| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第15-33页 |
| 1.1 多药耐药性与多药转运蛋白 | 第15-20页 |
| 1.1.1 MATE转运蛋白 | 第15-16页 |
| 1.1.2 NorM_VC结构 | 第16-18页 |
| 1.1.3 NorM_VC的分子动力学研究 | 第18-20页 |
| 1.2 β-内酰胺酶 | 第20-26页 |
| 1.2.1 β-内酰胺酶 | 第20-21页 |
| 1.2.2 NDM-1及其结构 | 第21-25页 |
| 1.2.3 NDM-1抑制剂 | 第25-26页 |
| 1.3 MD模拟与aMD模拟 | 第26-29页 |
| 1.4 金属蛋白的分子动力学模拟 | 第29-33页 |
| 1.4.1 键合模型 | 第30-31页 |
| 1.4.2 非键合模型 | 第31-32页 |
| 1.4.3 阳离子虚拟原子模型 | 第32-33页 |
| 第二章 MATE转运蛋白转运机制研究 | 第33-64页 |
| 2.1 引言 | 第33-40页 |
| 2.1.1 底物结合MorM_NG结构 | 第33-35页 |
| 2.1.2 阳离子结合MorM_NG结构 | 第35-38页 |
| 2.1.3 RMSD分析与RMSF分析 | 第38-39页 |
| 2.1.4 DCCM分析 | 第39-40页 |
| 2.2 过程与方法 | 第40-43页 |
| 2.2.1 建模 | 第40-41页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第41-43页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第43-63页 |
| 2.3.1 离子结合通道上的关键残基和TMs重排 | 第43-53页 |
| 2.3.2 钠离子与NorM_NG的结合途径和结合机制 | 第53-55页 |
| 2.3.3 Loop3-4和Loop9-10在底物释放过程中的关键作用 | 第55-63页 |
| 2.4 结论 | 第63-64页 |
| 第三章 NDM-1的抑制剂筛选和分子动力学研究 | 第64-80页 |
| 3.1 引言 | 第64-68页 |
| 3.1.1 计算机辅助虚拟筛选 | 第64-65页 |
| 3.1.2 结合自由能与MM/PBSA | 第65-68页 |
| 3.2 过程与方法 | 第68-71页 |
| 3.2.1 分子对接 | 第68页 |
| 3.2.2 建模 | 第68-69页 |
| 3.2.3 分子动力学模拟 | 第69-71页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第71-79页 |
| 3.3.1 NDM-1的潜在抑制剂 | 第71-74页 |
| 3.3.2 金属蛋白MD模型对比研究 | 第74-79页 |
| 3.4 结论 | 第79-80页 |
| 第四章 总结与展望 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-92页 |
| 致谢 | 第92页 |