 | 第14-15页 |
| 1.3 根瘤菌的研究进展 | 第15-17页 |
| 1.3.1 根瘤菌与共生固氮 | 第15-16页 |
| 1.3.2 大豆慢生根瘤菌的研究进展 | 第16-17页 |
| 1.3.3 根瘤菌蛋白质互作网络的研究进展 | 第17页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第17-19页 |
| 2 材料与方法 | 第19-28页 |
| 2.1 蛋白质互作网络的构建 | 第19-22页 |
| 2.1.1 基于同源映射的蛋白互作预测 | 第19-20页 |
| 2.1.2 基于结构域互作的蛋白互作预测 | 第20-21页 |
| 2.1.3 蛋白质互作网络的可视化 | 第21-22页 |
| 2.2 蛋白质互作网络的质量评估 | 第22-24页 |
| 2.2.1 从互作蛋白质结构特征的角度评估 | 第22页 |
| 2.2.2 从互作蛋白质亚细胞定位的角度评估 | 第22-23页 |
| 2.2.3 从互作蛋白质功能相关性的角度评估 | 第23页 |
| 2.2.4 从互作蛋白质转录模式的角度评估 | 第23-24页 |
| 2.3 蛋白质互作网络的拓扑属性 | 第24页 |
| 2.4 几种根瘤菌的蛋白质互作网络对比 | 第24-25页 |
| 2.4.1 基于COG功能分类的互作网络对比 | 第24-25页 |
| 2.4.2 基于序列的蛋白质互作网络比对 | 第25页 |
| 2.5 自生与共生状态下子网络的对比 | 第25-26页 |
| 2.5.1 自生和共生状态下互作网络的筛选 | 第25-26页 |
| 2.5.2 互作蛋白质转录水平差异的计算 | 第26页 |
| 2.6 共生固氮相关的核心子网络的分析 | 第26-28页 |
| 2.6.1 共生固氮相关的核心子网络的筛选 | 第26-27页 |
| 2.6.2 子网络的聚类和模块纽带的筛选 | 第27-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-45页 |
| 3.1 大豆慢生根瘤菌基因组规模的蛋白质互作网络 | 第28-30页 |
| 3.2 蛋白质互作网络的质量评估 | 第30-32页 |
| 3.3 蛋白质互作网络的属性分析 | 第32-33页 |
| 3.4 几种根瘤菌的蛋白质互作网络对比分析 | 第33-37页 |
| 3.4.1 基于COG功能分类的互作网络对比 | 第33-35页 |
| 3.4.2 基于蛋白序列的蛋白质互作对比 | 第35-37页 |
| 3.5 自生和共生条件下互作网络对比分析 | 第37-39页 |
| 3.6 共生固氮相关的核心子网络的分析 | 第39-45页 |
| 3.6.1 SCSNW关键模块的分析 | 第40-42页 |
| 3.6.2 TOMs及其互作的功能推断 | 第42-45页 |
| 4 讨论与展望 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-53页 |
| 附录 | 第53-62页 |
| 致谢 | 第62页 |
