| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| List of Abbreviations | 第12-14页 |
| 1 Introduction | 第14-26页 |
| 1.1 The Organism and its importance | 第14-15页 |
| 1.2 S. aureus virulence factors and their regulation | 第15-18页 |
| 1.3 Antibiotic resistance and its mechanisms | 第18-23页 |
| 1.3.1 Beta-lactam resistance | 第18-20页 |
| 1.3.2 Macrolides, linsocamide streptogramin B resistance | 第20-21页 |
| 1.3.3 Fluoroquinolone resistance | 第21页 |
| 1.3.4 Tetracycline resistance | 第21-22页 |
| 1.3.5 Multidrug resistance mechanisms | 第22-23页 |
| 1.4 Mobile genetic elements of S. aureus | 第23页 |
| 1.5 RNA-seq based transcriptome sequencing | 第23-24页 |
| 1.6 Aims and objectives of the study | 第24-26页 |
| 2 Antimicrobial Susceptibility testing and virulence assays of S. aureus strains | 第26-39页 |
| 2.1 Introduction | 第26-27页 |
| 2.2 Materials and Methods | 第27-31页 |
| 2.2.1 Bacterial Strains | 第27-28页 |
| 2.2.2 Antimicrobial Susceptibility Test | 第28页 |
| 2.2.3 Motility Test of Selected Strains | 第28页 |
| 2.2.4 Biofilm Assay | 第28-29页 |
| 2.2.5 Adhesion, Invasion and Intracellular Survivability Assays | 第29-30页 |
| 2.2.6 Murine model of S. aureus sepsis | 第30-31页 |
| 2.2.7 Statistical Analysis | 第31页 |
| 2.3 Results | 第31-36页 |
| 2.3.1 Species Confirmation and Antimicrobial Susceptibility Test | 第31-32页 |
| 2.3.2 Motility Test of Selected Strains | 第32页 |
| 2.3.3 Biofilm Formation | 第32-33页 |
| 2.3.4 Adhesion, Invasion and Intracellular Survivability Assay | 第33-36页 |
| 2.3.5 Murine model of S. aureus sepsis | 第36页 |
| 2.4 Discussion | 第36-39页 |
| 3 RNA-seq based ccomparative transcriptome analysis of Staphylococcus aureus strainsisolated from animals | 第39-77页 |
| 3.1 Introduction | 第39-40页 |
| 3.2 Materials and methods | 第40-52页 |
| 3.2.1 In vitro growth determination | 第40页 |
| 3.2.2 RNA-seq Based Transcriptome analysis | 第40-50页 |
| 3.2.3 Validation by RT-qPCR | 第50-52页 |
| 3.3 Results | 第52-68页 |
| 3.3.1 In vitro growth determination | 第52页 |
| 3.3.2 RNA-seq Based Transcriptome analysis | 第52-67页 |
| 3.3.3 Verification by RT-qPCR | 第67-68页 |
| 3.4 Discussion | 第68-77页 |
| 3.4.1 Virulence Determinants and Their Regulatory Mechanism | 第68-72页 |
| 3.4.2 Biofilm Formation | 第72-73页 |
| 3.4.3 Resistance Mechanism | 第73-75页 |
| 3.4.4 Stress Management | 第75-76页 |
| 3.4.5 Conclusion | 第76-77页 |
| 4 RNA-seq based transcriptome analysis of a cefquinome treated highly resistant and virulent MRSA strain | 第77-114页 |
| 4.1 Introduction | 第77-79页 |
| 4.2 Materials and methods | 第79-92页 |
| 4.2.1 MIC determination for cefquinome and growth curves | 第79页 |
| 4.2.2 Treatment with Cefquinome | 第79-80页 |
| 4.2.3 Transcriptome analysis | 第80-90页 |
| 4.2.4 Verification by RT-qPCR | 第90-92页 |
| 4.3 Results | 第92-106页 |
| 4.3.1 MIC determination for cefquinome and growth curves | 第92-93页 |
| 4.3.2 Transcriptome analysis of cefquinome treated MRSA1679a | 第93-104页 |
| 4.3.3 Verification by RT-qPCR | 第104-106页 |
| 4.4 Discussion | 第106-114页 |
| 5 Summary | 第114-116页 |
| 6 References | 第116-148页 |
| 7 Acknowledgement | 第148-149页 |
| 8 CURRICULUM VITAE | 第149-152页 |
| 9 Appendix | 第152-206页 |
| 9.1 Supplementary Data | 第152-206页 |
| 9.1.1 Supplementary Methods | 第152-153页 |
| 9.1.2 Supplementary materials | 第153-154页 |
| 9.1.3 Supplementary Tables | 第154-202页 |
| 9.1.4 Supplementary Figures | 第202-206页 |
