| 摘要 | 第10-14页 |
| Abstract | 第14-17页 |
| 缩略词表 | 第18-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-31页 |
| 1 奶牛主要炎症疾病 | 第20-22页 |
| 1.1 乳房炎 | 第20-21页 |
| 1.2 子宫炎症疾病（子宫炎、子宫内膜炎） | 第21-22页 |
| 2 影响奶牛健康的因素 | 第22-23页 |
| 2.1 环境因素 | 第22页 |
| 2.2 营养水平 | 第22页 |
| 2.3 遗传因素 | 第22-23页 |
| 3 高产奶牛更易感染病原微生物 | 第23-24页 |
| 4 天然免疫在奶牛抗病中的作用 | 第24-27页 |
| 4.1 奶牛乳房天然免疫系统构成 | 第24-25页 |
| 4.2 奶牛乳房天然免疫应答分子机制（基于基因差异表达研究） | 第25-26页 |
| 4.2.1 乳房组织为研究对象 | 第25-26页 |
| 4.2.2 以细胞为研究对象 | 第26页 |
| 4.3 奶牛子宫内天然免疫系统构成 | 第26页 |
| 4.4 天然免疫与奶牛繁殖 | 第26-27页 |
| 5 奶牛抗病育种研究进展 | 第27-30页 |
| 5.1 奶牛乳房炎天然免疫候选基因研究进展 | 第27-29页 |
| 5.1.1 模式识别受体基因 | 第27-28页 |
| 5.1.2 趋化因子及其受体基因 | 第28页 |
| 5.1.3 细胞因子及其受体基因 | 第28页 |
| 5.1.4 抗菌肽基因 | 第28-29页 |
| 5.2 全基因组关联分析方法筛选与奶牛乳房炎相关标记研究进展 | 第29-30页 |
| 6 研究目的和意义 | 第30-31页 |
| 第二章 奶牛乳房炎相关天然免疫基因筛选 | 第31-70页 |
| 1 引言 | 第31-32页 |
| 2 数据分析方法 | 第32-35页 |
| 2.1 奶牛乳房感染差异表达基因（DE GENES） | 第32-33页 |
| 2.2 基于奶牛GWAS研究的候选基因（GWAS GENES） | 第33-34页 |
| 2.3 DE GENES和GWAS GENES数据集共有基因分析 | 第34页 |
| 2.4 奶牛乳房炎相关天然免疫基因确定的标准 | 第34-35页 |
| 3 结果与分析 | 第35-66页 |
| 3.1 E. coli和S. uberis感染奶牛乳房引起的变化趋势一致的基因分析 | 第35-44页 |
| 3.1.1 E. coli和S. uberis感染引起奶牛乳房的生理变化 | 第36-40页 |
| 3.1.2 E. coli和S. uberis感染奶牛乳房显著相关的基因通路 | 第40-43页 |
| 3.1.3 E. coli和S. uberis感染奶牛乳房显著相关的基因网络 | 第43-44页 |
| 3.2 不同奶牛群体GWAS研究综合分析 | 第44-56页 |
| 3.2.1 GWAS来源的1635个基因功能分析 | 第44-46页 |
| 3.2.2 GWAS来源的1635个基因参与信号通路分析 | 第46-48页 |
| 3.2.3 GWAS来源的1635个基因网络互作分析 | 第48-49页 |
| 3.2.4 候选基因PPP3CA, NFATC2, PRKAA1, CSTF1, HSF1, CYP4F2, XCL1基因功能 | 第49-55页 |
| 3.2.5 影响奶牛乳房健康的遗传机制分析 | 第55-56页 |
| 3.3 DE GENES和GWAS GENES数据集中48个共同基因分析 | 第56-63页 |
| 3.3.1 48 个基因参与生理功能分析 | 第59-60页 |
| 3.3.2 48 个基因参与调控的信号通路分析 | 第60-61页 |
| 3.3.3 48 个基因网络互作分析 | 第61-63页 |
| 3.4 奶牛乳房炎相关天然免疫基因的确定 | 第63-66页 |
| 4 讨论 | 第66-69页 |
| 4.1 基于DEG和GWAS联合方法寻找抗病候选基因的可靠性 | 第66-67页 |
| 4.2 奶牛乳房应对病原细菌感染的重要天然免疫应答机制 | 第67-69页 |
| 5 本章小结 | 第69-70页 |
| 第三章 牛选择素介导的白细胞粘附及白细胞自发凋亡抑制研究 | 第70-94页 |
| 1 引言 | 第70-71页 |
| 2 实验材料和方法 | 第71-83页 |
| 2.1 实验材料 | 第71-74页 |
| 2.2 实验方法 | 第74-83页 |
| 2.2.1 牛外周血白细胞（PBL）分离 | 第74页 |
| 2.2.2 牛大动脉血管内皮细胞（BoAEC）复苏与培养 | 第74-75页 |
| 2.2.3 LPS处理BoAEC对PBL粘附检测 | 第75-76页 |
