| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| LIST OF ABBREVIATIONS, ACRONYMS AND SYMBOLS | 第8-16页 |
| CHAPTER I GENERAL INTRODUCTION | 第16-36页 |
| 1.1 Research survey of the rice pathogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae | 第16-22页 |
| 1.1.1 Genomic study on Xanthomonas oryzae pv. oryzae | 第16-18页 |
| 1.1.2 Pathogenic traits from Xanthomonas oryzae pv. oryzae contributing host-plant interaction | 第18-22页 |
| 1.1.2.1 Surface-associated virulence factors | 第18-19页 |
| 1.1.2.1.1 Extracellular polysaccharides (EPSs) | 第18-19页 |
| 1.1.2.1.2 Lipopolysaccharides (LPS) | 第19页 |
| 1.1.2.2 Type II secretion system | 第19-20页 |
| 1.1.2.3 Type III secretion system | 第20-21页 |
| 1.1.2.4 Other factors involved in virulence of Xanthomonas oryzae pv. oryzae | 第21-22页 |
| 1.2 Cyclic di-GMP signaling in the virulence and environmental adaptation of Xanthomonas | 第22-25页 |
| 1.2.1 Cyclic di-GMP generation | 第24页 |
| 1.2.2 Cyclic di-GMP dissolution | 第24-25页 |
| 1.3 Cyclic di-GMP receptor types | 第25-28页 |
| 1.3.1 Pli Z domain containing proteins | 第25-26页 |
| 1.3.2 Degenerate GGDEF, EAL domains as c-di-GMP receptors | 第26-27页 |
| 1.3.3 Transcription factors | 第27页 |
| 1.3.4 Riboswitches | 第27-28页 |
| 1.4 Cyclic di-GMP regulated cell functions | 第28-32页 |
| 1.4.1 Regulation of motility by c-di-GMP | 第28-29页 |
| 1.4.2 Regulation of biofilm formation by c-di-GMP | 第29-30页 |
| 1.4.3 Regulation of virulence by c-di-GMP | 第30-31页 |
| 1.4.4 C-di-GMP regulates cell cycle and cell differentiation | 第31-32页 |
| 1.5 Cyclic di-GMP signaling system in bacterial leaf blight disease of rice | 第32-34页 |
| 1.6 Significance of research study and objectives | 第34-35页 |
| 1.7 Thesis outline | 第35-36页 |
| CHAPTER II GENERATION OF SINGLE GENE-KNOCKOUT MUTANTS | 第36-50页 |
| 2.1 Experimental materials | 第37-38页 |
| 2.1.1 Bacterial strains and plasmids | 第37页 |
| 2.1.2 Reagents and equipment | 第37页 |
| 2.1.3 Culture media and growth conditions | 第37-38页 |
| 2.1.4 Maintenance of bacterial strains and plasmids | 第38页 |
| 2.2 Experimental methods | 第38-41页 |
| 2.2.1 Genomic DNA extraction | 第38-39页 |
| 2.2.2 Generation of PCR fragments from genomic DNA | 第39页 |
| 2.2.3 Cloning of gene fragments with middle vector | 第39-40页 |
| 2.2.4 Construction of vector plasmids | 第40页 |
| 2.2.5 Preparation of Xoo PXO99A competent cells | 第40页 |
| 2.2.6 Generation of single gene-knockout mutants | 第40页 |
| 2.2.7 Preservation | 第40-41页 |
| 2.3 Results | 第41-49页 |
| 2.3.1 Bioinformatics and homology alignments of GGDEF-domain proteins in the genome of X. oryzae pv. oryzae | 第41-44页 |
| 2.3.2 Construction of p KMS1 vector plasmids | 第44-47页 |
| 2.3.3 Generation of single gene-knockout mutants | 第47-49页 |
| 2.4 Discussion | 第49-50页 |
| CHAPTER III GENERATION OF MULTIPLE GENE-KNOCKOUT MUTANTS | 第50-57页 |
| 3.1 Experimental materials | 第50-52页 |
| 3.1.1 Bacterial strains and plasmids | 第50页 |
| 3.1.2 Reagents and equipment | 第50-51页 |
| 3.1.3 Culture media and culture condition | 第51-52页 |
| 3.1.4 Maintenance of bacterial strains and plasmids | 第52页 |
| 3.2 Experimental methods | 第52-53页 |
| 3.2.1 Preparation of competent cells | 第52页 |
| 3.2.2 Generation of double gene deletion mutants | 第52-53页 |
| 3.2.3 Generation of triple gene deletion mutant | 第53页 |
| 3.2.4 Preservation | 第53页 |
| 3.3 Results | 第53-56页 |
| 3.3.1 Construction of p KMS1 vector plasmids | 第53页 |
| 3.3.2 Generation of double and triple-gene knockout mutants | 第53-56页 |
| 3.4 Discussion | 第56-57页 |
| CHAPTER IV PHENOTYPIC ANALYSIS OF SINGLE AND MULTIPLE GENE-KNOCKOUT MUTANTS | 第57-69页 |
| 4.1 Experimental materials | 第58页 |
| 4.1.1 Bacterial strains and plasmids | 第58页 |
| 4.1.2 Reagents and equipment | 第58页 |
| 4.1.3 Culture media and culture condition | 第58页 |
| 4.2 Experimental methods | 第58-59页 |
| 4.2.1 Virulence assay | 第58-59页 |
| 4.2.2 Motility assay | 第59页 |
| 4.2.3 EPS production | 第59页 |
| 4.2.4 Biofilm formation | 第59页 |
| 4.3 Statistical analyses | 第59页 |
| 4.4 Results | 第59-66页 |
| 4.4.1 GGDEF-domain proteins modulate X. oryzae pv. oryzae motility | 第59-61页 |
| 4.4.2 GGDEF protein regulates EPS production | 第61页 |
| 4.4.3 GGDEF-domain influence biofilm formation | 第61页 |
| 4.4.4 GGDEF-domain proteins regulate X. oryzae pv. oryzae virulence in rice | 第61-66页 |
| 4.5 Discussion | 第66-69页 |
| CHAPTER V SUMMARY | 第69-70页 |
| REFERENCES CITED | 第70-93页 |
| APPENDICES | 第93-97页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第97-99页 |
| CURRICULUM VITAE | 第99-100页 |
