| 中文摘要 | 第1-12页 |
| 英文摘要 | 第12-16页 |
| 缩略语索引 | 第16-17页 |
| 第一章 前言 | 第17-27页 |
| 1. 研究背景 | 第17-18页 |
| 2. 定量蛋白质组学与肽段鉴定 | 第18-20页 |
| ·基于染色和荧光等光密度值定量的方法 | 第18页 |
| ·基于质谱数据的定量分析方法 | 第18-19页 |
| ·基于质谱数据的的定量分析指标参数 | 第19-20页 |
| 3. 肽段属性对蛋白质鉴定的影响 | 第20页 |
| 4. 重复鉴定与肽段鉴定 | 第20-21页 |
| 5. 本文主要工作 | 第21-23页 |
| 参考文献 | 第23-27页 |
| 第二章 上样量与肽段质谱可检测性的关系及其对定量蛋白质组学研究的影响 | 第27-48页 |
| 1. 材料和方法 | 第28-30页 |
| ·仪器与试剂 | 第28页 |
| ·样品准备 | 第28-29页 |
| ·提取蛋白质的SDS-PAGE 评价 | 第29页 |
| ·蛋白质的溶液酶解 | 第29页 |
| ·nanoLC－LTQ-FTICR 系统的条件设置 | 第29-30页 |
| ·数据库检索 | 第30页 |
| 2. 结果与讨论 | 第30-44页 |
| ·蛋白质裂解方法的评价 | 第30-31页 |
| ·LC-LTQ-FT 数据的采集 | 第31页 |
| ·鉴定肽段数量随重复次数和上样量增加的趋势线 | 第31-32页 |
| ·用质谱检测频次（SC）和色谱峰面积（SA）将肽段聚类 | 第32-34页 |
| ·分析物化属性并区分三类肽段 | 第34-37页 |
| ·质谱检测频次（SC）和色谱峰面积（SA）定量差异的原因 | 第37-38页 |
| ·用于定量蛋白质组学的肽段的选择 | 第38-44页 |
| 3. 本章小结 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-48页 |
| 第三章 肽段复杂程度与肽段质谱可检测性的关系及其对定量蛋白质组学分析的影响 | 第48-58页 |
| 1.材料和方法 | 第49-50页 |
| ·仪器与试剂 | 第49页 |
| ·样品准备 | 第49页 |
| ·蛋白质的自由流电泳预分离 | 第49页 |
| ·自由流电泳分离组分的SDS-PAGE 评价 | 第49-50页 |
| ·蛋白质的溶液酶切 | 第50页 |
| ·LC/MS/MS 数据采集 | 第50页 |
| ·数据库检索 | 第50页 |
| 2. 结果与讨论 | 第50-56页 |
| ·酵母裂解方法的评价 | 第50页 |
| ·自由流电泳预分离馏分的评价 | 第50-52页 |
| ·不同复杂程度下肽段的质谱图 | 第52-53页 |
| ·非相邻馏分在复杂程度增加时质谱定量信号的变化 | 第53-55页 |
| ·共同鉴定到肽段的丰度分析 | 第55-56页 |
| 3. 本章小结 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-58页 |
| 第四章 溶液全酶切和胶上提取方法对肽段质谱可检测性及定量蛋白质组学研究的影响 | 第58-76页 |
| 1.材料和方法 | 第59-61页 |
| ·仪器与试剂 | 第59页 |
| ·样品准备 | 第59页 |
| ·蛋白质的色谱预分离 | 第59页 |
| ·分离馏分的SDS-PAGE 制备和胶上提取 | 第59-60页 |
| ·蛋白质的溶液酶切 | 第60页 |
| ·LC/MS/MS 数据采集 | 第60页 |
| ·数据库检索 | 第60-61页 |
| 2. 结果与讨论 | 第61-73页 |
| ·反相色谱预分离方法的优化 | 第61-64页 |
| ·蛋白质全酶切和胶上提取 | 第64-65页 |
| ·LC-LTQ 质谱鉴定和数据库搜索 | 第65页 |
| ·鉴定肽段数量随重复次数增加的趋势 | 第65-66页 |
| ·蛋白覆盖率的比较 | 第66-68页 |
| ·鉴定肽段回收率的比较 | 第68-70页 |
| ·鉴定肽段的比较 | 第70-71页 |
| ·鉴定肽段的质谱检测频次分布 | 第71-72页 |
| ·不同肽段的物化属性分析 | 第72-73页 |
| 3. 本章小结 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-76页 |
| 第五章 质谱仪不同灵敏度和扫描速率对肽段可检测性及定量蛋白质组学研究的影响 | 第76-88页 |
| 1. 材料与方法 | 第76-78页 |
| ·化学试剂和药品 | 第76页 |
| ·仪器 | 第76-77页 |
| ·样品准备 | 第77页 |
| ·蛋白质的色谱预分离 | 第77页 |
| ·蛋白质的溶液酶切 | 第77页 |
| ·nanoRPLC-ESI-MS/MS 分析 | 第77-78页 |
| ·数据库检索 | 第78页 |
| 2. 结果与讨论 | 第78-87页 |
| ·三种质谱对同一样本的分析结果 | 第78-81页 |
| ·鉴定肽段和蛋白个数随重复次数增加而增长的比较 | 第81-83页 |
| ·共同鉴定蛋白质的覆盖率对比 | 第83-84页 |
| ·重复鉴定得到蛋白质的物化属性的比较 | 第84页 |
| ·重复鉴定中肽段的质谱检测频次分布的统计学分析 | 第84-85页 |
| ·不同质谱定量结果的相关性分析 | 第85-87页 |
| 3. 本章小结 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-89页 |
| 全文总结 | 第89-91页 |
| 在读期间发表的研究论文 | 第91-92页 |
| 个人简历 | 第92-93页 |
| 致谢 | 第93页 |
