| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词 | 第12-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-23页 |
| 1.1 黄瓜细菌性流胶病在我国北方黄瓜主产区普遍发生 | 第15-16页 |
| 1.1.1 黄瓜细菌性流胶病的发生和危害 | 第15页 |
| 1.1.2 黄瓜细菌性流胶病的病原物鉴定 | 第15-16页 |
| 1.2 扁桃假单胞流泪致病变种研究进展 | 第16页 |
| 1.2.1 病原菌的研究历史及危害 | 第16页 |
| 1.2.2 病原菌的致病过程及侵染条件 | 第16页 |
| 1.3 胡萝卜软腐果胶杆菌研究进展 | 第16-18页 |
| 1.3.1 病原菌的研究历史及危害 | 第16-17页 |
| 1.3.2 病原菌的致病因子及调控 | 第17-18页 |
| 1.4 基于第三代测序技术的细菌基因组学研究进展 | 第18-20页 |
| 1.4.1 第三代测序技术简介 | 第18-19页 |
| 1.4.2 第三代测序技术在细菌全基因组学研究中的应用 | 第19-20页 |
| 1.5 实时荧光定量PCR技术在植物与病原菌互作研究中的应用 | 第20-22页 |
| 1.5.1 实时荧光定量PCR技术及内参基因的选择 | 第20-21页 |
| 1.5.2 荧光定量PCR技术在菌-植互作研究中的应用 | 第21-22页 |
| 1.6 本研究的目的与意义 | 第22-23页 |
| 第二章 黄瓜细菌性流胶病病原菌致病力及其寄主范围测定研究 | 第23-34页 |
| 2.1 实验材料 | 第23-25页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第23-24页 |
| 2.1.2 供试植物材料 | 第24页 |
| 2.1.3 供试培养基 | 第24-25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-26页 |
| 2.2.1 细菌菌株活化和培养 | 第25页 |
| 2.2.2 育苗方法 | 第25页 |
| 2.2.3 接种处理 | 第25页 |
| 2.2.4 病害调查 | 第25-26页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第26-33页 |
| 2.3.1 Pal和Pcb对黄瓜的致病能力 | 第26-31页 |
| 2.3.2 Pal NM002和Pcb SX309对不同作物的侵染能力 | 第31-33页 |
| 2.4 小结 | 第33-34页 |
| 第三章 扁桃假单胞流泪致病变种NM002全基因组测序及与致病和侵染相关因子分析 | 第34-49页 |
| 3.1 实验材料 | 第34-35页 |
| 3.1.1 供试细菌菌株 | 第34页 |
| 3.1.2 培养基及培养条件 | 第34-35页 |
| 3.1.3 酶及试剂盒 | 第35页 |
| 3.1.4 仪器及设备 | 第35页 |
| 3.1.5 测序公司及平台 | 第35页 |
| 3.2 实验方法 | 第35-38页 |
| 3.2.1 测序菌株的培养条件和特性研究 | 第35页 |
| 3.2.2 细菌全基因组的提取 | 第35-36页 |
| 3.2.3 Pal NM002菌株基因组序列的测定 | 第36页 |
| 3.2.4 扁桃假单胞流泪致病变种Pal NM002基因组注释与分析 | 第36-37页 |
| 3.2.5 扁桃假单胞流泪致病变种Pal NM002进化分析 | 第37页 |
| 3.2.6 扁桃假单胞流泪致病变种Pal NM002比较基因组分析 | 第37页 |
| 3.2.7 扁桃假单胞流泪致病变种Pal NM002毒力因子的分析 | 第37-38页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第38-48页 |
| 3.3.1 扁桃假单胞流泪致病变种Pal INM002菌株特性及基因组的基本特征 | 第38-39页 |
| 3.3.2 扁桃假单胞流泪致病变种Pal NM002比较基因组学分析 | 第39-42页 |
| 3.3.3 细菌分泌系统 | 第42-44页 |
| 3.3.4 其他毒力因子的比较分析 | 第44-46页 |
| 3.3.5 次级代谢产物比较分析 | 第46-48页 |
| 3.4 小结 | 第48-49页 |
