| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-27页 |
| ·引言 | 第11-12页 |
| ·研究背景和意义 | 第12-26页 |
| ·核小体定位的基本概念 | 第12-14页 |
| ·核小体定位图谱 | 第14-17页 |
| ·核小体定位的机制 | 第17-23页 |
| ·核小体定位的生物学意义 | 第23-24页 |
| ·结合DNA序列信息的核小体定位预测 | 第24-26页 |
| ·论文内容与结构 | 第26-27页 |
| 第二章 研究方法 | 第27-36页 |
| ·序列特征分析方法 | 第27-29页 |
| ·核小体定位的k-mer频数偏性特征 | 第27页 |
| ·信息含量 | 第27-28页 |
| ·功率谱分析 | 第28-29页 |
| ·生物统计学方法 | 第29-31页 |
| ·相关分析 | 第29-30页 |
| ·非参数检验 | 第30-31页 |
| ·预测算法 | 第31-36页 |
| ·位置关联打分函数 | 第31-33页 |
| ·支持向量机 | 第33-34页 |
| ·算法评价 | 第34-36页 |
| 第三章 酵母基因组核小体定位的组分特征分析 | 第36-42页 |
| ·数据集 | 第36页 |
| ·k联体特征 | 第36-40页 |
| ·M_k(i)特征分析 | 第40-41页 |
| ·小结 | 第41-42页 |
| 第四章 核小体定位的信息含量分析 | 第42-52页 |
| ·数据集 | 第42-43页 |
| ·全基因组序列数据 | 第42页 |
| ·核小体定位数据 | 第42-43页 |
| ·核小体定位序列的信息含量分析 | 第43-48页 |
| ·酵母、果蝇、线虫基因组core DNA和linker DNA区的信息冗余 | 第43-46页 |
| ·linker DNA长度对信息冗余参数A_(k+2)的影响 | 第46-47页 |
| ·比较不同来源的核小体定位序列的信息冗余 | 第47-48页 |
| ·标准核小体和包含H2A.Z核小体的序列信息冗余比较 | 第48页 |
| ·酵母、果蝇、线虫基因组的碱基关联分析 | 第48-49页 |
| ·酵母、果蝇、线虫基因组的周期信号分析 | 第49-50页 |
| ·小结 | 第50-52页 |
| 第五章 基于序列信息的核小体定位预测 | 第52-62页 |
| ·数据集 | 第52-53页 |
| ·位置关联打分函数使用的数据 | 第52页 |
| ·支持向量机使用的数据 | 第52-53页 |
| ·特定功能序列 | 第53页 |
| ·核小体定位的实验数据 | 第53页 |
| ·特征参量的选取 | 第53页 |
| ·位置关联打分函数的特征参数 | 第53页 |
| ·支持向量机的特征参数 | 第53页 |
| ·分类预测 | 第53-57页 |
| ·位置关联打分函数的核小体定位分类预测 | 第53-56页 |
| ·支持向量机的核小体定位分类预测 | 第56-57页 |
| ·全基因组核小体占据率预测 | 第57-59页 |
| ·功能位点的核小体占据率预测 | 第59-60页 |
| ·小结 | 第60-62页 |
| 第六章 总结与展望 | 第62-65页 |
| ·本文工作总结 | 第62-63页 |
| ·工作展望 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-78页 |
| 附录 | 第78-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 攻读博士期间发表和完成的学术论文 | 第97-98页 |
