| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第13-21页 |
| 1.1 研究目的及意义 | 第13页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第13-21页 |
| 1.2.1 黄瓜果实大小的研究进展 | 第13-15页 |
| 1.2.2 其他作物果实大小的研究进展 | 第15-17页 |
| 1.2.3 黄瓜遗传图谱的研究进展 | 第17-19页 |
| 1.2.4 基因组重测序在黄瓜研究上的应用 | 第19-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-30页 |
| 2.1 试验材料 | 第21页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第21页 |
| 2.1.2 试验所用酶及生化试剂 | 第21页 |
| 2.2 试验方法 | 第21-30页 |
| 2.2.1 黄瓜两亲本的基因组重测序及分析 | 第21-25页 |
| 2.2.1.1 样品的采集与处理 | 第21页 |
| 2.2.1.2 全基因组总DNA的提取 | 第21-22页 |
| 2.2.1.3 全基因组重测序前的准备工作 | 第22页 |
| 2.2.1.4 对测序数据进行质量控制 | 第22-23页 |
| 2.2.1.5 对重测序数据进行变异检测 | 第23-24页 |
| 2.2.1.6 测序数据的基因挖掘和功能注释 | 第24-25页 |
| 2.2.2 对重测序得到的变异进行验证 | 第25-27页 |
| 2.2.2.1 所需引物的设计 | 第25-26页 |
| 2.2.2.2 验证所用的PCR反应体系 | 第26-27页 |
| 2.2.2.3 PCR产物的电泳检测 | 第27页 |
| 2.2.2.4 PCR产物的测序验证 | 第27页 |
| 2.2.3 黄瓜果形相关的QTLs的定位 | 第27-30页 |
| 2.2.3.1 材料的种植与群体的构建 | 第27-28页 |
| 2.2.3.2 群体各植株表型的统计 | 第28页 |
| 2.2.3.3 群体各植株基因型的统计 | 第28-29页 |
| 2.2.3.4 QTLs的定位 | 第29-30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-58页 |
| 3.1 两果形自交系的表型特征 | 第30页 |
| 3.2 对重测序数据进行分析及验证 | 第30-46页 |
| 3.2.1 测序过程的质控情况 | 第30-31页 |
| 3.2.2 与参考基因组的比对结果 | 第31-34页 |
| 3.2.3 变异位点的检测 | 第34-35页 |
| 3.2.4 CNS21和RNS7两样本间的变异数统计 | 第35页 |
| 3.2.5 对测序获得的多态性位点进行验证 | 第35-37页 |
| 3.2.6 检测到的变异在染色体上的分布特点 | 第37-41页 |
| 3.2.6.1 不同染色体上变异位点数目不同 | 第37-38页 |
| 3.2.6.2 不同染色体上变异的密度不同 | 第38-39页 |
| 3.2.6.3 各类型变异在条染色体上分布不均匀 | 第39-41页 |
| 3.2.7 检测到的SNP和InDel的特点 | 第41-43页 |
| 3.2.7.1 检测到的SNP的特点 | 第41-42页 |
| 3.2.7.2 检测到的InDel的特点 | 第42-43页 |
| 3.2.8 对变异位点进行功能注释 | 第43-46页 |
| 3.2.8.1 对SNP位点和InDels位点进行功能注释 | 第43-45页 |
| 3.2.8.2 IDPS在全基因组及CDS区的分布特点 | 第45-46页 |
| 3.2.8.3 对CNS21与RNS7间的SNP位点进行Pfam分析 | 第46页 |
| 3.2.8.4 对CNS21与RNS7间的差异基因进行GO分析 | 第46页 |
| 3.3 黄瓜果形相关的QTLs的定位分析 | 第46-58页 |
| 3.3.1 表型数据统计结果 | 第46-48页 |
| 3.3.2 遗传连锁图谱的构建 | 第48-49页 |
| 3.3.3 QTLs的定位结果 | 第49-53页 |
| 3.3.4 推测控制黄瓜果形的候选基因 | 第53-58页 |
| 4 讨论 | 第58-62页 |
| 4.1 SNPs和InDels的连锁性 | 第58页 |
| 4.2 黄瓜CDS区在进化过程中的保守性 | 第58-59页 |
| 4.3 控制黄瓜果形的候选基因 | 第59-62页 |
| 5 结论 | 第62-63页 |
| 6 参考文献 | 第63-73页 |
| 7 附录 | 第73-89页 |
| 8 致谢 | 第89-91页 |