| 第四章 胡萝卜果胶杆菌巴西亚种SX309全基因组测序及与致病和寄主遗传适应相关因子分析 | 第49-66页 |
| 4.1 实验材料 | 第49-50页 |
| 4.1.1 供试细菌菌株 | 第49-50页 |
| 4.1.2 供试培养基及试剂盒 | 第50页 |
| 4.1.3 仪器及设备 | 第50页 |
| 4.1.4 测序公司及平台 | 第50页 |
| 4.2 实验方法 | 第50-53页 |
| 4.2.1 测序菌株培养条件 | 第50页 |
| 4.2.2 细菌全基因组的提取 | 第50页 |
| 4.2.3 Pcb SX309全基因组测序及组装 | 第50-51页 |
| 4.2.4 Pcb SX309基因组注释与分析 | 第51页 |
| 4.2.5 Pcb SX309比较基因组分析 | 第51-52页 |
| 4.2.6 Pcb SX309功能基因分析 | 第52页 |
| 4.2.7 胞外酶合成能力检测 | 第52页 |
| 4.2.8 Pcb SX309对黄瓜和马铃薯的致病性测定 | 第52-53页 |
| 4.2.9 Pcb SX309显微和电镜观察 | 第53页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第53-64页 |
| 4.3.1 Pcb SX309菌株特性 | 第53页 |
| 4.3.2 Pcb SX309基因组的基本特征 | 第53-56页 |
| 4.3.3 Pcb SX309比较基因组学分析 | 第56-57页 |
| 4.3.4 植物胞壁降解酶编码基因比较分析 | 第57-58页 |
| 4.3.5 细菌分泌系统编码基因比较分析 | 第58-60页 |
| 4.3.6 群体感应系统编码基因比较分析 | 第60-61页 |
| 4.3.7 双组分系统编码基因比较分析 | 第61-62页 |
| 4.3.8 鞭毛合成和趋化基因比较分析 | 第62页 |
| 4.3.9 CRISPR-Cas系统编码基因比较分析 | 第62-64页 |
| 4.3.10 脂多糖编码基因比较分析 | 第64页 |
| 4.4 小结 | 第64-66页 |
| 第五章 胡萝卜果胶杆菌巴西亚种SX309侵染黄瓜过程中最适内参的筛选和应用 | 第66-78页 |
| 5.1 实验材料 | 第66-67页 |
| 5.1.1 供试菌株和质粒 | 第66页 |
| 5.1.2 供试植物材料 | 第66页 |
| 5.1.3 供试引物 | 第66页 |
| 5.1.4 供试培养基 | 第66页 |
| 5.1.5 酶及试剂盒 | 第66-67页 |
| 5.1.6 实验耗材及仪器 | 第67页 |
| 5.2 实验方法 | 第67-71页 |
| 5.2.1 电击感受态的制备 | 第67页 |
| 5.2.2 电击转化步骤 | 第67-68页 |
| 5.2.3 转化子荧光观察及致病性试验 | 第68页 |
| 5.2.4 Pcb SX309在致病进程中的种群动态变化 | 第68页 |
| 5.2.5 样品基因组DNA提取 | 第68页 |
| 5.2.6 样品总RNA的提取及cDNA制备 | 第68-70页 |
| 5.2.7 候选内参基因的选择及引物设计 | 第70页 |
| 5.2.8 相对定量PCR反应体系的优化 | 第70-71页 |
| 5.2.9 茌Pcb SX309致病进程中内参基因的筛选 | 第71页 |
| 5.2.10 统计分析 | 第71页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第71-77页 |
| 5.3.1 Pcb SX309的绿色荧光标记 | 第71-72页 |
| 5.3.2 Pcb309在致病进程中的种群动态变化 | 第72页 |
| 5.3.3 候选内参的PCR扩增特性 | 第72-73页 |
| 5.3.4 候选内参基因的表达水平分析 | 第73-74页 |
| 5.3.5 候选内参基因的表达稳定性分析 | 第74-76页 |
| 5.3.6 基于靶标基因的表达分析验证最适内参稳定性 | 第76-77页 |
| 5.4 小结 | 第77-78页 |
| 第六章 结论与展望 | 第78-80页 |
| 6.1 结论 | 第78-79页 |
| 6.2 展望 | 第79-80页 |
| 参考文献 | 第80-93页 |
| 附录 | 第93-168页 |
| 致谢 | 第168-169页 |
| 个人简历 | 第169-170页 |