| 2.2.4 Western blotting（WB）检测SELP在Bo AEC中的表达 | 第76-77页 |
| 2.2.5 SELP抗体封闭的BoAEC与PBL粘附实验 | 第77-78页 |
| 2.2.6 SELL抗体处理的PBL与BoAEC粘附实验 | 第78页 |
| 2.2.7 牛外周血白细胞凋亡检测 | 第78-79页 |
| 2.2.8 荧光定量PCR（QPCR）检测基因mRNA表达 | 第79-83页 |
| 3 结果与分析 | 第83-92页 |
| 3.1 BoAEC与牛PBL细胞之间粘附在LPS刺激时增强 | 第83-84页 |
| 3.2 SELP抗体封闭抑制LPS刺激引起的BoAEC与PBL粘附增强 | 第84-85页 |
| 3.3 BoAEC中粘附基因（SELP, SELE, ICAM1和VCAM1）mRNA在LPS刺激时的表达特点 | 第85-86页 |
| 3.4 SELL与抗体作用增强了牛PBL与BoAEC之间粘附 | 第86-87页 |
| 3.5 牛PBL中粘附基因（SELL, CXCR2, PSGL-1, CD18）mRNA在LPS刺激时的表达特点 | 第87-88页 |
| 3.6 牛PBL在LPS刺激时细胞凋亡发生变化 | 第88-89页 |
| 3.7 牛PBL凋亡相关基因（BCL6, MCL1, MYC, CFLAR, BCL2A1, BCL2, SGK1, P53）在LPS刺激时的表达特点 | 第89-92页 |
| 4 讨论 | 第92-93页 |
| 5 本章小结 | 第93-94页 |
| 第四章 SELP, SELL , SELE, RelA, TREM1基因变异与奶牛疾病、繁殖和生产性能的遗传研究 | 第94-139页 |
| 1 引言 | 第94-95页 |
| 2 实验材料与方法 | 第95-102页 |
| 2.1 DNA样本采集 | 第95-96页 |
| 2.2 SNP鉴定 | 第96-97页 |
| 2.3 PCR-RFLP基因分型 | 第97-98页 |
| 2.4 性状指标 | 第98-99页 |
| 2.4.1 疾病性状及诊断方法 | 第98页 |
| 2.4.2 繁殖性状 | 第98-99页 |
| 2.4.3 奶牛产奶量和奶品质性状 | 第99页 |
| 2.4.4 生产寿命 | 第99页 |
| 2.5 统计方法 | 第99-102页 |
| 2.6 SELP蛋白生物信息学分析方法 | 第102页 |
| 3 结果与分析 | 第102-135页 |
| 3.1 候选基因外显子及侧翼区域SNP鉴定 | 第102-105页 |
| 3.2 候选基因SNP位点PCR-RFLP分型 | 第105-107页 |
| 3.3 候选基因频率及基因型频率 | 第107-110页 |
| 3.4 Selectin家族基因SNP连锁不平衡及单倍型分析 | 第110-111页 |
| 3.5 候选基因各基因型奶牛感染疾病风险分析 | 第111-114页 |
| 3.6 候选基因各基因型与奶牛繁殖性能关联分析 | 第114-123页 |
| 3.6.1 不同基因型奶牛初配年龄及各胎次配种间隔 | 第114-116页 |
| 3.6.2 不同基因型奶牛初怀年龄及各胎次空怀时间 | 第116-118页 |
| 3.6.3 不同基因型奶牛各胎次产犊年龄 | 第118-120页 |
| 3.6.4 不同基因型奶牛各胎次配种次数 | 第120-121页 |
| 3.6.5 不同基因型奶牛各胎次产犊间隔 | 第121-123页 |
| 3.7 候选基因各基因型与产奶性状关联分析 | 第123-129页 |
| 3.7.1 不同基因型奶牛各胎次泌乳天数 | 第123-125页 |
| 3.7.2 不同基因型奶牛305天奶量 | 第125-127页 |
| 3.7.3 不同基因型奶牛乳脂率和乳蛋白率 | 第127-129页 |
| 3.8 不同基因型奶牛生产寿命 | 第129-133页 |
| 3.9 选择素家族基因单倍型组合与奶牛配种次数关联分析 | 第133页 |
| 3.10 牛SELP结构生物信息学分析 | 第133-135页 |
| 4 讨论 | 第135-138页 |
| 4.1 选择素家族基因多态性显著影响奶牛抗病力、繁殖性能和生产寿命 | 第135-136页 |
| 4.2 RelA基因多态性与奶牛产奶性能显著相关 | 第136-137页 |
| 4.3 TREM1基因多态性影响奶牛生产寿命 | 第137-138页 |
| 5 本章小结 | 第138-139页 |
| 本研究结论与创新点 | 第139-141页 |
| 参考文献 | 第141-156页 |
| 附录 | 第156-175页 |
| 本人在攻读博士期间的科研成果 | 第175-177页 |
| 致谢 | 第177-178页 |
