| 摘要 | 第9-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 符号及缩略语说明 | 第15-16页 |
| 第一篇 文献综述 | 第16-38页 |
| 第一章 肠道外致病性大肠杆菌研究进展 | 第16-38页 |
| 1 致病性大肠杆菌流行菌株谱系 | 第16-18页 |
| 2 禽致病性大肠杆菌(APEC)致病机制研究进展 | 第18-27页 |
| 2.1 APEC病原 | 第18-19页 |
| 2.2 禽大肠杆菌病(Avian Colibacillosis) | 第19-21页 |
| 2.3 APEC/ExPEC毒力因子研究进展 | 第21-27页 |
| 3 APEC致病机制 | 第27页 |
| 4 研究意义 | 第27-28页 |
| 参考文献 | 第28-38页 |
| 第二篇 试验研究 | 第38-166页 |
| 第二章 禽致病性大肠杆菌O2:K1菌株IMT5155全基因测序及比较基因组学研究 | 第38-78页 |
| 1 材料和方法 | 第39-43页 |
| 1.1 菌株和DNA提取 | 第39页 |
| 1.2 主要培养基、试剂及仪器 | 第39-40页 |
| 1.3 IMT5155基因组测序和组装 | 第40页 |
| 1.4 IMT5155基因组注释 | 第40页 |
| 1.5 IMT5155与其他致病型E.coli的系统演化分析 | 第40-41页 |
| 1.6 IMT5155基因岛(毒力岛)和毒力基因预测 | 第41页 |
| 1.7 IMT5155与其他致病型E.coli的比较基因组分析 | 第41页 |
| 1.8 B2群ExPEC泛基因组的毒力基因在不同类型E.coli中分布情况分析 | 第41-42页 |
| 1.9 APEC分离株致病力测定 | 第42-43页 |
| 2 结果和讨论 | 第43-67页 |
| 2.1 APEC菌株IMT5155测序和基本概况 | 第43页 |
| 2.2 IMT5155与其他致病型E.coli的系统演化分析 | 第43-47页 |
| 2.3 IMT5155基因岛(毒力岛)和毒力基因预测 | 第47-56页 |
| 2.4 IMT5155与其他致病型E.coli的比较基因组分析 | 第56-60页 |
| 2.5 IMT5155 ColV质粒p1ColV_(5155)序列分析和鉴定 | 第60-65页 |
| 2.6 B2群ExPEC泛基因组的毒力基因在不同类型E.coli中分布情况分析 | 第65-66页 |
| 2.7 APEC O1、O2和O78菌株的致病力评价 | 第66-67页 |
| 3 结论 | 第67-72页 |
| 参考文献 | 第72-78页 |
| 第三章 禽致病性大肠杆菌自分泌黏附素AatB的鉴定和功能分析 | 第78-99页 |
| 1 材料和方法 | 第79-85页 |
| 1.1 菌株、质粒及实验动物 | 第79-80页 |
| 1.2 主要培养基、试剂及仪器 | 第80-81页 |
| 1.3 引物的设计 | 第81-82页 |
| 1.4 DNA和蛋白序列分析 | 第82页 |
| 1.5 aatB基因分布检测 | 第82页 |
| 1.6 AatB蛋白表达和抗体制备 | 第82页 |
| 1.7 免疫印迹试验(Western Blot) | 第82-83页 |
| 1.8 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(Native PAGE) | 第83页 |
| 1.9 基因缺失株的构建 | 第83-84页 |
| 1.10 基因互补株的构建 | 第84页 |
| 1.11 生物被膜测定试验 | 第84页 |
| 1.12 DF-1细胞黏附和黏附抑制试验 | 第84-85页 |
| 1.14 动物感染试验 | 第85页 |
| 2 结果 | 第85-93页 |
| 2.1 自分泌黏附素AatB结构鉴定 | 第85-87页 |
| 2.2 APEC菌株中aatB基因分布情况 | 第87页 |
| 2.3 AatB融合蛋白的表达纯化和三聚体鉴定 | 第87-89页 |
| 2.4 aatB缺失株和互补株的构建和鉴定 | 第89页 |
| 2.5 AatB在DE205B和其他菌株中表达鉴定和免疫原性分析 | 第89-91页 |
| 2.6 生物被膜形成能力测定 | 第91页 |
| 2.7 对DF-1细胞的黏附能力测定 | 第91-92页 |
| 2.8 半数致死量(LD_(50))的测定 | 第92页 |
| 2.9 体内定殖试验 | 第92-93页 |
| 3 讨论 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-99页 |
| 第四章 禽致病性大肠杆菌自分泌黏附素UpaB的鉴定和功能分析 | 第99-129页 |
| 1 材料和方法 | 第100-106页 |
| 1.1 菌株、质粒及实验动物 | 第100-102页 |
| 1.2 主要培养基、试剂及仪器 | 第102页 |
| 1.3 引物的设计 | 第102-104页 |
| 1.4 DNA和蛋白序列分析 | 第104页 |
| 1.5 upaB基因分布检测 | 第104页 |
| 1.6 UpaB蛋白表达、抗体制备和免疫印迹试验 | 第104页 |
| 1.7 基因缺失株的构建 | 第104页 |
| 1.8 基因互补株的构建 | 第104页 |
