| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-31页 |
| 1.1 十足目胚胎发育的研究进展 | 第11-20页 |
| 1.1.1 十足目胚胎发育模式的特点 | 第11-12页 |
| 1.1.2 十足目胚胎发育生物学的研究进展 | 第12-20页 |
| 1.2 中华绒螯蟹胚胎发育生物学特点 | 第20-21页 |
| 1.3 组学技术及其在十足目甲壳动物胚胎发育研究中的应用前景 | 第21-29页 |
| 1.3.1 组学技术和生物信息学的快速发展 | 第21-28页 |
| 1.3.2 十足目甲壳动物组学研究进展 | 第28-29页 |
| 1.4 本研究的目的、意义和主要研究内容 | 第29-31页 |
| 1.4.1 本研究的目的和意义 | 第29-30页 |
| 1.4.2 主要研究内容与技术路线 | 第30-31页 |
| 第二章 中华绒螯蟹胚胎发育转录组的建库测序与序列信息 | 第31-41页 |
| 2.1 引言 | 第31-32页 |
| 2.2 实验材料和方法 | 第32-36页 |
| 2.2.1 中华绒螯蟹亲本交配和胚胎样本的收集 | 第32页 |
| 2.2.2 RNA的提取和质检 | 第32-33页 |
| 2.2.3 cDNA文库的构建 | 第33-35页 |
| 2.2.4 cDNA文库的测序 | 第35页 |
| 2.2.5 测序数据的质检 | 第35页 |
| 2.2.6 参考数据来源 | 第35-36页 |
| 2.2.7 序列比对 | 第36页 |
| 2.3 实验结果与讨论 | 第36-41页 |
| 2.3.1 中华绒螯蟹胚胎样本的RNA提取与质量检测 | 第36-37页 |
| 2.3.2 中华绒螯蟹胚胎转录组测序数据的质量检测 | 第37-38页 |
| 2.3.3 中华绒螯蟹胚胎发育转录组测序数据与公开的基因数据集的比较 | 第38-41页 |
| 第三章 中华绒螯蟹胚胎转录组组装，注释与表达特征分析 | 第41-69页 |
| 3.1 引言 | 第41-42页 |
| 3.2 材料和方法 | 第42-45页 |
| 3.2.1 测序数据的质控和de novo组装 | 第42页 |
| 3.2.2 组装转录本的功能和通路注释 | 第42-43页 |
| 3.2.3 不同胚胎发育阶段转录组组表达量的评估和相关性分析 | 第43页 |
| 3.2.4 差异基因 (CEG) 的鉴定 | 第43页 |
| 3.2.5 基因表达模式分析 | 第43-44页 |
| 3.2.6 GO和KEGG富集分析 | 第44页 |
| 3.2.7 数据的有效性和登记号 | 第44-45页 |
| 3.2.8 荧光定量PCR验证 | 第45页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第45-69页 |
| 3.3.1 测序结果与组装 | 第45-50页 |
| 3.3.2 转录本的注释与蛋白预测 | 第50-51页 |
| 3.3.3 转录本的功能注释 | 第51-54页 |
| 3.3.4 胚胎发育阶段基因表达的分析 | 第54-57页 |
| 3.3.5 胚胎发育阶段持续表达基因(CEGs)的鉴定 | 第57-59页 |
| 3.3.6 差异基因(DEGs)的鉴定和其表达模式的分析 | 第59-64页 |
| 3.3.7 差异基因(DEGs) GO功能和KEGG通路的富集分析 | 第64-67页 |
| 3.3.8 荧光定量实验结果 | 第67-69页 |
| 第四章 中华绒螯蟹胚胎时期发育相关的分子机制研究 | 第69-84页 |
| 4.1 引言 | 第69-70页 |
| 4.2 材料与方法 | 第70-72页 |
| 4.2.1 数据来源 | 第70页 |
| 4.2.2 数据分析 | 第70页 |
| 4.2.3 实验验证 | 第70-72页 |
| 4.3 结果与分析 | 第72-84页 |
| 4.3.1 河蟹胚胎发育期间基因的鉴定和分类 | 第72-76页 |
| 4.3.2 河蟹胚胎时期发育与代谢相关基因和通路的表达特征 | 第76-82页 |
| 4.3.3 河蟹胚胎时期部分功能基因的荧光定量结果 | 第82-84页 |
| 结论 | 第84-85页 |
| 参考文献 | 第85-95页 |
| 硕士期间发表和完成的文章 | 第95-96页 |
| 附录 | 第96-111页 |
| 参考文献 | 第107-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
