| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-24页 |
| 1. 合成生物学 | 第7-18页 |
| ·合成生物学的概念 | 第8-9页 |
| ·合成生物学研究思路 | 第9-10页 |
| ·合成生物学研究内容 | 第10-15页 |
| ·生物模块的设计与构建及生物元件标准化 | 第10-13页 |
| ·最小基因组的研究 | 第13-15页 |
| ·病毒的合成生物学 | 第15页 |
| ·合成生物学的应用 | 第15-18页 |
| ·生物能源 | 第15-16页 |
| ·药物研发 | 第16-17页 |
| ·净化环境 | 第17-18页 |
| 2 基因组尺度代谢网络 | 第18-22页 |
| ·基因组尺度代谢网络发展 | 第18-19页 |
| ·基因组尺度代谢网络的构建原理 | 第19-20页 |
| ·基因组尺度代谢网络模型的模拟算法原理及工具 | 第20-22页 |
| 3 枯草芽孢杆菌基因组最小化研究进展 | 第22-24页 |
| 第二章 代谢网络模型基因组最小化的方法 | 第24-30页 |
| ·分析方法 | 第24-26页 |
| ·通量平衡分析方法 | 第24页 |
| ·通量可变性分析 | 第24-25页 |
| ·组合删除法 | 第25-26页 |
| ·实验步骤 | 第26-30页 |
| ·通量可变性分析 | 第26页 |
| ·同功能基因删除 | 第26-29页 |
| ·基因集分类 | 第29页 |
| ·保留基因集的基因组最小化 | 第29页 |
| ·候选基因集的基因组最小化 | 第29-30页 |
| 第三章 枯草芽孢杆菌基因组最小化代谢网络模型的构建 | 第30-41页 |
| ·模型读入 | 第31-32页 |
| ·基因组最小化代谢网络模型构建 | 第32-41页 |
| ·通量可变性分析 | 第34-35页 |
| ·同功能基因删除 | 第35页 |
| ·基因集的确定 | 第35-36页 |
| ·保留基因集的最小化 | 第36-37页 |
| ·候选基因集的最小化 | 第37-40页 |
| ·基因组最小化代谢网络模型的验证 | 第40-41页 |
| 第四章 基因组最小化代谢网络模型分析 | 第41-55页 |
| ·碳源吸收速率对系统的影响 | 第41-42页 |
| ·代谢网络分析参数 | 第42-45页 |
| ·网络密度 | 第43页 |
| ·网络直径与网络平均路径长度 | 第43页 |
| ·连接体 | 第43页 |
| ·集聚系数 | 第43-44页 |
| ·蝴蝶结结构 | 第44-45页 |
| ·可逆性参数 | 第45页 |
| ·代谢网络分析 | 第45-55页 |
| ·最小基因组代谢网络途径分析 | 第46-52页 |
| ·最小基因组代谢网络拓扑结构分析 | 第52-55页 |
| 第五章 模型预测与湿实验结果比较 | 第55-57页 |
| 第六章 结论与展望 | 第57-59页 |
| ·结论 | 第57-58页 |
| ·展望 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-67页 |
| 附录 | 第67-75页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76页 |