| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 绪论 | 第14-16页 |
| 第一部分 中华真地鳖肠道共生菌的多样性研究 | 第16-84页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-28页 |
| 1 人类肠道共生菌 | 第16-18页 |
| 2 昆虫肠道共生菌 | 第18-22页 |
| 2.1 昆虫肠道共生菌的分布和种类 | 第19-21页 |
| 2.2 昆虫肠道共生菌多样性研究 | 第21-22页 |
| 3 中华真地鳖及其肠道共生菌 | 第22页 |
| 4 肠道共生菌研究方法 | 第22-26页 |
| 4.1 肠道微生物研究技术进展 | 第22-23页 |
| 4.2 基于可培养的微生物分离纯化技术 | 第23-24页 |
| 4.3 DNA指纹图谱技术 | 第24-25页 |
| 4.4 微生物宏基因组学技术 | 第25-26页 |
| 5 本研究的意义与技术路线 | 第26-28页 |
| 第二章 中华真地鳖雌成虫肠道可培养好氧和兼性厌氧菌的分离、鉴定及系统发育分析 | 第28-54页 |
| 1 实验材料 | 第28-32页 |
| 1.1 土元的采集和饲养 | 第28-29页 |
| 1.2 培养基 | 第29-30页 |
| 1.3 供试菌株 | 第30页 |
| 1.4 主要使用试剂及配方 | 第30-31页 |
| 1.5 主要仪器设备 | 第31-32页 |
| 2 实验方法 | 第32-38页 |
| 2.1 样品制备与预处理 | 第32-33页 |
| 2.2 肠道共生菌的分离与纯化 | 第33-34页 |
| 2.3 菌株保存 | 第34页 |
| 2.4 16S rRNA基因PCR扩增与Eric-PCR扩增 | 第34-36页 |
| 2.4.1 DNA提取 | 第34页 |
| 2.4.2 16S rRNA基因扩增 | 第34-35页 |
| 2.4.3 Eric-PCR 扩增 | 第35-36页 |
| 2.5 16S rDNA限制性片段长度多态性与EriC-PCR图谱分析 | 第36-37页 |
| 2.6 肠道共生菌的分子鉴定及系统发育分析 | 第37-38页 |
| 2.7 16S rRNA基因序列登录号 | 第38页 |
| 3 结果与分析 | 第38-52页 |
| 3.1 土元雌成虫肠道好氧和兼性厌氧菌的分离 | 第38-41页 |
| 3.1.1 不同培养基和样品处理的分离效果 | 第38-39页 |
| 3.1.2 可培养菌株的菌落特征 | 第39-41页 |
| 3.2 16S RNA基因的ARDRA图谱和RFLP分析 | 第41-45页 |
| 3.2.1 ARDRA图谱 | 第41-42页 |
| 3.2.2 RFLP分析 | 第42-45页 |
| 3.3 Eric-PCR图谱分析 | 第45-47页 |
| 3.4 土元肠道可培养共生菌16S rRNA基因序列分析 | 第47-50页 |
| 3.5 土元肠道可培养共生菌的分子鉴定与系统发育分析 | 第50-52页 |
| 4 讨论与结论 | 第52-54页 |
| 第三章 基于高通量测序的中华真地鳖肠道共生菌的群落结构与多样性分析 | 第54-84页 |
| 1 实验材料 | 第54-55页 |
| 1.1 样品及编号 | 第54-55页 |
| 1.2 主要使用试剂及配方 | 第55页 |
| 1.3 主要仪器设备 | 第55页 |
| 2 实验方法 | 第55-63页 |
| 2.1 样品制备 | 第55-56页 |
| 2.2 细菌与古菌16S rRNA基因片段扩增 | 第56-59页 |
| 2.2.1 样品微生物总DNA的提取 | 第56页 |
| 2.2.2 16S rRNA基因片段PCR扩增引物 | 第56-57页 |
| 2.2.3 16S rRNA基因片段PCR扩增 | 第57-59页 |
| 2.3 16S rRNA基因片段PCR产物纯化与高通量测序样品编号 | 第59-60页 |
| 2.4 测序及数据分析 | 第60-63页 |
| 2.4.1 测序流程及数据统计 | 第60-61页 |
| 2.4.2 各样品微生物的丰度及多样性分析 | 第61-62页 |
| 2.4.3 微生物群落结构与多样性 | 第62-63页 |
| 2.4.4 测序数据分析流程 | 第63页 |
| 2.5 序列数据登录号 | 第63页 |
| 3 结果与分析 | 第63-81页 |
| 3.1 测序数据统计 | 第63-66页 |
| 3.2 各样品微生物的丰度及多样性分析 | 第66-77页 |
| 3.2.1 OTU划分及分类统计 | 第66页 |
| 3.2.2 稀疏曲线 | 第66-68页 |
| 3.2.3 物种丰度和多样性评估 | 第68-71页 |
| 3.2.4 各样品内菌群组成及丰度 | 第71-77页 |
