| 中文摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略词 | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第11-23页 |
| ·细菌拟核结构综述 | 第11-15页 |
| ·拟核相关蛋白 | 第15-17页 |
| ·细菌染色体结构研究技术的发展 | 第17-23页 |
| 2 材料和方法 | 第23-32页 |
| ·材料 | 第23-24页 |
| ·菌种及质粒 | 第23页 |
| ·工具酶及试剂 | 第23页 |
| ·仪器设备 | 第23-24页 |
| ·实验方法 | 第24-32页 |
| ·操作流程 | 第24-28页 |
| ·细菌培养 | 第24页 |
| ·甲醛交联 | 第24-25页 |
| ·裂解细菌细胞提取拟核 | 第25页 |
| ·样品生物素化 | 第25页 |
| ·超声波片段化,去除小片段 | 第25-26页 |
| ·补齐末端 | 第26页 |
| ·链霉亲和素磁珠捕获 | 第26页 |
| ·邻近连接和DNA纯化 | 第26-27页 |
| ·有限克隆检测 | 第27-28页 |
| ·实验条件优化 | 第28-32页 |
| ·超声波条件的优化 | 第28-29页 |
| ·超声波处理样品对生物素化交联剂标记蛋白效果的影响 | 第29-30页 |
| ·去除SDS影响的方法选择 | 第30-32页 |
| 3. 高通量测序结果及分析 | 第32-39页 |
| ·测序数据的质量评估 | 第32-35页 |
| ·Illumina测序数据质量评估格式 | 第32-33页 |
| ·Illumina测序质量评估结果 | 第33-35页 |
| ·染色质交互图谱的建立 | 第35-38页 |
| ·测序结果进行基因组比对确定paired reads | 第35页 |
| ·大肠杆菌染色质相互作用交互矩阵 | 第35-36页 |
| ·大肠杆菌基因组位置分布与染色体交互频率的关系 | 第36-37页 |
| ·交互位点之间线性距离的分布规律 | 第37-38页 |
| ·交互峰区域的COG分类 | 第38-39页 |
| 4. 讨论 | 第39-41页 |
| 参考文献 | 第41-45页 |
| 5. 致谢 | 第45-46页 |