| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 目录 | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-46页 |
| ·引言 | 第12-17页 |
| ·细菌基因组测序领域发展特点 | 第12-17页 |
| ·文献综述章节安排 | 第17页 |
| ·细菌基因组进化分子策略 | 第17-37页 |
| ·基因垂直遗传 | 第18页 |
| ·基因水平转移 | 第18-26页 |
| ·基因水平转移基本分子过程 | 第19-21页 |
| ·基因水平转移的检测 | 第21-23页 |
| ·基因水平转移的几率 | 第23-24页 |
| ·水平转移基因功能特征 | 第24-25页 |
| ·基因水平转移的生物学意义 | 第25-26页 |
| ·染色体重排 | 第26-28页 |
| ·染色体重排类型 | 第26-27页 |
| ·染色体重排分子机制 | 第27页 |
| ·染色体重排的影响因素 | 第27页 |
| ·染色体重排的检测 | 第27-28页 |
| ·点突变 | 第28-31页 |
| ·点突变的分子机制 | 第28-29页 |
| ·点突变率的计算 | 第29-30页 |
| ·点突变的特点 | 第30-31页 |
| ·点突变的生物学意义 | 第31页 |
| ·细菌基因组动态变化 | 第31-37页 |
| ·新月柄杆菌细胞周期研究进展 | 第37-43页 |
| ·新月柄杆菌细胞周期研究背景及历史 | 第37-39页 |
| ·新月柄杆菌细胞周期调控机制(dnaA/gcrA/ctrA/ccrM模型) | 第39-42页 |
| ·新月柄杆菌细胞周期调控机制的保守性 | 第42-43页 |
| ·本博士论文对新月柄杆菌细胞周期调控系统的比较基因组学分析 | 第43页 |
| ·Phenylobacterium zucineum生理学特征和全基因组测序意义 | 第43-46页 |
| 第二章 材料与方法 | 第46-50页 |
| ·基因组文库构建及测序 | 第46页 |
| ·基因鉴定及注释 | 第46-47页 |
| ·系统进化分析 | 第47-48页 |
| ·环境应激相关基因的比较基因组学分析 | 第48-49页 |
| ·直系同源基因鉴定 | 第49页 |
| ·潜在转录因子结合位点鉴定 | 第49-50页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第50-87页 |
| ·基因组概况 | 第50-56页 |
| ·基本代谢 | 第56-57页 |
| ·环境应激相关基因 | 第57-67页 |
| ·环境应激相关蛋白在P.zucineum基因组中的分布 | 第57-65页 |
| ·环境应激相关基因的比较基因组学分析 | 第65-67页 |
| ·细胞内生活环境的适应 | 第67-69页 |
| ·p.zucineum系统进化 | 第69-72页 |
| ·p.zucineum和C.crescentus比较基因组学分析 | 第72-84页 |
| ·P.zucineum和C.crescentus基因组基本特征比较 | 第72-78页 |
| ·P.zucineum和C.crescentus CtrA调节系统的比较分析 | 第78-82页 |
| ·P.zucineum和C.crescentus细胞周期DnaA/GcrA调节系统的比较分析 | 第82-83页 |
| ·P.zucineum和C.crescentus双组分信号传导系统蛋白的比较分析 | 第83-84页 |
| ·P.zucineum基因组片段在人EST文库的存在 | 第84页 |
| ·结论和研究展望 | 第84-87页 |
| ·论文结论 | 第84-85页 |
| ·论文的不足之处 | 第85-86页 |
| ·P.zucineum相关研究展望 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-98页 |
| 附表一:93种细菌和P.zucineum环境应激相关基因分布 | 第98-101页 |
| 附表二:C.crescentus和P.zucineum CtrA靶基因比较 | 第101-104页 |
| 附表三:C.Crescentus和P.zucineum GcrA潜在靶基因比较 | 第104-108页 |
| 附表四:C.crescentus和P.zucineum DnaA潜在靶基因比较 | 第108-109页 |
| 附表五:C.crescentus和P.zucineum双组分信号传导蛋白比较 | 第109-112页 |
| 附表六:与P.zucineum基因组序列高度相似的人类ESTs序列片段 | 第112页 |
