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杀大菱鲆病原性盾纤毛虫海洋菌株YCSC6的鉴定及其基因组、转录组和代谢组分析

摘要第4-6页
Abstract第6-7页
第一章 文献综述第12-18页
    1.1 盾纤毛虫病研究现状第12-13页
        1.1.1 盾纤毛虫病的病原学研究第12页
        1.1.2 盾纤毛虫病感染症状及流行情况第12-13页
        1.1.3 盾纤毛虫病防治方法第13页
    1.2 杀虫微生物研究第13-14页
    1.3 微生物基因组学第14-16页
        1.3.1 基因组学概念第14-15页
        1.3.2 微生物基因组学的研究内容第15页
        1.3.3 微生物基因组研究常用数据库第15页
        1.3.4 微生物基因组学研究意义第15-16页
    1.4 转录组学研究进展第16页
        1.4.1 转录组学定义第16页
        1.4.2 高通量测序在转录组学中的应用第16页
        1.4.3 转录组测序在微生物中的应用第16页
    1.5 代谢组学研究进展第16-18页
        1.5.1 代谢组学定义第16-17页
        1.5.2 代谢组学研究平台第17页
        1.5.3 代谢组学应用第17-18页
第二章 大菱鲆(Scophthlmusmaximus)盾纤毛虫病病理学观察及病原分析第18-35页
    2.1 前言第18-19页
    2.2 实验材料第19-21页
        2.2.1 实验仪器第19页
        2.2.2 实验药品第19-20页
        2.2.3 实验试剂第20页
        2.2.4 病鱼来源第20-21页
    2.3 实验方法第21-25页
        2.3.1 病鱼解剖及患病组织取材第21页
        2.3.2 组织石蜡包埋切片第21-22页
        2.3.3 H&E染色第22页
        2.3.4 组织病理学观察第22页
        2.3.5 盾纤毛虫的分离及培养第22-23页
        2.3.6 纤毛虫的形态学观察第23页
        2.3.7 纤毛虫的分子鉴定第23-24页
        2.3.8 感染实验第24-25页
    2.4 实验结果与分析第25-33页
        2.4.1 病鱼症状第25-26页
        2.4.2 病鱼组织病理变化第26-29页
        2.4.3 纤毛虫形态特征及系统地位第29-30页
        2.4.4 纤毛虫系统发育分析第30-31页
        2.4.5 感染实验第31-33页
    2.5 讨论第33页
    2.6 小结第33-35页
第三章 海洋细菌YCSC6的鉴定及其体外杀盾纤毛虫的能力第35-49页
    3.1 前言第35页
    3.2 实验材料第35-37页
        3.2.1 实验仪器第35-36页
        3.2.2 实验药品第36页
        3.2.3 实验试剂第36-37页
        3.2.4 菌株及盾纤毛虫来源第37页
    3.3 实验方法第37-40页
        3.3.1 菌株形态特征观察第37页
        3.3.2 菌株生长特性第37-38页
        3.3.3 生理生化实验第38-39页
        3.3.4 16 SrRNA基因的扩增与系统发育分析第39页
        3.3.5 细菌发酵液的制备及处理方法第39页
        3.3.6 细菌发酵液过滤液与盾纤毛虫的共培养第39页
        3.3.7 共培养后盾纤毛虫的显微及扫描电镜观察第39-40页
        3.3.8 YCSC6发酵液裂解能力的初步测定第40页
    3.4 实验结果第40-47页
        3.4.1 菌株形态特征第40-41页
        3.4.2 菌株生长特性第41-43页
        3.4.3 YCSC6生理生化特性第43-44页
        3.4.4 YCSC6的16SrRNA基因的同源性比对及系统发育分析第44页
        3.4.5 共培养下纤毛虫体的变化第44-46页
        3.4.6 共培养下盾纤毛虫裂解率第46-47页
    3.5 讨论第47-48页
    3.6 小结第48-49页
第四章 海洋细菌YCSC6的全基因组测序第49-61页
    4.1 前言第49页
    4.2 实验流程第49-51页
        4.2.1 实验样品制备第49页
        4.2.2 DNA提取及检测第49页
        4.2.3 文库构建以及质量检测第49-50页
        4.2.4 DNA测序第50-51页
        4.2.5 生物信息分析流程第51页
    4.3 实验结果第51-53页
        4.3.1 DNA样品检测结果第51-52页
        4.3.2 组装结果第52页
        4.3.3 质粒序列分析第52-53页
        4.3.4 碱基组成分析第53页
    4.4 基因组注释第53-58页
        4.4.1 基因结构预测第53-54页
        4.4.2 COG功能注释第54页
        4.4.3 GO功能注释第54-55页
        4.4.4 KEGG功能注释第55-56页
        4.4.5 重复序列分析第56页
        4.4.6 CRISPR结构预测第56-57页
        4.4.7 基因圈图第57-58页
    4.5 次级代谢产物基因簇预测第58-59页
    4.6 相关基因预测第59-60页
    4.7 结论第60-61页
第五章 不同培养时间海洋菌株YCSC6的转录组及代谢组分析第61-76页
    5.1 前言第61页
    5.2 实验方法第61-66页
        5.2.1 样品制备第61页
        5.2.2 转录组测序第61-63页
        5.2.3 代谢组分析第63-65页
        5.2.4 WGCNA分析第65-66页
    5.3 实验结果第66-74页
        5.3.1 样品分组第66-67页
        5.3.2 转录组测序分析第67-69页
        5.3.3 代谢组分析第69-72页
        5.3.4 WGCNA分析结果第72-74页
        5.3.5 darkgreen与black模块关联分析第74页
    5.4 结论第74-76页
第六章 总结与展望第76-78页
    6.1 总结第76页
    6.2 展望第76-78页
参考文献第78-87页
读研期间发表及撰写的学术论文第87-88页
致谢第88页

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