通过转录组测序以及外显子组测序探索前列腺癌复发机制
| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-21页 |
| 1.1 前列腺癌简介 | 第12-13页 |
| 1.1.1 前列腺癌现状 | 第12-13页 |
| 1.1.2 前列腺癌预后 | 第13页 |
| 1.2 前列腺癌复发预测因子 | 第13-20页 |
| 1.2.1 临床资料 | 第13-15页 |
| 1.2.2 表观遗传学调控 | 第15-16页 |
| 1.2.3 基因突变 | 第16-18页 |
| 1.2.4 肿瘤微环境 | 第18-19页 |
| 1.2.5 脂质代谢 | 第19页 |
| 1.2.6 其他预测因子 | 第19-20页 |
| 1.3 结论 | 第20-21页 |
| 第二章 前列腺癌转录组测序数据分析 | 第21-36页 |
| 2.1 引言 | 第21-22页 |
| 2.2 材料与方法 | 第22-24页 |
| 2.2.1 数据来源 | 第22-23页 |
| 2.2.2 新的剪切位点及可变剪切事件的识别 | 第23页 |
| 2.2.3 差异共表达分析 | 第23页 |
| 2.2.4 单核苷酸突变的检测及注释 | 第23-24页 |
| 2.3 结果与分析 | 第24-33页 |
| 2.3.1 新剪切位点和可变剪切事件的识别 | 第24-26页 |
| 2.3.2 差异共表达分析 | 第26-32页 |
| 2.3.3 SNP/INDEL检测 | 第32-33页 |
| 2.4 讨论与小结 | 第33-36页 |
| 第三章 前列腺癌外显子组测序数据分析 | 第36-63页 |
| 3.1 引言 | 第36-37页 |
| 3.2 材料与方法 | 第37-47页 |
| 3.2.1 材料 | 第37-40页 |
| 3.2.2 基因组DNA提取 | 第40-42页 |
| 3.2.3 全基因组编码区捕获及二代测序 | 第42-43页 |
| 3.2.4 生物信息学分析 | 第43-47页 |
| 3.3 结果与分析 | 第47-59页 |
| 3.3.1 单核苷酸突变检测及注释 | 第47-52页 |
| 3.3.2 随机森林 | 第52-55页 |
| 3.3.3 显著突变基因的鉴定 | 第55-58页 |
| 3.3.4 CNV检测及注释 | 第58-59页 |
| 3.4 讨论与小结 | 第59-63页 |
| 第四章 总结与展望 | 第63-65页 |
| 4.1 总结 | 第63-64页 |
| 4.2 展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-77页 |
| 附录 | 第77-112页 |
| 作者简介 | 第112页 |
