| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 英文缩略词 | 第8-12页 |
| 1 文献综述 | 第12-24页 |
| 1.1 鲍的简介 | 第12-13页 |
| 1.1.1 鲍的分布及养殖 | 第12页 |
| 1.1.2 鲍的病害研究概况 | 第12-13页 |
| 1.2 水产养殖中细菌的耐药性研究现状 | 第13-16页 |
| 1.2.1 水产养殖业中抗生素的使用及其风险 | 第13-14页 |
| 1.2.2 耐药性来源与耐药性研究概况 | 第14-16页 |
| 1.3 耐药性检测方法 | 第16-18页 |
| 1.3.1 常规的药物敏感试验 | 第16页 |
| 1.3.2 分子手段检测耐药性 | 第16-17页 |
| 1.3.3 转录组测序检测耐药性 | 第17-18页 |
| 1.4 抗菌药物的抗菌机制及耐药机制 | 第18-22页 |
| 1.4.1 抗菌药物的抗菌机制 | 第18-19页 |
| 1.4.2 细菌的耐药机制 | 第19-20页 |
| 1.4.3. 细菌对喹诺酮类药物的耐药机制 | 第20-22页 |
| 1.5 学位论文结构路线图 | 第22-23页 |
| 1.6 研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| 2 鲍消化道及养殖环境中异养菌耐药性的调查 | 第24-33页 |
| 2.1 实验材料 | 第24-25页 |
| 2.1.1 菌株来源 | 第24页 |
| 2.1.2 抗菌药物种类 | 第24页 |
| 2.1.3 所用培养基及试剂 | 第24-25页 |
| 2.1.4 主要仪器与设备 | 第25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-26页 |
| 2.2.1 采样方法 | 第25页 |
| 2.2.2 药敏试验纸片扩散法 | 第25-26页 |
| 2.2.3 统计方法 | 第26页 |
| 2.3 实验结果 | 第26-31页 |
| 2.3.1 不同养殖场鲍及养殖环境分离所得的菌株数 | 第26-27页 |
| 2.3.2 鲍消化道与养殖环境异养菌的耐药性分析 | 第27-31页 |
| 2.3.2.1 鲍消化道与养殖环境异养菌对不同抗菌药物耐药率的差异 | 第27-29页 |
| 2.3.2.2 鲍消化道及养殖环境异养菌的多重耐药性差异 | 第29-31页 |
| 2.4 讨论 | 第31-33页 |
| 2.4.1 鲍消化道及养殖环境中异养菌对不同抗菌药物的耐药性分析 | 第31页 |
| 2.4.2 鲍消化道及养殖环境异养菌的多重耐药性及MARI分析 | 第31-33页 |
| 3 哈维弧菌耐药株的诱导 | 第33-40页 |
| 3.1 实验材料 | 第33-34页 |
| 3.1.1 菌株来源 | 第33页 |
| 3.1.2 抗菌药物种类 | 第33页 |
| 3.1.3 所用培养基及试剂 | 第33页 |
| 3.1.4 所需引物 | 第33-34页 |
| 3.1.5 主要仪器与设备 | 第34页 |
| 3.2 实验方法 | 第34-36页 |
| 3.2.1 细菌DNA的提取 | 第34-35页 |
| 3.2.2 菌株PCR鉴定 | 第35页 |
| 3.2.3 K-B法 | 第35页 |
| 3.2.4 最低抑菌浓度的测定 | 第35-36页 |
| 3.2.5 耐药株的诱导 | 第36页 |
| 3.3 实验结果 | 第36-38页 |
| 3.3.1 菌株的鉴定 | 第36-37页 |
| 3.3.2 敏感株与诱导耐药株的药敏结果 | 第37-38页 |
| 3.4 讨论 | 第38-40页 |
| 4 哈维弧菌的耐药机制研究 | 第40-58页 |
| 4.1 实验材料 | 第40页 |
| 4.1.1 实验菌株 | 第40页 |
| 4.1.2 所用试剂与仪器 | 第40页 |
| 4.2 实验方法 | 第40-47页 |
| 4.2.1 转录组数据的评估与处理 | 第40-42页 |
| 4.2.1.1 转录组的实验流程与分析流程 | 第40-42页 |
| 4.2.1.2 RNA-seq测序质量评估 | 第42页 |
| 4.2.1.3 与参考基因组比对 | 第42页 |
| 4.2.1.4 基因统计 | 第42页 |
| 4.2.2 转录组数据的分析 | 第42-44页 |
| 4.2.2.1 差异基因分析 | 第42-43页 |
| 4.2.2.2 Gene Ontology功能注释分析 | 第43-44页 |
| 4.2.3 转录组中耐药基因的qRT-PCR | 第44-47页 |
| 4.2.3.1 提取RNA | 第44页 |
| 4.2.3.2 cDNA的合成 | 第44-45页 |
| 4.2.3.3 qRT-PCR引物的设计与合成 | 第45-46页 |
| 4.2.3.4 qRT-PCR的实验操作 | 第46-47页 |
| 4.3 实验结果 | 第47-55页 |
| 4.3.1 测序评估 | 第47-48页 |
| 4.3.1.1 测序reads质量评估 | 第47页 |
| 4.3.1.2 测序饱和度分析 | 第47-48页 |
| 4.3.1.3 比对参考基因组 | 第48页 |
| 4.3.2 基因统计 | 第48-49页 |
| 4.3.2.1 基因覆盖度 | 第48-49页 |
| 4.3.3 差异分析 | 第49-53页 |
| 4.3.3.1 诱导前后差异基因分析 | 第49-50页 |
| 4.3.3.2 差异基因GO功能注释分析 | 第50-51页 |
| 4.3.3.3 筛选与喹诺酮耐药机制相关的差异基因 | 第51-53页 |
| 4.3.4 qRT-PCR的验证 | 第53-55页 |
| 4.4 讨论 | 第55-58页 |
| 4.4.1 靶酶基因突变与哈维弧菌耐药性的关系 | 第55-56页 |
| 4.4.2 主动外排泵系统与哈维弧菌耐药性的关系 | 第56页 |
| 4.4.3 SOS反应与哈维弧菌耐药性的关系 | 第56-57页 |
| 4.4.4 细菌群体效应与哈维弧菌耐药性的关系 | 第57-58页 |
| 5 全文总结 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 作者简介 | 第74-75页 |
| 导师简介 | 第75页 |
