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草莓主要抗药性病害的环介导等温扩增(LAMP)检测

摘要第4-6页
ABSTRACT第6-7页
1 文献综述第12-25页
    1.1 草莓主要病害概述第12页
    1.2 草莓灰霉病及其抗药性第12-16页
        1.2.1 草莓灰霉病概述第12-13页
        1.2.2 草莓灰霉病的化学防治第13页
        1.2.3 草莓灰霉病的抗药性第13-16页
            1.2.3.1 对苯并咪唑类杀菌剂的抗性第14页
            1.2.3.2 对N-苯基氨基甲酸酯类杀菌剂的抗性第14页
            1.2.3.3 对甲氧基丙烯酸酯类杀菌剂的抗性第14-15页
            1.2.3.4 对二甲酰亚胺类杀菌剂的抗性第15页
            1.2.3.5 对苯吡咯类杀菌剂的抗性第15-16页
            1.2.2.6 对苯胺基嘧啶类杀菌剂的抗性第16页
            1.2.3.7 对琥珀酸脱氢酶抑制剂的抗性第16页
    1.3 草莓炭疽病及其抗药性第16-19页
        1.3.1 草莓炭疽病概述第16-17页
        1.3.2 草莓炭疽病的化学防治第17页
        1.3.3 草莓炭疽病抗药性第17-19页
            1.3.3.1 对苯并咪唑类杀菌剂的抗性第17-18页
            1.3.3.2 对甾醇脱甲基抑制剂的抗性第18页
            1.3.3.3 对甲氧基丙烯酸酯类(QoIs)杀菌剂的抗性第18-19页
    1.4 植物病原菌抗药性检测技术第19-21页
        1.4.1 杀菌剂抗药性离体生物测定第19页
        1.4.2 病原菌及其抗药性分子检测第19-21页
            1.4.2.1 聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction, PCR)第19页
            1.4.2.2 荧光定量PCR(Real-time Quantitative PCR Detecting System, qPCR)第19-20页
            1.4.2.3 等位基因特异性寡核苷酸(Allele Special Oligonutide, ASO)探针法第20页
            1.4.2.4 单链构象多态性(Single-Strand Conformation Polymorphism, SSCP)分析第20页
            1.4.2.5 限制性片段长度多态性聚合酶链式反应( RFLP-PCR)第20-21页
    1.5 环介导等温扩增(Loop-Mediated Isothermal Amplification, LAMP)检测技术第21-23页
        1.5.1 LAMP扩增过程第21-22页
        1.5.2 LAMP反应体系第22页
        1.5.3 LAMP技术的检测方法第22页
        1.5.4 LAMP检测的应用第22-23页
            1.5.4.1 LAMP检测细菌第22-23页
            1.5.4.2 LAMP检测病毒第23页
            1.5.4.3 LAMP检测植物病原真菌及其抗药性第23页
    1.6 研究目的和意义第23-25页
2 检测草莓灰霉病菌抗苯并咪唑类杀菌剂E198A基因型的LAMP体系的建立与应用第25-39页
    2.1 材料方法第25-29页
        2.1.1 供试材料与仪器试剂第25-26页
        2.1.2 引物设计第26-27页
        2.1.3 基因组DNA提取第27页
        2.1.4 引物筛选第27页
        2.1.5 LAMP反应体系的优化第27页
        2.1.6 LAMP反应条件的优化第27-28页
        2.1.7 LAMP灵敏度和常规PCR比较第28页
        2.1.8 LAMP特异性准确度测试第28页
        2.1.9 LAMP对田间样品的检测第28-29页
            2.1.9.1 田间草莓灰霉病样品核酸的提取第28页
            2.1.9.2 LAMP检测第28-29页
            2.1.9.3 区分剂量法第29页
            2.1.9.4 不同表现型灰霉病菌 β-tubulin基因的序列比较第29页
    2.2 结果与分析第29-36页
        2.2.1 LAMP特异性引物第29-30页
        2.2.2 Bst DNA聚合酶量的优化第30-31页
        2.2.3 dNTPs浓度的优化第31页
