| 摘要 | 第3-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第1章 引言 | 第15-26页 |
| 1.1 粪便污染的影响 | 第15-16页 |
| 1.1.1 水体粪便污染的危害 | 第15页 |
| 1.1.2 猪粪便污染问题分析 | 第15-16页 |
| 1.2 微生物示踪技术(MST)及研究进展 | 第16-23页 |
| 1.2.1 源指示物 | 第16-17页 |
| 1.2.1.1 细菌类 | 第17页 |
| 1.2.1.2 病毒类 | 第17页 |
| 1.2.1.3 生化物质 | 第17页 |
| 1.2.2 源指示物的检测方法 | 第17-18页 |
| 1.2.2.1 微生物法 | 第17-18页 |
| 1.2.2.2 基因型法 | 第18页 |
| 1.2.2.3 表现型法 | 第18页 |
| 1.2.2.4 化学示踪法 | 第18页 |
| 1.2.3 源解析方法 | 第18-22页 |
| 1.2.3.1 依赖数据库型(LDMs) | 第19页 |
| 1.2.3.2 非依赖数据库型(LIMs) | 第19-22页 |
| 1.2.4 MST国内外研究现状 | 第22-23页 |
| 1.3 课题研究的目的和意义 | 第23-26页 |
| 第2章 基于竞争性杂交方法猪-肠道微生物互作靶点发掘 | 第26-41页 |
| 2.1 前言 | 第26页 |
| 2.2 实验材料与仪器 | 第26-28页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第26-27页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第27页 |
| 2.2.3 主要仪器 | 第27-28页 |
| 2.3 实验方法 | 第28-35页 |
| 2.3.1 粪便DNA的提取 | 第28-29页 |
| 2.3.2 猪粪便特异性基因组富集(GFE) | 第29-31页 |
| 2.3.2.1 富集组粪便DNA的准备 | 第29-30页 |
| 2.3.2.2 对照组粪便DNA的准备 | 第30页 |
| 2.3.2.3 DNA竞争性杂交及特异性基因富集 | 第30-31页 |
| 2.3.3 非冗余序列分析 | 第31-33页 |
| 2.3.3.1 PCR产物纯化 | 第31-32页 |
| 2.3.3.2 重组克隆体系的构建 | 第32-33页 |
| 2.3.3.3 序列测序及分析 | 第33页 |
| 2.3.4 斑点杂交 | 第33-35页 |
| 2.3.4.1 点样 | 第33-34页 |
| 2.3.4.2 探针的制备 | 第34页 |
| 2.3.4.3 杂交 | 第34页 |
| 2.3.4.4 洗膜 | 第34页 |
| 2.3.4.5 封闭 | 第34-35页 |
| 2.3.5 构建宏基因组文库 | 第35页 |
| 2.3.6 文库DNA序列对比分析 | 第35页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第35-39页 |
| 2.4.1 非冗余序列及其假阳性分析 | 第35-36页 |
| 2.4.2 猪粪便特异性基因文库菌群多样性分析 | 第36-38页 |
| 2.4.3 猪粪便特异性基因文库功能预测分析 | 第38-39页 |
| 2.5 本章小结 | 第39-41页 |
| 第3章 猪粪便污染特异性分子标记筛选及其荧光定量PCR方法的建立 | 第41-56页 |
| 3.1 前言 | 第41-42页 |
| 3.2 实验材料与仪器 | 第42-43页 |
| 3.2.0 样品采集 | 第42页 |
| 3.2.1 主要试剂 | 第42页 |
| 3.2.2 主要仪器 | 第42-43页 |
| 3.3 实验方法 | 第43-45页 |
| 3.3.1 引物设计及PCR验证 | 第43页 |
| 3.3.2 特异性PCR实验条件的优化 | 第43-44页 |
| 3.3.2.1 重组质粒活化 | 第43页 |
| 3.3.2.2 质粒DNA的提取 | 第43-44页 |
| 3.3.2.3 qPCR反应条件优化 | 第44页 |
| 3.3.3 荧光定量PCR标准曲线分析及敏感性试验 | 第44-45页 |
| 3.3.4 荧光定量PCR稳定性及重复性试验 | 第45页 |
| 3.3.5 PCR抑制物的估计 | 第45页 |
| 3.3.6 临床样品中特异性及灵敏性试验 | 第45页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第45-54页 |
| 3.4.1 宿主粪便特异性分子标记的筛选 | 第45-49页 |
| 3.4.2 荧光定量PCR反应条件优化 | 第49页 |
| 3.4.3 荧光定量PCR检测方法灵敏性分析 | 第49-50页 |
| 3.4.4 荧光定量PCR检测体系的稳定性及重复性 | 第50-51页 |
| 3.4.5 PCR抑制物的估计分析 | 第51-52页 |
| 3.4.6 临床样品中特异性及灵敏性定性评价试验 | 第52-53页 |
| 3.4.7 临床样品中特异性及灵敏性定量评价试验 | 第53-54页 |
| 3.5 本章小结 | 第54-56页 |
| 第4章 浙江省地表水中猪粪便特异性分子标记分布及其与粪便污染指示菌和肠道致病菌之间的相关性分析 | 第56-73页 |
| 4.1 前言 | 第56页 |
| 4.2 实验材料与仪器 | 第56-57页 |
| 4.2.1 样品采集 | 第56-57页 |
| 4.2.2 主要试剂 | 第57页 |
| 4.2.3 主要仪器 | 第57页 |
| 4.3 实验方法 | 第57-63页 |
| 4.3.1 引物,探针及荧光定量PCR实验的阳性控制准备 | 第57-60页 |
| 4.3.1.1 致病菌荧光定量PCR实验的阳性控制准备 | 第58-60页 |
| 4.3.2 粪便指示菌(FIB)的计数 | 第60-61页 |
| 4.3.3 水样的处理及DNA的提取 | 第61页 |
| 4.3.4 水样DNA中抑制物的估计 | 第61页 |
| 4.3.5 荧光定量PCR实验 | 第61-62页 |
| 4.3.6 标准曲线的制作及检出限的确定(LOD) | 第62页 |
| 4.3.7 质量控制 | 第62页 |
| 4.3.8 数据分析 | 第62-63页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第63-72页 |
| 4.4.1 水样DNA中PCR抑制物的估计 | 第63-64页 |
| 4.4.2 标准曲线的制作及检出限分析 | 第64-65页 |
| 4.4.3 水样中粪便指示菌（FIB），猪粪便特异性分子标记及致病菌的分布情况 | 第65-69页 |
| 4.4.4 应用贝叶斯理论估计准确识别水样受猪粪便污染的条件可能性 | 第69页 |
| 4.4.5 水样中传统粪便指示菌(FIB)浓度与猪粪便特异性分子标记及肠道致病菌分布之间的相关性分析 | 第69-72页 |
| 4.5 本章小结 | 第72-73页 |
| 第5章 总结、创新与展望 | 第73-76页 |
| 5.1 总结 | 第73-74页 |
| 5.2 创新 | 第74页 |
| 5.3 展望 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-83页 |
| 附录1 | 第83-93页 |
| 硕士期间完成的论文 | 第93-94页 |
| 致谢 | 第94-95页 |