| 3.3 各样品间微生物群落结构与多样性分析 | 第77-81页 |
| 3.3.1 基于物种的Heatmap聚类 | 第77-79页 |
| 3.3.2 样本间相似度比较 | 第79-81页 |
| 4 讨论与结论 | 第81-84页 |
| 第二部分 两种鱿鱼杀菌/通透性增加蛋白的鉴定及其在共生系统中的功能研究 | 第84-131页 |
| 第一章 文献综述 | 第84-95页 |
| 1 微生物与动物 | 第84-86页 |
| 2 夏威夷短尾鱿鱼及其共生弧菌 | 第86-89页 |
| 3 脂多糖结合蛋白与杀菌/通透性增加蛋白 | 第89页 |
| 4 鱿鱼脂多糖结合蛋白与杀菌/通透性增加蛋白(EsBPI2/4) | 第89-90页 |
| 5 蛋白质纯化、定位及其表达分析技术 | 第90-92页 |
| 5.1 免疫沉淀法 | 第90-91页 |
| 5.2 免疫细胞化学技术 | 第91页 |
| 5.3 实时定量逆转录PCR技术 | 第91-92页 |
| 6 细胞活性检测 | 第92页 |
| 7 本研究的意义与技术路线 | 第92-95页 |
| 第二章 EsBPI2/4的提取纯化与抗菌活性检测 | 第95-112页 |
| 1 实验材料 | 第95-97页 |
| 1.1 动物模型 | 第95页 |
| 1.2 供试菌株 | 第95页 |
| 1.3 主要使用试剂及配方 | 第95-97页 |
| 1.4 主要实验仪器设备 | 第97页 |
| 2 实验方法 | 第97-103页 |
| 2.1 EsBPI2/4序列分析、结构模型及系统发育分析 | 第97-99页 |
| 2.2 EsBPI2/4的制备 | 第99-100页 |
| 2.2.1 特异性抗体设计 | 第99-100页 |
| 2.2.2 总蛋白质的提取 | 第100页 |
| 2.2.3 EsBPI2/4蛋白的纯化 | 第100页 |
| 2.3 供试菌株的培养与预处理 | 第100-101页 |
| 2.4 EsBPI2/4抗菌活性检测 | 第101-102页 |
| 2.5 生物统计分析方法 | 第102页 |
| 2.6 基因序列登录号 | 第102-103页 |
| 3 结果与分析 | 第103-110页 |
| 3.1 EsBPI2/4序列特征与鉴定 | 第103-105页 |
| 3.2 EsBPI2/4对共生菌的抗菌活性 | 第105-108页 |
| 3.3 EsBPI2/4对其它环境微生物的抗菌活性 | 第108-110页 |
| 4 讨论与结论 | 第110-112页 |
| 第三章 EsBPI2/4的定位及其在共生关系中的作用 | 第112-131页 |
| 1 实验材料 | 第112-114页 |
| 1.1 动物模型 | 第112页 |
| 1.2 供试菌株 | 第112页 |
| 1.3 主要使用试剂及配方 | 第112-114页 |
| 1.4 主要实验仪器设备 | 第114页 |
| 2 实验方法 | 第114-119页 |
| 2.1 鱿鱼-弧菌模型建立与样品预处理 | 第114-115页 |
| 2.2 免疫细胞化学(ICC)分析 | 第115页 |
| 2.3 扫描电镜(SEM)分析 | 第115-116页 |
| 2.4 鱿鱼上皮表面死活细菌检测 | 第116页 |
| 2.5 RNA提取及cDNA制备 | 第116页 |
| 2.6 终点PCR及实时定量逆转录PCR | 第116-119页 |
| 2.7 生物统计分析 | 第119页 |
| 3 结果与分析 | 第119-129页 |
| 3.1 EsBPI2/4的定位 | 第119-121页 |
| 3.2 EsBPI2和EsBPI4的特征 | 第121-124页 |
| 3.3 接触海水的上皮组织表面细菌检测 | 第124-126页 |
| 3.4 EsBPI2/4基因的定位及共生关系对基因的调控 | 第126-129页 |
| 4 讨论与结论 | 第129-131页 |
| 结论与展望 | 第131-133页 |
| 创新点 | 第133-134页 |
| 参考文献 | 第134-152页 |
| 致谢 | 第152-154页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果及参与的项目 | 第154-156页 |
| 附录 | 第156-188页 |
| 附录1 缩写和全称 | 第156-158页 |
| 附录2 土元肠道共生菌16S rRNA基因序列GenBank登录号 | 第158-159页 |
| 附录3 高通量测序样品PCR扩增引物 | 第159-161页 |
| 附录4 高通量测序样品微生物多样性分析图 | 第161-180页 |
| 附录5 培养基及试剂配置方法 | 第180-182页 |
| 附录6 EsBPI2/4与EsLBP1和hBPI的序列比对 | 第182-183页 |
| 附录7 补充ICC定位图 | 第183-188页 |