        2.2.4 引物浓度的优化第31-32页
        2.2.5 甜菜碱浓度的优化第32页
        2.2.6 Mg~(2+)浓度的优化第32-33页
        2.2.7 最终体系确定第33页
        2.2.8 最佳LAMP反应条件第33-34页
        2.2.9 LAMP检测限第34-35页
        2.2.10 LAMP检测的准确度第35-36页
        2.2.11 LAMP在 1.5h内检测田间草莓灰霉病的抗药性第36页
    2.3 讨论第36-39页
3 快速检测和评估草莓灰霉病菌对QoIs类杀菌剂的抗性发展第39-49页
    3.1 材料方法第39-42页
        3.1.1 供试菌株及试剂第39页
        3.1.2 构建LAMP体系中模板DNA的提取第39页
        3.1.3 LAMP引物的设计与筛选第39-41页
        3.1.4 LAMP反应体系第41页
        3.1.5 LAMP反应条件的确定第41页
        3.1.6 LAMP检测灵敏度第41-42页
        3.1.7 LAMP检测的田间应用第42页
            3.1.7.1 LAMP检测田间草莓灰霉病样品第42页
            3.1.7.2 灰霉病菌对嘧菌酯的抗性测定第42页
            3.1.7.3 不同表现型灰霉病菌cytb基因的序列比较第42页
    3.2 结果与分析第42-47页
        3.2.1 两个LAMP反应的目视检测第42-43页
        3.2.2 LAMP检测最佳反应条件第43-44页
        3.2.3 确定LAMP最低检测限第44-45页
        3.2.4 在 1h内完成田间草莓灰霉病抗药性的LAMP检测第45-47页
    3.3 讨论第47-49页
4 草莓苗期炭疽病LAMP检测的建立和应用第49-57页
    4.1 材料与方法第49-51页
        4.1.1 主要试剂与仪器第49页
        4.1.2 引物设计和筛选第49-50页
        4.1.3 建立草莓苗期炭疽病LAMP检测体系第50页
        4.1.4 LAMP特异性测试第50页
        4.1.5 直接提取草莓植株样品DNA第50-51页
            4.1.5.1 用横向测流试纸(lateral-flow device, LFD)直接提取草莓植株组织DNA第50-51页
            4.1.5.2 碱性聚乙二醇 200(PEG 200)直接从植株提取DNA第51页
        4.1.6 LAMP对田间草莓植株样品的检测第51页
    4.2 结果与分析第51-56页
        4.2.1 LAMP检测最佳反应条件的确定第51-52页
        4.2.2 LAMP检测的特异性第52-53页
        4.2.3 LAMPP检测灵敏敏度第53-54页
        4.2.4 LAMP检测验证LFD和碱性PEG提取植物样品DNA可行性第54-55页
        4.2.5 LAMP检测田间草莓炭疽病植株样品第55-56页
    4.3 讨论第56-57页
5 草莓炭疽病菌抗QoIs类和苯并咪唑类杀菌剂的LAMP检测技术第57-67页
    5.1 材料与方法第57-59页
        5.1.1 供试药剂第57页
        5.1.2 菌株的采集和分离第57页
        5.1.3 对杀菌剂的抗性测定方法第57页
        5.1.4 β-tubulin基因和cytb基因序列比较第57-58页
        5.1.5 DNA的提取第58页
        5.1.6 LAMP检测的引物设计和筛选第58-59页
        5.1.7 草莓炭疽病抗药性LAMP检测体系的建立第59页
        5.1.8 LAMP检测体系准确度分析第59页
    5.2 结果与分析第59-65页
        5.2.1 草莓炭疽病菌对杀菌剂的抗药性第59-60页
        5.2.2 对QoIs类和苯并咪唑类杀菌剂的抗性分子机制第60-61页
        5.2.3 LAMP检测的特异性引物第61-63页
        5.2.4 G143A草莓炭疽病菌LAMP检测最佳反应条件第63-64页
        5.2.5 G143A草莓炭疽病菌LAMP的检测限第64-65页
        5.2.6 G143A草莓炭疽病菌LAMP检测的准确度第65页
    5.3 讨论第65-67页
6 全文总结第67-68页
参考文献第68-76页
附录第76-82页
个人简介第82-83页
致谢第83页

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