| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-14页 |
| 第一章 siRNA的研究背景及意义 | 第14-20页 |
| ·RNAi的发现及研究意义 | 第14-15页 |
| ·RNAi的分子机制 | 第15-16页 |
| ·siRNA和miRNA/piRNA的区别 | 第16-17页 |
| ·siRNA的合理设计 | 第17-20页 |
| 第二章 siRNA沉默效率预测研究进展 | 第20-30页 |
| ·计算方法预测siRNA沉默效率的必要性 | 第20-21页 |
| ·第一代预测规则 | 第21-24页 |
| ·Tuschl规则 | 第21页 |
| ·Reynolds规则 | 第21-22页 |
| ·Ui-Tei规则 | 第22-23页 |
| ·Amarzguioui规则 | 第23页 |
| ·Jagla规则 | 第23页 |
| ·Hsieh规则 | 第23-24页 |
| ·Stockholm规则 | 第24页 |
| ·第二代预测算法 | 第24-30页 |
| ·Biopredsi | 第24-26页 |
| ·ThermoComosition | 第26-27页 |
| ·DSIR | 第27页 |
| ·i-score | 第27页 |
| ·SEQ2SVM | 第27页 |
| ·siRNA-scale | 第27-30页 |
| 第三章 siRNA数据库及算法介绍 | 第30-53页 |
| ·数据库简介 | 第30-32页 |
| ·特征空间的构建 | 第32-46页 |
| ·核苷酸组分 | 第32-34页 |
| ·热力学能量谱 | 第34-37页 |
| ·靶可及性 | 第37-40页 |
| ·侧翼序列特征提取 | 第40-46页 |
| ·特征选择算法 | 第46-51页 |
| ·特征选择算法介绍 | 第46-48页 |
| ·随机森林 | 第48页 |
| ·支持向量机 | 第48-50页 |
| ·算法流程 | 第50-51页 |
| ·算法性能评估 | 第51-53页 |
| 第四章 siRNA效率预测结果分析和比较 | 第53-60页 |
| ·构建最佳特征子集预测 | 第53-55页 |
| ·利用侧翼序列特征提高预测率 | 第55-58页 |
| ·讨论与总结 | 第58-60页 |
| 第五章 长非编码RNA研究背景 | 第60-65页 |
| ·lncRNA介绍 | 第60-63页 |
| ·lncRNA的定义 | 第60页 |
| ·lncRNA的分类 | 第60-61页 |
| ·lncRNA与mRNA的区别 | 第61-62页 |
| ·lncRNA功能 | 第62-63页 |
| ·组蛋白修饰概述 | 第63-64页 |
| ·lncRNA和表观遗传学调控的相互影响 | 第64-65页 |
| 第六章 组蛋白修饰与长非编码RNA基因表达的相关性分析 | 第65-74页 |
| ·CAGE定量TSS表达值 | 第65-66页 |
| ·组蛋白修饰Chip-seq数据 | 第66页 |
| ·lncRNA与蛋白编码RNA比较分析 | 第66-72页 |
| ·讨论与总结 | 第72-74页 |
| 参考文献 | 第74-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的论文目录 | 第88页 |