| 1.9 细菌外膜蛋白、内膜蛋白、胞质蛋白和分泌蛋白组分的分离提取方法 | 第104-105页 |
| 1.10 Western Blot | 第105页 |
| 1.11 荧光标记法检测和定位UpaB蛋白 | 第105页 |
| 1.12 生物被膜测定试验 | 第105页 |
| 1.13 细菌自凝集试验 | 第105页 |
| 1.14 DF-1细胞黏附和黏附抑制试验 | 第105页 |
| 1.15 动物感染试验 | 第105页 |
| 1.16 UpaB、AatA和AatB免疫接种试验 | 第105-106页 |
| 1.17 qRT-PCR检测 | 第106页 |
| 2 结果 | 第106-122页 |
| 2.1 自分泌黏附素UpaB结构鉴定 | 第107-108页 |
| 2.2 APEC菌株中upaB基因分布情况 | 第108页 |
| 2.3 UpaB提高E.coli AAEC189 (MG1655△fim)的自凝集和生物被膜形成能力 | 第108-110页 |
| 2.3 检测DE205B、缺失株和互补株中UpaB的表达 | 第110-111页 |
| 2.4 UpaB定位于菌株DE205B的外膜 | 第111-113页 |
| 2.5 upaB mRNA的转录水平 | 第113-114页 |
| 2.6 缺失upaB基因对DE205B黏附DF-1细胞的影响 | 第114-115页 |
| 2.7 缺失upaB基因对DE205B半数致死量(LD50)的影响 | 第115页 |
| 2.8 缺失upaB基因对DE205B体内定殖能力的影响 | 第115-116页 |
| 2.9 双或三缺失upaB、aatA和aatB基因对DE205B黏附DF-1细胞的影响 | 第116-117页 |
| 2.10 双或三缺失upaB、aatA和aatB基因对DE205B半数致死量(LD_(50))和体内定殖能力的影响 | 第117-118页 |
| 2.12 比较DE205B和DE205B△upaB/aatA/aatB在体内感染时毒力基因转录谱的差异 | 第118-119页 |
| 2.13 UpaB、AatA和AatB免疫接种试验 | 第119-122页 |
| 3 讨论 | 第122-124页 |
| 参考文献 | 第124-129页 |
| 第五章 转录调节因子AutA/AutR调控禽致病性大肠杆菌感染的分子机制 | 第129-166页 |
| 1 材料和方法 | 第130-139页 |
| 1.1 菌株、质粒及实验动物 | 第130-132页 |
| 1.2 主要培养基、试剂及仪器 | 第132-133页 |
| 1.3 引物的设计 | 第133-135页 |
| 1.4 DNA和蛋白序列分析 | 第135页 |
| 1.5 UpaB基因簇分布检测 | 第135-136页 |
| 1.6 AutA:MBP和AutR:MBP融合蛋白表达 | 第136页 |
| 1.7 基因缺失株和互补株的构建 | 第136页 |
| 1.8 upaB::lacZ-zeo转录报告基因的构建 | 第136页 |
| 1.9 RNA-seq转录组测序 | 第136-137页 |
| 1.10 qRT-PCR检测 | 第137页 |
| 1.11 共转录测试 | 第137页 |
| 1.12 电泳迁移试验 | 第137页 |
| 1.13 体外转录试验 | 第137-138页 |
| 1.14 β半乳糖苷酶测定试验 | 第138页 |
| 1.15 ELISA检测细菌表面荚膜抗原 | 第138页 |
| 1.16 荚膜染色 | 第138页 |
| 1.17 耐酸实验 | 第138-139页 |
| 1.18 血清杀菌试验 | 第139页 |
| 1.19 DF-1细胞黏附和侵袭试验 | 第139页 |
| 1.20 动物感染试验 | 第139页 |
| 1.21 胞内存活试验 | 第139页 |
| 1.22 免疫荧光检测试验 | 第139页 |
| 2 结果 | 第139-157页 |
| 2.1 两个假定转录调节因子的结构鉴定 | 第139-140页 |
| 2.2 UpaB基因簇在APEC菌株中分布情况 | 第140-141页 |
| 2.3 转录调节因子AutA和AutR共同调控DE205B黏附素UpaB的表达 | 第141-143页 |
| 2.4 AutA和AutR结合P_(upaB)启动子DNA和调控upaB mRNA转录 | 第143-145页 |
| 2.5 全基因组范围内比较缺失株DE205B△autA、DE205B△autR和野生株DE205B之间的转录差异 | 第145-147页 |
| 2.6 AutA和AutR共同调控K1荚膜合成和AFI酸耐受相关基因的表达 | 第147-148页 |
| 2.7 AutA和AutR对APEC菌株DE205B酸耐受能力和表面K1荚膜的影响 | 第148-150页 |
| 2.8 DE205B感染过程中K1荚膜、耐酸系统和调节因子AutA/AutR的表型异质性表达 | 第150-152页 |
| 2.9 AutA和AutR影响DE205B致病力 | 第152-155页 |
| 2.10 AutA和AutR介导DE205B△kps1的黏附能力 | 第155-157页 |
| 3 讨论 | 第157-160页 |
| 参考文献 | 第160-166页 |
| 全文总结 | 第166-167页 |
| 附录 | 第167-182页 |
| 博士期间发表的论文 | 第182-184页 |
| 致谢 | 第184页 |
