氧化葡萄糖酸杆菌全细胞催化木糖酸关键性抑制物的分子响应机制
| 致谢 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 1 前言 | 第10-12页 |
| ·研究背景 | 第10页 |
| ·立题依据 | 第10-12页 |
| 2 文献综述 | 第12-21页 |
| ·木糖酸 | 第12-14页 |
| ·木糖酸 | 第12页 |
| ·木糖酸的功能与用途 | 第12-13页 |
| ·木糖酸的合成 | 第13-14页 |
| ·氧化葡萄糖酸杆菌 | 第14-17页 |
| ·微生物学基础 | 第14页 |
| ·基因组研究 | 第14-15页 |
| ·脱氢酶系统 | 第15-17页 |
| ·木质纤维素生物转化抑制物 | 第17-18页 |
| ·抑制物及形成 | 第17-18页 |
| ·发酵抑制机制 | 第18页 |
| ·转录谱与分子机制研究 | 第18-21页 |
| ·转录组与转录组学概述及研究意义 | 第18-19页 |
| ·利用RNA-Seq技术的转录组学研究 | 第19页 |
| ·转录组测序结果的RQ-PCR验证 | 第19-21页 |
| 3 典型抑制物条件下木糖酸全细胞催化反应动力学 | 第21-29页 |
| ·实验材料 | 第21-22页 |
| ·菌种 | 第21页 |
| ·试剂 | 第21页 |
| ·主要仪器 | 第21-22页 |
| ·培养基 | 第22页 |
| ·实验方法 | 第22-23页 |
| ·菌种培养与全细胞催化 | 第22页 |
| ·糖-糖酸的测定 | 第22-23页 |
| ·甲酸、糠醛的定量分析 | 第23页 |
| ·对羟基苯甲醛的定量分析 | 第23页 |
| ·结果与讨论 | 第23-28页 |
| ·甲酸对木糖酸全细胞催化合成的抑制 | 第23-25页 |
| ·糠醛对木糖酸全细胞合成的抑制 | 第25-26页 |
| ·对羟基苯甲醛对木糖酸全细胞催化合成的抑制 | 第26-28页 |
| ·小结 | 第28-29页 |
| 4 氧化葡萄糖酸杆菌基因组测序 | 第29-40页 |
| ·实验材料 | 第29-30页 |
| ·菌种 | 第29页 |
| ·试剂 | 第29页 |
| ·主要仪器 | 第29页 |
| ·培养基 | 第29页 |
| ·16S rDNA引物 | 第29-30页 |
| ·实验方法 | 第30-31页 |
| ·菌种培养 | 第30页 |
| ·基因组DNA提取及检测 | 第30页 |
| ·16S rDNA PCR | 第30页 |
| ·基因组测序 | 第30页 |
| ·基因组序列的组装 | 第30-31页 |
| ·基因组的组分预测 | 第31页 |
| ·基因预测、注释与功能分析 | 第31页 |
| ·结果与讨论 | 第31-39页 |
| ·基因组DNA样品质量检测 | 第31-32页 |
| ·16S rDNA细菌菌种鉴定 | 第32-33页 |
| ·基因组测序结果数据概况 | 第33-34页 |
| ·基因组概况 | 第34-36页 |
| ·基因组组分分析 | 第36-37页 |
| ·基因功能分析 | 第37-39页 |
| ·小结 | 第39-40页 |
| 5 典型抑制物木糖酸全细胞催化转录谱比较研究 | 第40-50页 |
| ·实验材料 | 第40页 |
| ·菌种 | 第40页 |
| ·试剂 | 第40页 |
| ·主要仪器 | 第40页 |
| ·培养基 | 第40页 |
| ·实验方法 | 第40-41页 |
| ·菌种培养与全细胞催化 | 第40页 |
| ·RNA的提取 | 第40页 |
| ·Total RNA样品质量检测 | 第40-41页 |
| ·转录组测序 | 第41页 |
| ·结果与讨论 | 第41-49页 |
| ·G. oxydans NL71样品制备 | 第41页 |
| ·G. oxydans NL71样品质量分析 | 第41-42页 |
| ·RNA-Seq文库制备及测序 | 第42页 |
| ·测序数据结果统计 | 第42-43页 |
| ·Reads与参考基因组比对情况统计 | 第43-44页 |
| ·基因表达水平分析 | 第44页 |
| ·差异表达分析 | 第44-46页 |
| ·基于GO、KEGG的差异基因分析 | 第46-48页 |
| ·主要差异基因的筛选 | 第48-49页 |
| ·小结 | 第49-50页 |
| 6 差异基因实时荧光定量PCR验证 | 第50-61页 |
| ·实验材料 | 第50页 |
| ·菌种 | 第50页 |
| ·试剂 | 第50页 |
| ·主要仪器 | 第50页 |
| ·培养基 | 第50页 |
| ·实验方法 | 第50-52页 |
| ·RQ-PCR引物设计 | 第50-51页 |
| ·菌种培养与全细胞催化 | 第51页 |
| ·RNA提取 | 第51页 |
| ·RNA样品质量检测 | 第51页 |
| ·RNA反转录为cDNA | 第51页 |
| ·普通PCR反应 | 第51页 |
| ·RQ-PCR反应 | 第51-52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-60页 |
| ·RQ-PCR基因的引物设计及验证 | 第52-54页 |
| ·相对标准曲线的绘制 | 第54-56页 |
| ·RQ-PCR验证结果 | 第56-60页 |
| ·小结 | 第60-61页 |
| 7 结论与展望 | 第61-63页 |
| ·结论 | 第61-62页 |
| ·展望 | 第62-63页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第63-64页 |
| 附录 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
