| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 本文部分缩略词的中英文对照 | 第15-16页 |
| 引言 | 第16-18页 |
| 第一章 文献综述 肠道微生物对氨基酸的代谢 | 第18-35页 |
| 1 肠道微生物组成 | 第18-20页 |
| 1.1 肠道微生物的区室化 | 第18-19页 |
| 1.2 氨基酸代谢细菌 | 第19-20页 |
| 1.3 氨基酸代谢菌的丰度和多样性 | 第20页 |
| 2 微生物对蛋白质和其他氮营养素的利用 | 第20-22页 |
| 2.1 蛋白质的水解 | 第21页 |
| 2.2 氨基酸的代谢终点 | 第21页 |
| 2.3 氨基酸的从头合成 | 第21-22页 |
| 3 小肠微生物对蛋白质和氨基酸的代谢 | 第22-27页 |
| 3.1 肠道蛋白质与氨基酸的代谢规律 | 第22页 |
| 3.2 微生物介导了氨基酸的肠道首过代谢 | 第22-23页 |
| 3.3 氨基酸在肠道细菌中的代谢去路 | 第23-24页 |
| 3.4 肠道细菌对氨基酸代谢的区室化 | 第24-25页 |
| 3.5 小肠微生物代谢氨基酸的代谢产物对宿主的影响 | 第25-26页 |
| 3.6 微生物对氨基酸的合成 | 第26-27页 |
| 4 大肠微生物对氨基酸的代谢 | 第27-32页 |
| 4.1 蛋白质和肽在大肠的水解 | 第27-29页 |
| 4.2 氨 | 第29页 |
| 4.3 硫化氢 | 第29-30页 |
| 4.4 多胺 | 第30-31页 |
| 4.5 吲哚和酚类物质 | 第31-32页 |
| 4.6 短链脂肪酸 | 第32页 |
| 5 日粮对微生物氨基酸代谢的影响 | 第32-33页 |
| 6 抗生素对微生物氨基酸代谢的影响 | 第33页 |
| 7 甲烷菌抑制剂对微生物氨基酸代谢的影响 | 第33-34页 |
| 8 总结与展望 | 第34-35页 |
| 本研究的目的、意义、内容和技术路线 | 第35-38页 |
| 1 本研究的目的 | 第35页 |
| 2 研究意义 | 第35页 |
| 3 本论文的内容 | 第35页 |
| 4 技术路线 | 第35-38页 |
| 第二章 不同区室小肠微生物对氨基酸的体外代谢 | 第38-56页 |
| 1 材料与方法 | 第40-43页 |
| 1.1 培养基与溶液母液 | 第40页 |
| 1.2 接种物的制备 | 第40-41页 |
| 1.3 体外培养 | 第41-42页 |
| 1.4 继代培养 | 第42页 |
| 1.5 氨基酸的测定 | 第42页 |
| 1.6 DNA提取 | 第42页 |
| 1.7 PCR扩增与变性梯度凝胶电泳(DGGE) | 第42-43页 |
| 1.8 计算与统计分析 | 第43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-49页 |
| 2.1 猪小肠不同区室微生物对氨基酸的合成与利用 | 第43-45页 |
| 2.2 体外培养中氨的浓度 | 第45页 |
| 2.3 继代培养中不同区室微生物对氨基酸的代谢 | 第45-46页 |
| 2.4 体外和继代培养中微生物组成的变化 | 第46-49页 |
| 3 讨论 | 第49-52页 |
| 4 本章小结 | 第52-56页 |
| 第三章 抗生素影响猪小肠微生物对氨基酸的利用 | 第56-68页 |
| 1 材料与方法 | 第57-61页 |
| 1.1 试验动物 | 第57页 |
| 1.2 样品采集 | 第57页 |
| 1.3 血液常规指标 | 第57页 |
| 1.4 氨基酸测定 | 第57-59页 |
| 1.5 血液代谢组学 | 第59页 |
| 1.6 DNA提取 | 第59页 |
| 1.7 qPCR | 第59页 |
| 1.8 统计分析 | 第59-61页 |
| 2 结果 | 第61-64页 |
| 2.1 抗生素对仔猪生长性能的影响 | 第61页 |
| 2.2 抗生素对血液生化指标的影响 | 第61-62页 |
| 2.3 抗生素对空肠、回肠和血液游离氨基酸的影响 | 第62-63页 |
