| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-37页 |
| 1.1 海洋浮游植物与赤潮 | 第16-22页 |
| 1.1.1 海洋浮游植物 | 第16页 |
| 1.1.2 赤潮 | 第16-20页 |
| 1.1.3 玛氏骨条藻—一种重要的赤潮藻 | 第20-22页 |
| 1.2 转录组学概述 | 第22-31页 |
| 1.2.1 测序技术的发展 | 第22-28页 |
| 1.2.2 转录组和转录组学概念 | 第28-29页 |
| 1.2.3 转录组学研究方法 | 第29-31页 |
| 1.3 藻类基因组学研究进展 | 第31-36页 |
| 1.3.1 藻类基因组研究进展 | 第31-33页 |
| 1.3.2 藻类转录组研究进展 | 第33-36页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第36-37页 |
| 第二章 玛氏骨条藻转录组测序及分析 | 第37-89页 |
| 2.1 材料 | 第37-39页 |
| 2.1.1 藻种 | 第37页 |
| 2.1.2 f/2培养基 | 第37-38页 |
| 2.1.3 主要试剂、仪器及耗材 | 第38-39页 |
| 2.1.4 玛氏骨条藻的培养 | 第39页 |
| 2.2 方法 | 第39-45页 |
| 2.2.1 玛氏骨条藻细胞的收集 | 第39-40页 |
| 2.2.2 总RNA提取及质量检测 | 第40-41页 |
| 2.2.3 文库的构建及测序 | 第41-42页 |
| 2.2.4 测序数据的分析 | 第42-45页 |
| 2.3 结果与分析 | 第45-87页 |
| 2.3.1 实验样品RNA制备的质量检测 | 第45-46页 |
| 2.3.2 测序数据质量情况汇总和转录本的拼接 | 第46-51页 |
| 2.3.3 基因注释 | 第51-66页 |
| 2.3.4 玛氏骨条藻生长、繁殖、响应逆境胁迫相关基因 | 第66-68页 |
| 2.3.5 MAPK信号途径相关基因 | 第68-70页 |
| 2.3.6 内吞作用途径相关基因 | 第70-72页 |
| 2.3.7 细胞凋亡途径相关基因 | 第72-74页 |
| 2.3.8 细胞周期途径相关基因 | 第74-79页 |
| 2.3.9 泛素介导的蛋白质水解作用途径相关基因 | 第79-82页 |
| 2.3.10 SNP和SSR的筛选 | 第82-87页 |
| 2.4 讨论与小结 | 第87-89页 |
| 第三章 玛氏骨条藻不同生长期表达谱(DGE)特征分析 | 第89-136页 |
| 3.1 材料 | 第89-90页 |
| 3.1.1 藻种 | 第89页 |
| 3.1.2 f/2培养基 | 第89页 |
| 3.1.3 主要试剂、仪器及耗材 | 第89页 |
| 3.1.4 玛氏骨条藻的培养 | 第89-90页 |
| 3.2 方法 | 第90-93页 |
| 3.2.1 玛氏骨条藻细胞的收集 | 第90页 |
| 3.2.2 总RNA提取及质量检测 | 第90页 |
| 3.2.3 文库的构建及测序 | 第90页 |
| 3.2.4 测序数据的分析 | 第90-93页 |
| 3.3 结果与分析 | 第93-134页 |
| 3.3.1 实验样品RNA制备的质量检测 | 第93-94页 |
| 3.3.2 测序数据的产出和质量评估 | 第94-97页 |
| 3.3.3 基因表达水平分析 | 第97-100页 |
| 3.3.4 实验重复相关性检测 | 第100-101页 |
| 3.3.5 不同生长时期表达谱差异表达基因的筛选及分析 | 第101-104页 |
| 3.3.6 不同生长期表达谱之间的差异表达基因聚类分析 | 第104-105页 |
| 3.3.7 不同生长时期表达谱差异表达基因的GO注释分析 | 第105-116页 |
| 3.3.8 不同生长时期表达谱差异表达基因的GO富集层次分析 | 第116-123页 |
| 3.3.9 不同生长时期表达谱差异表达基因的KEGG Pathway注释分析 | 第123-134页 |
| 3.4 讨论与小结 | 第134-136页 |
| 第四章 玛氏骨条藻温度应答表达谱(DGE)特征分析 | 第136-176页 |
| 4.1 材料 | 第136-137页 |
| 4.1.1 样品来源 | 第136页 |
| 4.1.2 f/2培养基 | 第136页 |
| 4.1.3 主要试剂、仪器及耗材 | 第136页 |
| 4.1.4 玛氏骨条藻的培养 | 第136-137页 |
| 4.2 方法 | 第137-138页 |
| 4.2.1 玛氏骨条藻细胞的收集 | 第137页 |
| 4.2.2 总RNA提取及质量检测 | 第137页 |
| 4.2.3 文库的构建及测序 | 第137页 |
| 4.2.4 测序数据的分析 | 第137-138页 |
| 4.3 结果 | 第138-174页 |
| 4.3.1 实验样品RNA制备的质量检测 | 第138-140页 |
| 4.3.2 测序数据的产出和质量评估 | 第140-143页 |
| 4.3.3 基因表达水平分析 | 第143-145页 |
| 4.3.4 实验重复相关性检测 | 第145页 |
| 4.3.5 不同温度应答表达谱差异表达基因的筛选及分析 | 第145-149页 |
| 4.3.6 不同温度应答表达谱的差异表达基因聚类分析 | 第149-150页 |
| 4.3.7 不同温度应答表达谱差异表达基因的GO注释分析 | 第150-159页 |
| 4.3.8 不同温度应答表达谱差异表达基因的GO富集层次分析 | 第159-165页 |
| 4.3.9 不同温度应答表达谱差异表达基因的KEGG Pathway注释分析 | 第165-174页 |
| 4.4 讨论与小结 | 第174-176页 |
| 第五章 玛氏骨条藻低硅应答表达谱(DGE)特征分析 | 第176-201页 |
| 5.1 材料 | 第176-177页 |
| 5.1.1 样品来源 | 第176页 |
| 5.1.2 f/2培养基 | 第176页 |
| 5.1.3 主要试剂、仪器及耗材 | 第176页 |
| 5.1.4 玛氏骨条藻的培养 | 第176-177页 |
| 5.2 方法 | 第177-178页 |
| 5.2.1 玛氏骨条藻细胞的收集 | 第177页 |
| 5.2.2 总RNA提取及质量检测 | 第177页 |
| 5.2.3 文库的构建及测序 | 第177页 |
| 5.2.4 测序数据的分析 | 第177-178页 |
| 5.3 结果 | 第178-199页 |
| 5.3.1 实验样品RNA制备的质量检测 | 第178-179页 |
| 5.3.2 测序数据的产出和质量评估 | 第179-181页 |
| 5.3.3 基因表达水平分析 | 第181-183页 |
| 5.3.4 实验重复相关性检测 | 第183-184页 |
| 5.3.5 表达谱差异表达基因的筛选及分析 | 第184-185页 |
| 5.3.6 低硅应答和对照组表达谱之间的差异表达基因聚类分析 | 第185-186页 |
| 5.3.7 低硅应答表达谱差异表达基因的GO注释分析 | 第186-192页 |
| 5.3.8 低硅应答表达谱差异表达基因的KEGG Pathway注释分析 | 第192-199页 |
| 5.4 讨论与小结 | 第199-201页 |
| 第六章 总结 | 第201-203页 |
| 参考文献 | 第203-214页 |
| 作者简介 | 第214-215页 |
| 致谢 | 第215-216页 |
