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Phenylobacterium zucineum全基因组测序及序列分析

致谢第1-6页
摘要第6-8页
Abstract第8-10页
目录第10-12页
第一章 文献综述第12-46页
   ·引言第12-17页
     ·细菌基因组测序领域发展特点第12-17页
     ·文献综述章节安排第17页
   ·细菌基因组进化分子策略第17-37页
     ·基因垂直遗传第18页
     ·基因水平转移第18-26页
       ·基因水平转移基本分子过程第19-21页
       ·基因水平转移的检测第21-23页
       ·基因水平转移的几率第23-24页
       ·水平转移基因功能特征第24-25页
       ·基因水平转移的生物学意义第25-26页
     ·染色体重排第26-28页
       ·染色体重排类型第26-27页
       ·染色体重排分子机制第27页
       ·染色体重排的影响因素第27页
       ·染色体重排的检测第27-28页
     ·点突变第28-31页
       ·点突变的分子机制第28-29页
       ·点突变率的计算第29-30页
       ·点突变的特点第30-31页
       ·点突变的生物学意义第31页
     ·细菌基因组动态变化第31-37页
   ·新月柄杆菌细胞周期研究进展第37-43页
     ·新月柄杆菌细胞周期研究背景及历史第37-39页
     ·新月柄杆菌细胞周期调控机制(dnaA/gcrA/ctrA/ccrM模型)第39-42页
     ·新月柄杆菌细胞周期调控机制的保守性第42-43页
     ·本博士论文对新月柄杆菌细胞周期调控系统的比较基因组学分析第43页
   ·Phenylobacterium zucineum生理学特征和全基因组测序意义第43-46页
第二章 材料与方法第46-50页
   ·基因组文库构建及测序第46页
   ·基因鉴定及注释第46-47页
   ·系统进化分析第47-48页
   ·环境应激相关基因的比较基因组学分析第48-49页
   ·直系同源基因鉴定第49页
   ·潜在转录因子结合位点鉴定第49-50页
第三章 结果与讨论第50-87页
   ·基因组概况第50-56页
   ·基本代谢第56-57页
   ·环境应激相关基因第57-67页
     ·环境应激相关蛋白在P.zucineum基因组中的分布第57-65页
     ·环境应激相关基因的比较基因组学分析第65-67页
   ·细胞内生活环境的适应第67-69页
   ·p.zucineum系统进化第69-72页
   ·p.zucineum和C.crescentus比较基因组学分析第72-84页
     ·P.zucineum和C.crescentus基因组基本特征比较第72-78页
     ·P.zucineum和C.crescentus CtrA调节系统的比较分析第78-82页
     ·P.zucineum和C.crescentus细胞周期DnaA/GcrA调节系统的比较分析第82-83页
     ·P.zucineum和C.crescentus双组分信号传导系统蛋白的比较分析第83-84页
   ·P.zucineum基因组片段在人EST文库的存在第84页
   ·结论和研究展望第84-87页
     ·论文结论第84-85页
     ·论文的不足之处第85-86页
     ·P.zucineum相关研究展望第86-87页
参考文献第87-98页
附表一:93种细菌和P.zucineum环境应激相关基因分布第98-101页
附表二:C.crescentus和P.zucineum CtrA靶基因比较第101-104页
附表三:C.Crescentus和P.zucineum GcrA潜在靶基因比较第104-108页
附表四:C.crescentus和P.zucineum DnaA潜在靶基因比较第108-109页
附表五:C.crescentus和P.zucineum双组分信号传导蛋白比较第109-112页
附表六:与P.zucineum基因组序列高度相似的人类ESTs序列片段第112页

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