| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 一、引言 | 第8-11页 |
| 二、实验对象和方法 | 第11-22页 |
| 1. 实验对象 | 第11-13页 |
| 2. 实验方法 | 第13-22页 |
| 2.1 芯片数据的预处理 | 第13-14页 |
| 2.2 筛选差异表达基因 | 第14-15页 |
| 2.3 加权基因共表达网络分析 | 第15-22页 |
| 三、实验结果 | 第22-50页 |
| 1. ESCC基因芯片数据预处理 | 第22-23页 |
| 2. ESCC差异表达基因 | 第23-26页 |
| 2.1 差异表达基因展示 | 第23-25页 |
| 2.2 差异表达基因聚类分析 | 第25-26页 |
| 3. ESCC加权基因共表达网络分析 | 第26-50页 |
| 3.1 队列A加权基因共表达网络构建 | 第26-37页 |
| 3.2 队列C加权基因共表达网络构建 | 第37-39页 |
| 3.3 队列A及队列C共存在基因模块分析 | 第39-50页 |
| 四、讨论 | 第50-55页 |
| 1. POSTN与ESCC | 第50-51页 |
| 2. Comified envelop与ESCC | 第51-53页 |
| 3. TGM1,TIG3与ESCC | 第53-55页 |
| 五、总结 | 第55-56页 |
| 附录 | 第56-94页 |
| 一、本研究WGCNA所用R语言代码 | 第56-75页 |
| 1. 去除离群样本 | 第56-58页 |
| 2. 导入临床信息 | 第58页 |
| 3. 选择软阈值 | 第58-59页 |
| 4. 构建加权基因共表达网络 | 第59-60页 |
| 5. 展示构建的网络 | 第60-61页 |
| 6. 研究模块之间的关系 | 第61-62页 |
| 7. 基因模块与临床信息的关系 | 第62-63页 |
| 8. 模块保守性分析 | 第63-67页 |
| 9. 共存在模块分析 | 第67-73页 |
| 10. 筛选枢纽基因 | 第73-75页 |
| 二、队列A基因网络的可视化 | 第75-77页 |
| 1. MDSplot:multi-dimensional scaling | 第75-76页 |
| 2. TOMplot:topological overlap matrix plot | 第76-77页 |
| 三、队列C加权基因共表达网络构建 | 第77-85页 |
| 1. 去除离群样本 | 第77-79页 |
| 2. 确定软阈值 | 第79-81页 |
| 3. 动态剪切树法确定基因模块 | 第81-83页 |
| 4. 基因模块的功能富集分析 | 第83-85页 |
| 四、与肿瘤分级相关的枢纽基因 | 第85-92页 |
| 五、Comified envelop的形成过程 | 第92-93页 |
| 六、中英文缩略词 | 第93-94页 |
| 致谢 | 第94-96页 |
| 参考文献 | 第96-103页 |