| 2.4 抗生素对血液代谢产物的影响 | 第63页 |
| 2.5 抗生素对空肠、回肠微生物的影响 | 第63-64页 |
| 3 讨论 | 第64-66页 |
| 4 本章小结 | 第66-68页 |
| 第四章 抗生素对仔猪胃与小肠微生物的影响 | 第68-84页 |
| 1 材料与方法 | 第69-70页 |
| 1.1 DNA提取 | 第69页 |
| 1.2 PCR扩增 | 第69页 |
| 1.3 生物信息学分析 | 第69-70页 |
| 1.4 不同肠段OTU重叠 | 第70页 |
| 1.5 相似性分析 | 第70页 |
| 1.6 共发生分析 | 第70页 |
| 1.7 统计分析 | 第70页 |
| 2 结果 | 第70-78页 |
| 2.1 抗生素对微生物在门水平上组成的影响 | 第70-71页 |
| 2.2 抗生素对微生物在属水平上组成的影响 | 第71-72页 |
| 2.3 抗生素对微生物α多样性的影响 | 第72-73页 |
| 2.4 抗生素对微生物β多样性的影响 | 第73-74页 |
| 2.5 抗生素对微生物在OTU水平上组成的影响 | 第74-77页 |
| 2.6 抗生素对微生物共发生关系的影响 | 第77-78页 |
| 2.7 微生物与氨基酸的相关 | 第78页 |
| 3 讨论 | 第78-82页 |
| 4 本章小结 | 第82-84页 |
| 第五章 抗生素影响仔猪结肠微生物对氨基酸的发酵 | 第84-96页 |
| 1 材料与方法 | 第85-86页 |
| 1.1 高通量测序 | 第85页 |
| 1.2 生物胺测定 | 第85页 |
| 1.3 酚和吲哚测定 | 第85-86页 |
| 1.4 短链脂肪酸测定 | 第86页 |
| 1.5 氨态氮测定 | 第86页 |
| 1.6 统计分析 | 第86页 |
| 2 结果 | 第86-92页 |
| 2.1 稀释曲线 | 第86-87页 |
| 2.2 抗生素对微生物α与β多样性的影响 | 第87-88页 |
| 2.3 抗生素对微生物在门水平上组成的影响 | 第88页 |
| 2.4 抗生素对微生物在属水平上组成的影响 | 第88-89页 |
| 2.5 抗生素对结肠短链脂肪酸的影响 | 第89-91页 |
| 2.6 抗生素对结肠蛋白质发酵产物的影响 | 第91-92页 |
| 3 讨论 | 第92-93页 |
| 4 本章小结 | 第93-96页 |
| 第六章 结肠细菌的抑制对大鼠大肠氨基酸代谢的影响 | 第96-112页 |
| 1 材料与方法 | 第97-99页 |
| 1.1 试验材料 | 第97页 |
| 1.2 试验设计与饲养管理 | 第97页 |
| 1.3 样品采集和制备 | 第97-98页 |
| 1.4 血液生化指标 | 第98页 |
| 1.5 短链脂肪酸浓度的测定 | 第98页 |
| 1.6 氨基酸发酵产物浓度的测定 | 第98页 |
| 1.7 结肠代谢组的检测与分析 | 第98页 |
| 1.8 甲烷菌与硫还原菌的定量 | 第98页 |
| 1.9 结肠微生物16S rRNA的高通量分析 | 第98页 |
| 1.10 微生物共发生分析 | 第98页 |
| 1.11 统计分析 | 第98-99页 |
| 2 结果与分析 | 第99-104页 |
| 2.1 BCM对大鼠生产性能与血液生化指标的影响 | 第99页 |
| 2.2 BCM对盲肠短链脂肪酸和氨基酸发酵产物的影响 | 第99-100页 |
| 2.3 BCM对结肠代谢产物的影响 | 第100-101页 |
| 2.4 BCM对甲烷菌和SRB的影响 | 第101-103页 |
| 2.5 BCM对结肠微生物结构的影响 | 第103-104页 |
| 2.6 BCM对微生物共发生关系的影响 | 第104页 |
| 3 讨论 | 第104-109页 |
| 4 本章小结 | 第109-112页 |
| 参考文献 | 第112-140页 |
| 全文结论 | 第140-142页 |
| 本文创新点 | 第142-144页 |
| 致谢 | 第144-146页 |
| 攻读博士学位期间论文发表 | 第146页 |