| 内容摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 1 引言 | 第9-15页 |
| 1.1 玉米产量的影响因素以及籽粒的早期发育 | 第9-11页 |
| 1.2 全基因组水平挖掘复杂性状关键基因的研究方法 | 第11-12页 |
| 1.3 我们的实验目的 | 第12-15页 |
| 2 材料方法 | 第15-23页 |
| 2.1 实验材料和测序数据的准备 | 第15页 |
| 2.2 测序数据与基因组的比对 | 第15-16页 |
| 2.3 计算基因的表达量 | 第16页 |
| 2.4 SNP数据的获取和处理 | 第16-18页 |
| 2.4.1 SNP的初步挖掘 | 第16-17页 |
| 2.4.2 SNP的过滤以及缺失位点的填充(imputation) | 第17页 |
| 2.4.3 SNP数据的整合 | 第17-18页 |
| 2.5 eQTL的分析流程 | 第18-19页 |
| 2.5.1 群体结构、亲缘关系以及引起基因表达波动的隐性因素的分析 | 第18页 |
| 2.5.2 关联分析以及eQTL区域的界定 | 第18-19页 |
| 2.6 挖掘影响粒长的关键基因 | 第19-20页 |
| 2.6.1 粒长表型数据的全基因组关联分析 | 第19-20页 |
| 2.6.2 利用线性回归模型挖掘影响粒长的数量性状转录本(QTT) | 第20页 |
| 2.7 两个时期eQTL的比较分析 | 第20-21页 |
| 2.7.1 挖掘在两个时期调控方向相反的eQTL | 第20-21页 |
| 2.7.2 挖掘和展示调控多个靶基因的eQTL | 第21页 |
| 2.8 基因的功能富集分析(GO) | 第21页 |
| 2.9 数据存储和共享 | 第21-23页 |
| 3 分析结果 | 第23-43页 |
| 3.1 从RNA-seq数据中获取基因表达量和SNP的信息 | 第23-26页 |
| 3.2 通过eQTL分析挖掘玉米籽粒5DAP时期调控基因表达的位点 | 第26-29页 |
| 3.3 挖掘影响粒长的关键基因 | 第29-34页 |
| 3.4 玉米籽粒5DAP和15DAP时期eQTL调控网络的比较分析 | 第34-37页 |
| 3.5 调控多个靶基因的eQTL的挖掘 | 第37-43页 |
| 4 结论 | 第43-45页 |
| 致谢 | 第45-49页 |
| 参考文献 | 第49-55页 |
| 附录 | 第55-69页 |
| 个人简历 | 第69-70页 |
| 博士生期间发表的学术论文,专著 | 第70-71页 |
| 博士后期间发表的学术论文,专著 | 第71-72页 |
| 永久通信地址 | 第72页 |
