| 摘要 | 第3-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 目录 | 第13-16页 |
| 符号说明 | 第16-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-56页 |
| 1.1 非核糖体肽类天然产物的生物合成研究及应用概况 | 第18-22页 |
| 1.2 NRPS 的功能单元解析 | 第22-31页 |
| 1.2.1 NRPS 的组织结构 | 第22-23页 |
| 1.2.2 腺苷酰化结构域 A-domain | 第23-24页 |
| 1.2.3 肽基载体蛋白 PCP-domain | 第24-25页 |
| 1.2.4 缩合结构域 C-domain | 第25-26页 |
| 1.2.5 硫酯酶结构域 Thioesterase domain | 第26-28页 |
| 1.2.6 非核糖体肽合酶的四级结构 | 第28-29页 |
| 1.2.7 裁剪结构域 | 第29页 |
| 1.2.8 4’-磷酸泛酰巯基乙胺转移酶和 II 型硫酯酶 | 第29-31页 |
| 1.3 醌霉素 quinomycin 类的天然产物生物合成研究 | 第31-56页 |
| 1.3.1 醌霉素中的代表性化合物的结构比较 | 第31-32页 |
| 1.3.2 醌霉素生物合成基因簇的确定 | 第32-35页 |
| 1.3.3 醌霉素生物合成基因簇中的结构基因的功能研究 | 第35-54页 |
| 1.3.4 本课题的研究意义 | 第54-56页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第56-76页 |
| 2.1 实验材料 | 第56-63页 |
| 2.1.1 本课题涉及的菌株 (见表 2.1) | 第56-57页 |
| 2.1.2 本课题涉及的质粒(见表 2.2) | 第57-58页 |
| 2.1.3 本课题涉及的引物(见表 2.3) | 第58-59页 |
| 2.1.4 本课题涉及的培养基 | 第59-60页 |
| 2.1.5 本课题涉及的试剂 | 第60-63页 |
| 2.2 实验方法 | 第63-76页 |
| 2.2.1 菌种的培养和保藏 | 第63-64页 |
| 2.2.2 大肠杆菌中质粒的提取 | 第64页 |
| 2.2.3 大肠杆菌和链霉菌质粒少量快速提取和检测 | 第64页 |
| 2.2.4 链霉菌质粒的大量提取 | 第64-65页 |
| 2.2.5 链霉菌总 DNA 的快速少量提取 | 第65页 |
| 2.2.6 用于构建基因组文库的链霉菌总 DNA 提取 | 第65页 |
| 2.2.7 凝胶中 DNA 片段的回收（Omega 公司试剂盒） | 第65-66页 |
| 2.2.8 溶液体系中 DNA 片段的沉淀 | 第66页 |
| 2.2.9 DNA 片段酶切、酶连及末端去磷酸化 | 第66页 |
| 2.2.10 PCR 扩增 | 第66页 |
| 2.2.11 大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第66-67页 |
| 2.2.12 质粒 DNA 对大肠杆菌感受态细胞的转化 | 第67页 |
| 2.2.13 高压电穿孔法转化大肠杆菌 | 第67页 |
| 2.2.14 构建基因组文库（CopyControl Fosmid Library Production Kit） | 第67-68页 |
| 2.2.15 PCR-Targeting 策略敲除基因 | 第68页 |
| 2.2.16 基因中断菌株的筛选和验证 | 第68-69页 |
| 2.2.17 融合蛋白的表达纯化 | 第69-70页 |
| 2.2.18 多个融合蛋白的共表达 | 第70-71页 |
| 2.2.19 SDS-垂直板凝胶电泳（SDS-PAGE） | 第71页 |
| 2.2.20 蛋白浓度测定 | 第71页 |
| 2.2.21 棘霉素的生物学活性测定 | 第71-72页 |
| 2.2.22 棘霉素的发酵 | 第72页 |
| 2.2.23 棘霉素的大量提取 | 第72页 |
