| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-18页 |
| 1.1 盾纤毛虫病研究现状 | 第12-13页 |
| 1.1.1 盾纤毛虫病的病原学研究 | 第12页 |
| 1.1.2 盾纤毛虫病感染症状及流行情况 | 第12-13页 |
| 1.1.3 盾纤毛虫病防治方法 | 第13页 |
| 1.2 杀虫微生物研究 | 第13-14页 |
| 1.3 微生物基因组学 | 第14-16页 |
| 1.3.1 基因组学概念 | 第14-15页 |
| 1.3.2 微生物基因组学的研究内容 | 第15页 |
| 1.3.3 微生物基因组研究常用数据库 | 第15页 |
| 1.3.4 微生物基因组学研究意义 | 第15-16页 |
| 1.4 转录组学研究进展 | 第16页 |
| 1.4.1 转录组学定义 | 第16页 |
| 1.4.2 高通量测序在转录组学中的应用 | 第16页 |
| 1.4.3 转录组测序在微生物中的应用 | 第16页 |
| 1.5 代谢组学研究进展 | 第16-18页 |
| 1.5.1 代谢组学定义 | 第16-17页 |
| 1.5.2 代谢组学研究平台 | 第17页 |
| 1.5.3 代谢组学应用 | 第17-18页 |
| 第二章 大菱鲆(Scophthlmusmaximus)盾纤毛虫病病理学观察及病原分析 | 第18-35页 |
| 2.1 前言 | 第18-19页 |
| 2.2 实验材料 | 第19-21页 |
| 2.2.1 实验仪器 | 第19页 |
| 2.2.2 实验药品 | 第19-20页 |
| 2.2.3 实验试剂 | 第20页 |
| 2.2.4 病鱼来源 | 第20-21页 |
| 2.3 实验方法 | 第21-25页 |
| 2.3.1 病鱼解剖及患病组织取材 | 第21页 |
| 2.3.2 组织石蜡包埋切片 | 第21-22页 |
| 2.3.3 H&E染色 | 第22页 |
| 2.3.4 组织病理学观察 | 第22页 |
| 2.3.5 盾纤毛虫的分离及培养 | 第22-23页 |
| 2.3.6 纤毛虫的形态学观察 | 第23页 |
| 2.3.7 纤毛虫的分子鉴定 | 第23-24页 |
| 2.3.8 感染实验 | 第24-25页 |
| 2.4 实验结果与分析 | 第25-33页 |
| 2.4.1 病鱼症状 | 第25-26页 |
| 2.4.2 病鱼组织病理变化 | 第26-29页 |
| 2.4.3 纤毛虫形态特征及系统地位 | 第29-30页 |
| 2.4.4 纤毛虫系统发育分析 | 第30-31页 |
| 2.4.5 感染实验 | 第31-33页 |
| 2.5 讨论 | 第33页 |
| 2.6 小结 | 第33-35页 |
| 第三章 海洋细菌YCSC6的鉴定及其体外杀盾纤毛虫的能力 | 第35-49页 |
| 3.1 前言 | 第35页 |
| 3.2 实验材料 | 第35-37页 |
| 3.2.1 实验仪器 | 第35-36页 |
| 3.2.2 实验药品 | 第36页 |
| 3.2.3 实验试剂 | 第36-37页 |
| 3.2.4 菌株及盾纤毛虫来源 | 第37页 |
| 3.3 实验方法 | 第37-40页 |
| 3.3.1 菌株形态特征观察 | 第37页 |
| 3.3.2 菌株生长特性 | 第37-38页 |
| 3.3.3 生理生化实验 | 第38-39页 |
| 3.3.4 16 SrRNA基因的扩增与系统发育分析 | 第39页 |
| 3.3.5 细菌发酵液的制备及处理方法 | 第39页 |
| 3.3.6 细菌发酵液过滤液与盾纤毛虫的共培养 | 第39页 |
| 3.3.7 共培养后盾纤毛虫的显微及扫描电镜观察 | 第39-40页 |
| 3.3.8 YCSC6发酵液裂解能力的初步测定 | 第40页 |
| 3.4 实验结果 | 第40-47页 |
| 3.4.1 菌株形态特征 | 第40-41页 |
| 3.4.2 菌株生长特性 | 第41-43页 |
| 3.4.3 YCSC6生理生化特性 | 第43-44页 |
| 3.4.4 YCSC6的16SrRNA基因的同源性比对及系统发育分析 | 第44页 |
| 3.4.5 共培养下纤毛虫体的变化 | 第44-46页 |
| 3.4.6 共培养下盾纤毛虫裂解率 | 第46-47页 |
| 3.5 讨论 | 第47-48页 |
| 3.6 小结 | 第48-49页 |
| 第四章 海洋细菌YCSC6的全基因组测序 | 第49-61页 |
| 4.1 前言 | 第49页 |
| 4.2 实验流程 | 第49-51页 |
| 4.2.1 实验样品制备 | 第49页 |
| 4.2.2 DNA提取及检测 | 第49页 |
| 4.2.3 文库构建以及质量检测 | 第49-50页 |
| 4.2.4 DNA测序 | 第50-51页 |
| 4.2.5 生物信息分析流程 | 第51页 |
| 4.3 实验结果 | 第51-53页 |
| 4.3.1 DNA样品检测结果 | 第51-52页 |
| 4.3.2 组装结果 | 第52页 |
| 4.3.3 质粒序列分析 | 第52-53页 |
| 4.3.4 碱基组成分析 | 第53页 |
| 4.4 基因组注释 | 第53-58页 |
| 4.4.1 基因结构预测 | 第53-54页 |
| 4.4.2 COG功能注释 | 第54页 |
| 4.4.3 GO功能注释 | 第54-55页 |
| 4.4.4 KEGG功能注释 | 第55-56页 |
| 4.4.5 重复序列分析 | 第56页 |
| 4.4.6 CRISPR结构预测 | 第56-57页 |
| 4.4.7 基因圈图 | 第57-58页 |
| 4.5 次级代谢产物基因簇预测 | 第58-59页 |
| 4.6 相关基因预测 | 第59-60页 |
| 4.7 结论 | 第60-61页 |
| 第五章 不同培养时间海洋菌株YCSC6的转录组及代谢组分析 | 第61-76页 |
| 5.1 前言 | 第61页 |
| 5.2 实验方法 | 第61-66页 |
| 5.2.1 样品制备 | 第61页 |
| 5.2.2 转录组测序 | 第61-63页 |
| 5.2.3 代谢组分析 | 第63-65页 |
| 5.2.4 WGCNA分析 | 第65-66页 |
| 5.3 实验结果 | 第66-74页 |
| 5.3.1 样品分组 | 第66-67页 |
| 5.3.2 转录组测序分析 | 第67-69页 |
| 5.3.3 代谢组分析 | 第69-72页 |
| 5.3.4 WGCNA分析结果 | 第72-74页 |
| 5.3.5 darkgreen与black模块关联分析 | 第74页 |
| 5.4 结论 | 第74-76页 |
| 第六章 总结与展望 | 第76-78页 |
| 6.1 总结 | 第76页 |
| 6.2 展望 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-87页 |
| 读研期间发表及撰写的学术论文 | 第87-88页 |
| 致谢 | 第88页 |
