| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 缩略术语表 | 第10-15页 |
| 1 文献综述 | 第15-31页 |
| ·沙门菌的血清型分类和宿主性表现 | 第15-16页 |
| ·沙门菌的临床表现和危害 | 第16-17页 |
| ·基因组特性和进化 | 第17-22页 |
| ·种外水平的分化 | 第17-19页 |
| ·种内水平的分化 | 第19-20页 |
| ·基因组的染色体重排 | 第20-21页 |
| ·沙门菌的常用分型方法 | 第21-22页 |
| ·影响宿主范围的分子机制 | 第22-24页 |
| ·假基因 | 第22-24页 |
| ·Typhi和Paratyphi A的重组 | 第24页 |
| ·致病性的分子机制 | 第24-29页 |
| ·毒力基因的筛选 | 第24-25页 |
| ·致病岛 | 第25-27页 |
| ·毒性质粒 | 第27-28页 |
| ·菌毛 | 第28页 |
| ·沙门菌在细胞内的表达谱 | 第28-29页 |
| ·研究展望 | 第29-31页 |
| 2 Paratyphi C全基因组测序及比较基因组学分析 | 第31-52页 |
| ·引言 | 第31页 |
| ·材料和方法 | 第31-35页 |
| ·全基因组测序 | 第31-32页 |
| ·基因组注释 | 第32-33页 |
| ·序列比对 | 第33页 |
| ·进化分析 | 第33-34页 |
| ·软件获取地址 | 第34页 |
| ·比较分析所用序列 | 第34-35页 |
| ·结果和讨论 | 第35-52页 |
| ·Paratyphi C基因组序列概况 | 第35-42页 |
| ·伤寒沙门菌血清型的分化时间 | 第42-43页 |
| ·SNP水平的趋同进化 | 第43-44页 |
| ·假基因的趋同进化 | 第44-52页 |
| ·鉴定假基因的标准 | 第44-46页 |
| ·无用基因数目的估计 | 第46-47页 |
| ·丢失的生物学功能 | 第47-52页 |
| 3 毒性质粒的基因组比较 | 第52-60页 |
| ·引言 | 第52-53页 |
| ·材料和方法 | 第53-54页 |
| ·质粒基因组测序和注释 | 第53页 |
| ·接合转移测验 | 第53页 |
| ·酶切图谱制作 | 第53-54页 |
| ·结果和讨论 | 第54-60页 |
| ·pSPCV的序列分析和比较 | 第54-56页 |
| ·Dublin毒性质粒的分析 | 第56-60页 |
| ·Dublin毒性质粒间的重组 | 第56-58页 |
| ·Dublin毒性质粒和其他沙门菌毒性质粒的比较 | 第58-60页 |
| 4 沙门菌和阿米巴的互作 | 第60-67页 |
| ·引言 | 第60页 |
| ·材料和方法 | 第60-62页 |
| ·菌株和培养条件 | 第60-61页 |
| ·阿米巴与胞内细菌生长曲线的测量 | 第61页 |
| ·核小体DNA的电泳 | 第61页 |
| ·TUNEL检测 | 第61-62页 |
| ·膜外PS的检测 | 第62页 |
| ·结果和讨论 | 第62-67页 |
| ·沙门菌和阿米巴的生长曲线 | 第62-63页 |
| ·沙门菌诱导的阿米巴死亡 | 第63-67页 |
| 5 结论 | 第67-71页 |
| 参考文献 | 第71-81页 |
| 附录 | 第81-89页 |
| 附表1:在人伤寒血清型基因组中发现的假基因 | 第81-89页 |
| 作者简历 | 第89页 |