| 2.2.24 利用 LC-MS 对棘霉素进行检测分析 | 第72-73页 |
| 2.2.25 酶的体外活性检测 | 第73-74页 |
| 2.2.26 生物信息学分析 | 第74页 |
| 2.2.27 TDO 家族成员的系统进化树分析 | 第74页 |
| 2.2.28 酶动力学米氏双曲线的拟合和动力学参数测定 | 第74-75页 |
| 2.2.29 蛋白三维结构同源建模 | 第75-76页 |
| 第三章 S. griseovariabilis subsp. bandungensis subsp. Nov 棘霉素的生物合成基因簇的克隆与生物合成途径推测 | 第76-87页 |
| 3.1 前言 | 第76页 |
| 3.2 灰色变异链霉菌万隆亚种基因组文库的构建 | 第76-77页 |
| 3.3 棘霉素生物合成基因簇的克隆 | 第77-83页 |
| 3.4 棘霉素生物合成机制 | 第83-86页 |
| 3.5 本章小结 | 第86-87页 |
| 第四章 QXC 生物合成起始氨基酸加载的研究 | 第87-110页 |
| 4.1 前言 | 第87-88页 |
| 4.2 NRPS 蛋白 Qui18 的氨基酸序列分析 | 第88-91页 |
| 4.2.1 Qui18 的 A-domain 氨基酸序列分析 | 第88-91页 |
| 4.2.2 Qui18 的 PCP-domain 氨基酸序列分析 | 第91页 |
| 4.3 类 MbtH 蛋白 Qui5 的序列分析 | 第91-92页 |
| 4.4 Qui5 和 Qui18 的 pET-28a（+）表达克隆的构建 | 第92-93页 |
| 4.5 Qui18 胰蛋白酶水解肽段的 Q-TOF 检测 | 第93-98页 |
| 4.6 共表达载体 pCT28 的构建及 Qui5 和 Qui18 共表达克隆的构建 | 第98-102页 |
| 4.7 Qui5 和 Qui18 的共表达 | 第102-104页 |
| 4.8 Qui18 的 Q-TOF 检测 | 第104-105页 |
| 4.9 Qui18 的体外活性检测 | 第105-108页 |
| 4.10 本章小结 | 第108-110页 |
| 第五章 L-色氨酸的β-羟化 | 第110-115页 |
| 5.1 前言 | 第110页 |
| 5.2 Qui15 的表达克隆的构建 | 第110-111页 |
| 5.3 Qui15 的纯化 | 第111-112页 |
| 5.4 Qui15 的体外活性检测 | 第112-114页 |
| 5.5 本章小结 | 第114-115页 |
| 第六章 棘霉素生物合成基因簇中的色氨酸 2，3-双加氧酶 | 第115-135页 |
| 6.1 前言 | 第115-116页 |
| 6.2 TDO 家族的进化树分析 | 第116-118页 |
| 6.3 qui17 的敲除突变株 ZC1 的构建和发酵 | 第118-121页 |
| 6.4 Qui17 的表达纯化 | 第121-122页 |
| 6.5 （2S,3S）β-羟基色氨酸的化学合成 | 第122-124页 |
| 6.6 以（2S,3S）β-羟基色氨酸为底物的 Qui17 的体外活性检测 | 第124-126页 |
| 6.7 以 L-色氨酸为底物的 Qui17 的体外活性检测 | 第126-128页 |
| 6.8 以 L-色氨酸为底物的 Qui17 的动力学全波长扫描和参数测定 | 第128-129页 |
| 6.9 以 L-色氨酸为底物的 Qui17 的动力学全波长扫描和参数测定 | 第129-131页 |
| 6.10 Qui17 单体的三维结构同源建模 | 第131-133页 |
| 6.11 本章小结 | 第133-135页 |
| 第七章 总结与展望 | 第135-138页 |
| 7.1 本研究工作总结及主要创新点 | 第135-136页 |
| 7.2 本研究工作展望 | 第136-138页 |
| 参考文献 | 第138-145页 |
| 攻读学位期间发表或已录用的学术论文 | 第145-146页 |
| 致谢 | 第146-150页 |
| 附件 | 第150页 |
