| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一篇 文献综述 BoAstV的分子生物学研究进展 | 第13-21页 |
| 1 病毒基因组结构及编码蛋白 | 第13-15页 |
| ·BoAstV的核苷酸序列特征 | 第14页 |
| ·BoAstV的氨基酸序列特征及编码的蛋白 | 第14-15页 |
| 2 基于BoAstV基因组的遗传进化分析 | 第15-17页 |
| 3 BoAstV与疾病的联系 | 第17-20页 |
| ·BoAstV与牛腹泻性疾病的联系 | 第17-19页 |
| ·BoAstV与牛神经性疾病的联系 | 第19-20页 |
| 4. 问题与展望 | 第20-21页 |
| 第二篇 研究报告 | 第21-49页 |
| 第一章 牦牛腹泻粪便样本中病毒的鉴定及其与腹泻的联系 | 第21-30页 |
| 1 材料和方法 | 第21-24页 |
| ·临床样本 | 第21-22页 |
| ·主要试剂及仪器 | 第22页 |
| ·样本的处理及病毒核酸的提取 | 第22页 |
| ·建库和TruSeq Illumina测序 | 第22-23页 |
| ·数据分析 | 第23页 |
| ·PCR验证鉴定出的病毒的存在 | 第23页 |
| ·PCR验证鉴定出的病毒与腹泻的相关性 | 第23-24页 |
| 2 结果 | 第24-26页 |
| ·序列数据的分析结果 | 第24-25页 |
| ·牦牛腹泻粪便样本中病毒种类 | 第25页 |
| ·PCR验证病毒在样本中的存在 | 第25-26页 |
| ·PCR验证鉴定出的病毒与腹泻的相关性 | 第26页 |
| 3 讨论 | 第26-30页 |
| ·宏病毒组技术的应用 | 第26-27页 |
| ·与牦牛腹泻相关的病毒 | 第27-28页 |
| ·BoAstV与牛腹泻性疾病的联系 | 第28-30页 |
| 第二章 牦牛AstV的基因组扩增 | 第30-38页 |
| 1 材料和方法 | 第30-33页 |
| ·临床样本 | 第30页 |
| ·主要试剂 | 第30页 |
| ·主要仪器 | 第30-31页 |
| ·引物的设计与合成 | 第31-32页 |
| ·各目的片段PCR克隆 | 第32页 |
| ·目的片段的连接、转化、测序 | 第32页 |
| ·3'和 5'-RACE PCR克隆 | 第32页 |
| ·AstV基因组序列的拼接及分析 | 第32页 |
| ·牦牛AstV基因组序列的重组分析 | 第32-33页 |
| 2 结果 | 第33-35页 |
| ·基因组各目的片段的PCR扩增 | 第33页 |
| ·牦牛AstV S8株的基因组拼接及分析 | 第33页 |
| ·牦牛AstV三个ORF的遗传特征 | 第33-34页 |
| ·牦牛AstV的遗传进化分析 | 第34页 |
| ·牦牛AstV的基因重组 | 第34-35页 |
| 3 讨论 | 第35-38页 |
| ·BoAstV基因组特征 | 第35-36页 |
| ·BoAstV基因组的遗传多样性 | 第36-37页 |
| ·AstVORF2的基因重组问题 | 第37-38页 |
| 第三章 牦牛AstV的RT-PCR检测方法的建立和变异分析 | 第38-48页 |
| 1 材料和方法 | 第39-41页 |
| ·病毒（菌）株与临床样本 | 第39页 |
| ·主要试剂及仪器 | 第39页 |
| ·引物设计与合成 | 第39-40页 |
| ·核酸的提取与cDNA合成 | 第40页 |
| ·牦牛AstV阳性标准品的制备 | 第40页 |
| ·反应体系及条件的优化 | 第40页 |
| ·敏感性测定 | 第40页 |
| ·特异性评价 | 第40页 |
| ·稳定性评价 | 第40页 |
| ·与现有检测BoAstV的RT-PCR方法的比较 | 第40-41页 |
| ·临床样本检测与统计学分析 | 第41页 |
| 2 结果 | 第41-45页 |
| ·牦牛AstV ORF2基因片段序列的克隆及系统发育分析 | 第41-43页 |
| ·牦牛AstV检测引物的特异性 | 第43页 |
| ·优化的RT-PCR反应体系及条件 | 第43页 |
| ·敏感性 | 第43-44页 |
| ·稳定性 | 第44页 |
| ·三种RT-PCR检测方法的比较 | 第44页 |
| ·临床样本检测 | 第44-45页 |
| 3 讨论 | 第45-48页 |
| ·遗传变异对检测方法的影响 | 第45-46页 |
| ·检测牦牛AstV的PCR方法与已知方法的比较 | 第46页 |
| ·不同地区进化树的遗传变异 | 第46-48页 |
| 第四章 结论与创新点 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| 附录 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
