香蕉幼果SSH文库构建及ESTs生物信息学分析
| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 1. 前言 | 第10-19页 |
| 1.1 果实发育研究 | 第10-11页 |
| 1.1.1 果实发育途径 | 第10-11页 |
| 1.1.2 果实发育相关基因 | 第11页 |
| 1.2 基因差异表达方法的研究 | 第11-12页 |
| 1.3 抑制差减杂交技术及进展 | 第12-14页 |
| 1.4 电子定位 | 第14-15页 |
| 1.5 生物信息学 | 第15-17页 |
| 1.5.1 生物数据库 | 第15-16页 |
| 1.5.2 生物信息学分析软件 | 第16-17页 |
| 1.6 研究意义及技术路线 | 第17-19页 |
| 1.6.1 研究目标 | 第17页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第17-18页 |
| 1.6.3 拟采取的技术路线 | 第18-19页 |
| 2. 材料与方法 | 第19-32页 |
| 2.1 材料 | 第19-21页 |
| 2.2 实验方法 | 第21-32页 |
| 2.2.1 RNA提取 | 第21-23页 |
| 2.2.2 cDNA合成 | 第23-25页 |
| 2.2.3 Rsa Ⅰ切酶消化 | 第25页 |
| 2.2.4 连接接头 | 第25-26页 |
| 2.2.5 检测连接效率 | 第26-27页 |
| 2.2.6 两次杂交 | 第27页 |
| 2.2.7 两次PCR | 第27-29页 |
| 2.2.8 差减杂交产物回收 | 第29页 |
| 2.2.9 连接转化 | 第29-30页 |
| 2.2.10 差异筛选差减文库 | 第30-31页 |
| 2.2.11 DNA测序 | 第31页 |
| 2.2.12 重组子保存 | 第31页 |
| 2.2.13 有效EST的获得 | 第31页 |
| 2.2.14 EST序列的比对分析及功能注释 | 第31页 |
| 2.2.15 文库序列的组装及拼接 | 第31页 |
| 2.2.16 功能分类及代谢路径分析 | 第31-32页 |
| 2.2.17 EST电子定位 | 第32页 |
| 3. 结果与分析 | 第32-49页 |
| 3.1 总RNA的提取 | 第32-33页 |
| 3.2 SSH文库的构建 | 第33-36页 |
| 3.2.1 最佳循环数的确定 | 第33页 |
| 3.2.2 双链cDNA的合成 | 第33-34页 |
| 3.2.3 双链cDNA纯化及酶切消化 | 第34-35页 |
| 3.2.4 抑制差减杂交两次PCR产物分析 | 第35页 |
| 3.2.5 差减cDNA文库的扩增及初步鉴定 | 第35-36页 |
| 3.3 序列分析 | 第36页 |
| 3.4 序列比对 | 第36-40页 |
| 3.4.1 GenBank EST数据库比对 | 第36页 |
| 3.4.2 GenBank核酸数据库比对 | 第36-38页 |
| 3.4.3 BLASTx比对 | 第38-40页 |
| 3.5 重叠群分析 | 第40-41页 |
| 3.6 功能分析 | 第41-44页 |
| 3.7 KEGG途径分析 | 第44-48页 |
| 3.8 EST电子定位 | 第48-49页 |
| 4. 讨论 | 第49-62页 |
| 4.1 植物材料选取 | 第49-50页 |
| 4.2 幼果文库的构建 | 第50页 |
| 4.3 功能分析 | 第50-51页 |
| 4.4 幼果的EST电子定位分析 | 第51页 |
| 4.5 果实发育进程相关基因的功能注释 | 第51-53页 |
| 4.5.1 尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶 | 第52页 |
| 4.5.2 Cullin | 第52页 |
| 4.5.3 蛋白激酶 | 第52-53页 |
| 4.5.4 非顶端分生组织类型蛋白 | 第53页 |
| 4.5.5 受体类型蛋白激酶 | 第53页 |
| 4.5.6 ATP依赖的锌金属蛋白酶 | 第53页 |
| 4.6 碳源代谢 | 第53-60页 |
| 4.6.1 淀粉和蔗糖代谢 | 第54-56页 |
| 4.6.2 糖酵解与糖原异生 | 第56-58页 |
| 4.6.3 柠檬酸循环 | 第58页 |
| 4.6.4 氧化磷酸化 | 第58-60页 |
| 4.7 氮代谢与幼果关系 | 第60-62页 |
| 4.7.1 氮代谢 | 第60-62页 |
| 4.7.2 氨基酸代谢 | 第62页 |
| 5. 结论 | 第62-63页 |
| 6. 本文创新点 | 第63页 |
| 7. 进一步的研究 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-74页 |
| 附录 | 第74-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 硕士期间发表论文 | 第97页 |
